Отсутствие на суде по любой причине только увеличивало предполагаемую виновность; часто неявка считалась равной признанию. Еще до учреждения инквизиции розыск вошел в судебную практику духовных судов. В каноническое право было внесено положение, что в случае неявки показаний, добытых розыском, достаточно для обвинения без прений в суде. Если обвиняемый не являлся на суд до истечения установленного срока после объявления вызова в приходской церкви, то выносили обвинительный приговор в его отсутствие; отсутствие обвиняемого замещалось «присутствием Бога и Евангелия» в момент, когда читался приговор. Фридрих II в своем эдикте 1220 года объявил, следуя Латеранскому собору 1215 года, что всякий подозреваемый, который не докажет своей невиновности в течение года, должен быть осужден как еретик; это постановление было распространено и на отсутствующих, которые подлежали осуждению через год после отлучения их от церкви независимо от того, были собраны или нет доказательства против них. Человек, остававшийся год отлученным от церкви и не предпринявший усилий, чтобы заслужить снятие отлучения, считался еретиком, отрицающим таинства. Инквизиция приговаривала к пожизненной тюрьме тех, кого нельзя было обвинить в каком-либо другом преступлении, кроме уклонения от суда, даже если они и соглашались покориться инквизиции и дать отречение.

Даже в могиле нельзя было скрыться. Если осужденный посмертно приговаривался к тюрьме или другому, как считалось, легкому наказанию, то вырывали и выбрасывали его кости; если же ересь заслуживала костра, то останки торжественно сжигались. Беспощадное рвение, проявлявшееся в этих посмертных процессах, ясно сказалось в деле Арманно Понджилупо Феррарского, из-за останков которого в течение тридцати двух лет спорили епископ и инквизитор Феррары; победа в 1301 году осталась на стороне инквизиции. Обвинение против Герарда Флорентийского, умершего в 1250 году, инквизитор брат Гримальдо довел до конца в 1313 году. Опасность конфискации имущества умершего увеличивалась, когда судьей выступал полупомешанный фанатик, заранее уже видевший во всяком еретика или, того хуже, когда судьей был просто алчный человек, искавший наживы в штрафах и конфискациях.

Инквизитор не стеснялся формой, не позволял, чтобы ему мешали юридические правила и хитросплетения адвокатов; он сокращал судопроизводство, лишая обвиняемого самой обыкновенной возможности сказать слово в свою защиту, он не давал права на апелляции и отсрочки. Инквизиция облекала дело глубокою тайною даже после произнесения приговора. Если не приходилось делать объявления об отсутствующем, то даже вызов на суд человека, только подозреваемого в ереси, делался тайно. О том, что происходило после явки обвиняемого в суд, знали немногие «скромные» люди, избранные судьей и давшие присягу хранить все в тайне; даже сведущие люди, призванные дать свое заключение о судьбе обвиненного, были обязаны сохранять молчание.

Выдержки из протоколов могли сообщаться только в исключительных случаях и с крайней осторожностью.

Обычно ход инквизиционного процесса был следующим. Когда на кого-то падали подозрения в ереси, приступали к негласному расследованию и собирали все возможные свидетельства на сей счет; затем человеку приказывали явиться в суд в такой-то день и час; если казалось, что он хочет сбежать, его могли неожиданно арестовать и держать до суда под арестом. По закону вызов в суд могли повторять до трех раз, но это правило не соблюдалось. Когда преследование было основано на народной молве, в качестве свидетелей вызывали первых попавшихся; количество догадок и пустых слухов, распространенных этими свидетелями, боявшимися навлечь на себя обвинение в сочувствии к ереси, было достаточно для доказательств вины. Таким образом, можно сказать, что обвиняемого осуждали заранее. Единственным средством спастись было признать все собранные против себя обвинения, отречься от ереси и согласиться на епитимию. Если же при наличии порочащих свидетельств человек упорно отрицал свою вину и настаивал на своей верности католичеству, то его именовали закоренелым еретиком и выдавали светской власти; далее его чаще всего ждал костер. Один инквизитор XV века настаивал, что ни в коем случае ни при каких условиях обвиняемого не следует отпускать на свободу; если он раскаивается, то его следует подвергнуть пожизненному тюремному заключению.

Инквизитор старался добиться признания. Признание сопровождалось всегда изъявлением обращения и раскаяния. Инквизиция считала выдачу единомышленников доказательством чистосердечного обращения и выбивала доносы любыми средствами. Отказ кающегося еретика выдать своих друзей и близких принимался как доказательство того, что он не раскаялся, и его немедленно передавали в руки светской власти. Практическая польза этого ужасного требования ясно выразилась в деле Сорины Риго, суд над которой состоялся в Тулузе в 1254 году; ее признание дополнялось перечнем имен 169 человек, выданных ею, с указанием их места жительства.

Наиболее простым способом добиться признания был допрос обвиняемого. Инквизитор подготавливался к нему, сопоставляя и изучая все противоречивые показания, тогда как узник оставался в полном неведении о собранных против него уликах. Уменье вести допрос было главным достоинством инквизитора. Были составлены руководства, в которых содержались длинные ряды вопросов для еретиков различных сект. Развивалось особого рода тонкое искусство, состоявшее в умении расставлять сети обвиняемым, ставить их в тупик и противоречить самим себе. Случалось, однако, что невиновность или хитрость обвиняемого торжествовали над всеми усилиями инквизитора, но в этом случае инквизитор прибегал к обману и пытке. Чтобы вырвать признание у обвиняемого, инквизитор считал уже установленным тот факт, который ему следовало еще доказать, и расспрашивал о разных мелких подробностях. При этом ему рекомендовалось во время допроса перелистывать дело, как будто он ищет в нем какие-то сведения, а потом резко объявить обвиняемому, что он говорит неправду, что все происходило совсем по-другому, взять первую попавшуюся бумагу и сделать вид, что читает в ней «все, что может ввести обвиняемого в обман». Чтобы сделать эту ложь более действенной, тюремщики входили в доверие к заключенным, убеждали их скорее сознаться, всем своим видом обещая снисхождение. Затем, согласно рекомендациям, инквизитор должен был заявить, что у него есть неоспоримые доказательства и если обвиняемый сознается и назовет тех, кто ввел его в заблуждение, то его тотчас освободят. Другая, более хитрая уловка состояла в том, что с заключенным обращались мягко, подсылали к нему в камеру испытанных агентов снискать его доверие и побудить к признанию в обмен на заступничество. При этом в удобный момент являлся лично инквизитор и подтверждал эти обещания. Когда несчастный просил снисхождения за свои разоблачения, его успокаивали, говоря, что для него будет сделано даже гораздо больше, чем он просит.

При такой постановке дела видную роль играли шпионы. Испытанным агентам, проникавшим в камеру заключенного, было приказано вести его от признания к признанию, пока они не получат достаточно материала для его обвинения, но чтобы он этого не заметил. Обычно это поручали обращенным еретикам. Один из них говорил обвиняемому, что его обращение было притворное; после ряда бесед он приходил к нему позднее обычного, и дверь за ним запиралась. Завязывался откровенный разговор, а за дверью скрывались свидетели и нотариус, которые подслушивали все, что говорит жертва. Если это было возможно, пользовались услугами других заключенных, которые получали известное воздаяние за эти услуги. Но применялись также и жестокие меры. Уличенного или только подозреваемого в ереси подвергали пытке, и если видели, что физическое страдание может принудить его сознаться в ереси, то не останавливались ни перед каким мучением, чтобы «спасти его душу».