С момента открытия археоптерикса идут бурные споры по всем возможным аспектам его бытия: мог ли он активно летать, бегал по земле или лазал по ветвям, какой имел обмен веществ, был ли он очередным пернатым динозавром, примитивным энанциорнисом или всё же прямым предком птиц? Строение его поистине мозаично: зубастый череп, длинные когтистые пальцы на ручках, брюшные рёбра, самостоятельность малоберцовой, предплюсневых и плюсневых костей, отсутствие киля на грудине (которая даже не окостеневала) и длинный хвост — явно отсылают к рептилиям (неспроста один из скелетов, на котором не сохранились отпечатки перьев, первоначально был принят за останки теропода Compsognathus), а сросшиеся в вилочку ключицы и асимметричные перья, в том числе на ногах и хвосте, — к птицам. Конечно, современные палеонтологи оперируют куда более тонкими деталями строения, но даже их использование не позволяет точно определить положение археоптерикса. Он явно более птицеподобен, чем все мезозойские пернатые динозавры, но и птицей всё же не является. Вряд ли археоптерикс мог активно летать, преодолевать силу тяжести тяжко! В частности, вряд ли он мог поднимать крылья выше спины, а без этого далеко не улетишь. Но слетать с высоких деревьев или перепархивать с места на место в стиле курицы он, видимо, был вполне способен.

Archaeopteryx lithographica

Новые технологии позволяют определить некоторые тонкости, недоступные в прошлом. Например, исследование меланосом показало, что археоптерикс был полностью чёрным как грач — довольно скучный вариант по сравнению с растиражированной пёстренькой реконструкцией З. Буриана.

Не раз рапортовалось, что найдены более древние, нежели археоптерикс, китайские птицы, например, Serikornis sungei и Eosinopteryx brevipenna из оксфордского века Китая. Однако при ближайшем рассмотрении все они оказывались оперёнными, очень птицеподобными, но всё же нелетающими динозаврами семейства Anchiornithidae. Конечно, это даёт повод утверждать происхождение археоптерикса и птиц напрямую от этих динозавров, но всё же птицами их назвать нельзя.

Меж тем периодически там и сям обнаруживаются следы кого-то, кто потенциально может быть юрской птицей. В Казахстане в слоях с границы средней и верхней юры найдены два отпечатка перьев Praeornis sharovi (выделяется даже условный отряд Praeornithiformes), которые весьма странно устроены — средне между чешуёй и пером, с очень толстым стержнем, заполненным рыхлой тканью, и узким опахалом из бородок первого порядка без крючков. Предполагалось даже, что это вообще отпечаток листа растения Cycadites sapportae, но изотопное исследование показало всё же его животную природу. Возможно, это действительно протоперья, но не птиц, а каких-то рептилий типа лонгисквамы или энанциорнисов, по крайней мере, перья преорниса удивительно похожи на перья раннемелового бразильского энанциорниса Cratoavis cearensis.

Известны и следы ног потенциальных птиц, среди коих наиболее знаменит отпечаток раннеюрского польского Plesiornis pilulatus; впрочем, подобные обнаружены в нижнеюрских слоях на разных континентах: Trisauropodiscus superaviforma и T. superavipes с границы триаса и юры Южной Африки, T. moabensis из ранней юры Юты и синхронный Argoides из Марокко. От следов динозавров они отличаются утончённостью пальцев и очень слабым или даже отсутствующим отпечатком «пятки».

В стане мохнатых в юре всё было отлично. Как ни странно, как минимум до середины периода вполне успешно продолжали существовать последние зверозубые рептилии — Theriodontia, точнее — Eutheriodontia, ещё точнее — Cynodontia, а ещё точнее — Tritylodontidae. Их образцовые представители — североамериканские Kayentatherium wellesi, пара видов китайских Bienotherium и несколько видов европейско-североамериканско-китайских Oligokyphus. Тогда как биенотерии были похожи на коротконогих раскоряченных терьеров, олигокифусы с их тяжёлой головой и совсем уж маленькими лапками были подобны таксам, а кайентатерии выглядели как утконосы или бобры и плавали с помощью ласт и широкого плоского хвоста. Эти продвинутые звероящеры упорно продолжали становиться млекопитающими. У них было семь шейных и три поясничных позвонка, вторичное нёбо стало совсем полноценным, носовое отверстие — непарным, а теменное отверстие исчезло; задние косточки нижней челюсти сильно редуцировались, так что почти вся она состояла из одной зубной кости. Они перешли на растительноядность, из-за чего форма черепа и зубного оснащения стали совсем как у грызунов: огромные развёрнутые скуловые дуги, сагиттальный гребень на черепе для мощных жевательных мышц, вертикальная восходящая ветвь на нижней челюсти, здоровенные резцы, длинные многобугорчатые моляры с двойными изогнутыми корнями, тогда как зубы на нёбе и клыки исчезли, а на их месте зиял промежуток — диастема. Казалось бы — отчего бы тогда не считать их уже млекопитающими? Но нет, при ближайшем рассмотрении видно, что всё же это рептилии. В частности, рёбра сохранялись на всех предкрестцовых позвонках, хотя на шейных и поясничных они коротки. Плечевые и бедренные кости были ориентированы горизонтально, на пяточной кости отсутствовал пяточный бугор. На самом деле, конечности были очень похожи на лапки однопроходных; сходство усиливается наличием сумчатых косточек.

Кстати, по крайней мере некоторые тритилодонты могли быть живородящими. Внутри одного скелета кайентатерия обнаружились скелетики 38 нерождённых детёнышей. Остатков скорлупы нет, но яйца могли быть кожистыми, как у однопроходных и многих змей и ящериц, так что живорождение у кайентатериев по-прежнему под вопросом. Что удивительно, черепа детёнышей полностью повторяют форму черепов взрослых, разве что жевательный аппарат развит послабее. Такой тип развития больше похож на рептильный вариант, а не млекопитающий. Из этого же следует, что новорождённые или свежевылупившиеся кайентатерийчики наверняка уже были вполне самостоятельны. С другой стороны, огромное число детёнышей (взрослая зверушка имела метровую длину) бъёт все рекорды млекопитающих и явно свидетельствует об огромной детской смертности, а косвенно — об отсутствии заботы о потомстве.