Согласно известиям Никоновской летописи середины XVI века, Софья решила совершить паломничество в Троицкий монастырь, основанный преподобным Сергием Радонежским. Этот подвижник был близок московскому княжескому дому, и Софья восприняла традицию его почитания. Летопись подробно рассказывает «о чудесном зачатии и рождении» сына у великой княгини: «…некогда сия христолюбивая великая княгини Софья, от великия веры и от сердечнаго желания, по благому совещанию благочестиваго си супруга, самодержавнаго великаго князя Ивана Василевича всеа Русии, трудолюбно потщася пеша шествовати с Москвы во преименитую великую обител Пресвятыя и Живоначалныя Троицы и великаго светилника, преподобнаго чюдотворца Сергия, помолитися о чадородии сынов. Идуще же ей и доиде монастырьскаго села, Клементиева зовома. Оттуду же исходящу ей во удол, иже близ самые обители, и внезапу зрит очивесть во стретение градуща священнолепна инока, егоже позна по образу быти преподобнаго чюдотворца Сергия, имуща в руце отроча младо, мужеск пол, егоже напрасно вверже в недра великой княгине, и абие невидим бысть».

Вскоре после паломничества Софья забеременела и вечером 25 марта 1479 года родила мальчика. В тот день в Древней Руси отмечали праздник Благовещения Пресвятой Богородицы, а на следующий день чтили память архангела Гавриила, принесшего Деве Марии благую весть. Младенец был крещен в честь Василия Исповедника, епископа Парийского, однако у него было и второе имя — Гавриил. Московский летописный свод конца XV века сообщает о рождении Василия-Гавриила: «Марта 25 въ 8 часъ нощи противу дне събора архаггела Гаврила родися великому князю Ивану Васильевичу сынъ от царевны Софьи и нареченъ бысть Василей Парискыи, крещен бысть у Троици в Сергееве манастыре, а крестил его архиепископ Ростовскыи Васианъ да игумен Паисеи Троецки априля 4 в неделю цветную». Каждая подробность в истории появления на свет будущего государя наполнена мистическим смыслом.

Историки, склонные к скептическому отношению к чудесам святых, могут усмотреть в летописном рассказе вымысел книжников XVI столетия, которым было важно превознести Василия III — отца Ивана Грозного и создать миф о его чудесном происхождении. Известно, что грозный царь всерьез задумывался о том, чтобы канонизировать своего родителя. Примечательно, что рассказ о явлении Софье преподобного Сергия вошел и в Степенную книгу царского родословия — программный текст для московской идеологии XVI века. Внесение семейной легенды московских князей в столь значимые тексты могло быть частью подготовительных мероприятий для этой канонизации.

В созданном в царствование Ивана Грозного Лицевом («иллюстрированном») летописном своде немало миниатюр посвящено событиям из жизни Софьи. Для внука она была звеном, связавшим московскую династию с многовековым величием Византии. Среди миниатюр выделяется та, где изображено явление Софье преподобного Сергия. Этот эпизод воспроизводился художниками и позднее, в том числе на лубках XIX века. Впрочем, постепенное укоренение рассказа о чуде в русской духовной традиции еще не означает его достоверности. Оно лишь обнаруживает, что к середине XVI века великая княгиня начинает восприниматься как очень значимая фигура.

Но отсутствие чуда так же сложно доказать, как и то, что оно имело место. Основой для письменной фиксации какого-либо чудесного события обыкновенно являлось устное предание. Митрополит Иоасаф, которому обыкновенно приписывают авторство этого рассказа, едва ли мог создать его из ничего. Такое «творчество» воспринималось однозначно греховным, как намеренное и серьезное искажение дел Господа, силою Которого, по мнению людей того времени, произошло чудо. Нельзя забывать и о том, что в минуты сильных религиозных переживаний люди склонны видеть в событиях, произошедших в материальном мире, божественные знаки и указания. Замечено, что «XV век демонстрирует острую религиозную впечатлительность… страстное волнение, порой охватывающее весь народ (и отдельного человека! — Т. М.), когда от слов странствующего проповедника горючий материал души вспыхивает, точно вязанка хвороста…». Софья действительно могла отправиться на богомолье в Троицкую обитель. По дороге в ярких лучах заходящего солнца старик степенного вида из ближайшего селения, несущий на руках ребенка, мог показаться ей святым подвижником, благовествующим скорое утешение.

Словом, если чудесное явление княгине преподобного Сергия («священнолепна инока») у села Клементьева могло и не иметь места, то отрицать, что Господь услышал ее молитвы, едва ли возможно.

Как и положено любящей матери, Софья старалась оградить свое чадо от любых опасностей. Можно себе представить ужас, который она испытала, когда в Москву всего через год после рождения Василия пришло известие о том, что хан Большой Орды Ахмат с войском хочет идти на столицу. Великокняжеский летописец, сознавая опасность ситуации, подчеркнул, что Ахмат заключил союз с польским королем Казимиром IV, а от Ивана III в тот сложный момент отвернулись его младшие братья — Андрей и Борис. Конечно, известия о мятеже удельных князей в придворной летописи весьма тенденциозны. Причиной «измены» братьев была жестокая политика Ивана III по отношению к ним: укрепляя свою власть, великий князь лишал братьев многих традиционных привилегий.

В конце лета 1480 года никто не знал, чем закончится предполагаемый поход. В этой ситуации, следуя примеру жен Дмитрия Донского, Василия I и Василия II, уезжавших из города в случае опасности, Софья покинула Москву. По некоторым сведениям, супруг, находившийся тогда в Кременце, поручил ей важную миссию — сохранение великокняжеской казны, которую она взяла с собой. Такое решение было вполне в русле традиционных средневековых представлений о роли женщины в семье. Даже в городской семье среднего достатка мать семейства была ответственна за бюджет дома.

Великая княгиня с маленькими детьми — Феодосией, Еленой и Василием — отправилась на Белоозеро, в монастырь преподобного Кирилла Белозерского, ученика Сергия Радонежского. Эта тихая обитель на берегу сонного озера никогда не подвергалась нападению татар. Здесь Софья провела около года и возвратилась в Москву лишь зимой 1481 года, когда стало ясно, что угроза миновала.

Русские книжники осуждали Софью за это непатриотичное решение. В целый ряд летописных сводов начала XVI века включено пространное рассуждение о «бегстве» Софьи, где подчеркивается, что необходимости бежать у великой княгини не было, что ее «не гонял никто же». Наибольшее раздражение заметно в летописях неофициального происхождения. Софье ставили в пример великую княгиню Марию Ярославну, мать Ивана III, пережившую неспокойные месяцы в Москве. Гнев русских книжников имеет объяснение: отъезд Софьи через цепочку причинно-следственных связей мог обернуться для Москвы потерей независимости, фактически обретенной в 1472 году. Ее отъезд мог ослабить решимость великого князя и патриотически настроенной группы московской знати твердо стоять против Ахмата. Семейный вопрос перерастал в вопрос государственный.

Но это были совершенно безосновательные упреки. И как бы Софья ни поступила, русские ревнители чистоты веры всё равно сочли бы «римлянку» виноватой. Если бы Софья осталась в Москве, ей, наверное, могли бы вменить в вину, что она подвергла риску детей великого князя.