Неприятности в Управлении военными поселениями в связи с выкрестами начались, вероятно, уже в 1856 г., а к 1860 г. они приобрели скандальный характер. В ноябре 1856 г., во время пребывания государя императора в Киеве, трое кантонистов-выкрестов из евреев осмелились подать Его Величеству жалобу на насильное обращение в православие. Александр II жалобу принял и повелел киевскому военному губернатору «разобраться и доложить». Генерал-губернатор объяснил, что жалоба бессмысленна и что наглецов, нарушивших процедуру подачи такого рода бумаг, следует отправить в монастырь. «Лучше в Восточную Сибирь», — распорядился Александр.

Следующий инцидент по масштабу также был весьма скромным, замять его не составило особого труда. В 1856 г., как следует из рапорта командира 1-го стрелкового батальона, пятеро кантонистов (выкресты из иудеев) отказались от крещения и пожелали вернуться к прежней вере. Произошло это во время прохождения ими службы в мастеровых командах Санкт-Петербурга. Начальник мастеровых команд в ответ на запрос начальства только развел руками от беспомощности: «во вверенной мне мастеровой команде пятьсот человек иудейского закона, находящихся у вольных мастеров. Наблюдать за пятью выкрестами нет никакой возможности, лучше их отправить в кантонистские заведения». Всех пятерых удалили из батальона и приступили к их «проработке», о которой в деле, разумеется, ничего не сообщается. Военным начальством была выработана и навязана кантонистам единая формула, мол, кантонисты заявили о своем возвращении в иудаизм «по глупости». В объяснительных записках, написанных словно по единому шаблону, фигурирует выражение «по глупости», из чего ясно, что записки были продиктованы насмерть запуганным кантонистам кем-то из непосредственного начальства. Трое, таким образом, согласились остаться в православии. Два оставшихся иудея — Варлам Банщик и Варлам Нога — упорствовали. В дело вмешался Священный синод, предложив отправить упрямцев в какой-нибудь из православных монастырей и содержать там, «пока не раскаются». Банщика и Ногу отправили в Юрьевский монастырь, решив, что с бунтовщиками покончено. Между тем оказалось, что скандал в Департаменте военных поселений только набирает силу.

В конце 1856 г. партионный офицер Усов, прапорщик 1-го Архангельского гарнизонного батальона, сопровождавший группу кантонистов на службу в 6-й армейский корпус, доложил начальству, что сорок один кантонист из крещеных евреев отказывается исполнять обряды христианской религии, а трое — Юдович, Лезирович и Мейерович — продолжают исполнять ритуал по еврейскому обряду. Штаб корпуса внутренней стражи, в непосредственное распоряжение которого должны были поступить кантонисты, затребовал на всех выкрестов послужные списки, организовал специальную комиссию и в течение первой половины 1857 г. вел следствие. Между тем о своем нежелании оставаться в православии объявил, кроме сорока одного, еще пятьдесят один крещеный еврей, к которым впоследствии присоединилось еще шестнадцать. «Отказываются ходить по субботам на работу и называют себя евреями», сообщали донесения по Военно-морскому флоту, ужасаясь масштабам происходящего; 103 человека (!) «в аракчеевских казармах молятся по еврейскому закону», пользуются молитвенниками и другими предметами культа. Расследование вел штаб-офицер Соколов, допросивший не только кантонистов и архангельское батальонное начальство, но и их крестников. Одновременно комиссия привлекла к следствию нескольких евреев, служивших в Кронштадте и проходивших ранее обучение в Архангельске, среди них матросов Фейферта и Федцлера. Матросы подтвердили, что в батальоне силой заставляли учить православные молитвы, жестоко наказывали за каждый проступок и советовали перейти в христианство, чтобы избежать дальнейших наказаний. Какого рода наказания и за какие проступки — об этом следственные документы умалчивают.

Сами кантонисты на допросах признались, что решили согласиться на крещение под давлением, причем, заметим особо, только для того, чтобы по выходу из батальонов возвратиться в иудаизм. Устроив генизу для книг и предметов еврейского ритуала, они терпеливо ждали, пока их не переведут из кантонистских батальонов в армию, чтобы откопать свое имущество и возобновить отправление культа. Однако показания крестников и батальонного начальства оказались весомей свидетельств еврейских матросов и кантонистов-выкрестов. Как и в большинстве подобных случаев, имевших место в 1856–1860 гг., следственная комиссия, прибегнув к методам, о которых можно только догадываться, убедила кантонистов оставаться в православии. В отчете следствия утверждалось, что показания кантонистов не подтвердились и что все они приняли христианство добровольно, без всяких принуждений. Дело было закрыто, хотя среди прочего в деле было отмечено (как бы для служебного пользования), что для обращения кантонистов применялись «не одни только кроткие меры увещеваний и вразумлений». Важно заметить, что делу не был дан ход и оно не было передано в Аудиториатский департамент. То же самое произошло с десятью «совратившимися в иудейство» нижними чинами санкт-петербургских флотских экипажей, числящимися по формулярам православными. Когда они отказались исполнять православные обряды и объявили себя военнослужащими иудейского закона, их перевели из морского ведомства в военное и направили в санкт-петербургский внутренний гарнизон — подальше от посторонних глаз и скандала. Пытаясь сохранить честь мундира, отдельные департаменты Военного министерства предпочли самостоятельно разбираться с каждым конкретным «религиозным бунтом», чем заводить судебный процесс с оглаской на все военное ведомство. Эти бунты не заставили себя ждать.

12 декабря 1858 г. в Московскую команду мастеровых из Киевского батальона военных кантонистов прибыл 161 человек, из них 37 евреев, принявших православие. Среди них — Александр Белецкий, Афанасий Гликсберг, Нестор Цукер, Андрей Дрикер, Кирило Якубович, Герасим Финкельштейн, Василий Гохман, Тимофей Езерский и другие. Все они с православными греко-русскими именами и выразительными еврейскими фамилиями. По прибытии в мастеровые тридцать семь выкрестов назвались прежними еврейскими именами и заявили, что «не крещены и православной веры не принимали». Разгневанный полковник Десимон, командующий Киевским батальоном военных кантонистов, немедленно отправил рапорт в Управление военных поселений с требованием арестовать всех кантонистов поодиночке и предать военному суду по всей строгости закона. А пока в Управлении принимали решение, Десимон начал расследование сам: ему лучше всех комиссий было известно, какими методами в Киеве обращали в православие. Первые расспросы показали, что все кантонисты были приведены к православию в 1853–1855 гг. В 1854 г. для увещевания перейти в православие многих кантонистов собирали в классы к протоиерею Ремезову. Другие утверждали, что их малолетками насильно водили в. церковь. При обыске оказалось, что ни один из тридцати семи не имел нагрудного креста, а у Серапиона Смаркатенко (его еврейское имя в деле не упомянуто) найден на груди «еврейский лапсердак» (т. е. «талескотн»), а также еврейские книжки, «по которым он с товарищами молился». И хотя все это у Смаркатенко было отобрано, в действиях начальства ощущалась нерешительность и даже растерянность: как поступить с кантонистами?