Война против филиппинского народа не была официально объявлена, так как американское правительство, с одной стороны, не хотело признавать Филиппинскую республику воюющей стороной, а, с другой стороны, не желало выплачивать компенсации американским солдатам как ветеранам войны.

Американская армия обладала численным перевесом: первоначально у республиканской армии Филиппин было всего 16 тысяч плохо вооруженных солдат. Особенно заметным был перевес в вооружениях. Американцы обладали самым современным оружием, включая пулеметы. В их распоряжении были военные суда, которые обстреливали побережье из артиллерии. У филиппинцев же имели винтовки лишь те, кто сумел взять у убитых ими испанцев или американцев. Их артиллерия была устарелая, принадлежавшая ранее испанским колонизаторам. Они ощущали нехватку боеприпасов, особенно обострившуюся к концу войны. Многие применяли лишь пики, луки и стрелы.

Несмотря на эти явные преимущества, американские войска смогли в первые месяцы продвинуться лишь на 100–120 километров к северу от Манилы. В ряде сражений американцы понесли немалые потери. И все же под напором численно и качественно превосходящих американских войск филиппинцы были вынуждены перейти к методам партизанской войны. Такая война стала возможной, потому что республиканская армия пользовалась поддержкой большинства народа. Командующий американскими войсками в этой войне генерал Артур Макартур был вынужден признать, что успех партизанской тактики объяснялся тем, что республиканская армия «опиралась на почти полное единство действий со всем туземным населением». Устраивая засады и совершая рейды по американским тылам, партизаны не раз наносили поражения американцам.

В ответ Соединенным Штатам пришлось наращивать ряды своей армии, и она, в конечном счете, достигла 126 тысяч человек. Количество солдат республиканской армии Филиппин также возросло к концу войны — до 80 тысяч. Несмотря на численный перевес американцев в 1900–1901 годах, большая часть территории страны находилась в руках партизан.

В «Википедии» говорится: «Переход к партизанской войне лишь озлобил американцев, и они стали действовать более жестоко, чем раньше. Они перестали брать пленных и огульно расстреливали филиппинских солдат, которые сдавались в плен. Еще хуже была судьба тех, кто попадал в концентрационные лагеря. Туда бросали мирных жителей, если их заподозрили в пособничестве партизанам. Тысячи гражданских лиц погибли в этих лагерях».

Свирепость расправ с партизанами и мирным населением свидетельствовала о том, что США не были намерены оставлять Филиппины. В своем выступлении в конгрессе США сенатор Альберт Беверидж говорил 9 января 1900 года: «Господин президент, сейчас надо быть откровенными. Филиппинцы наши навсегда… За Филиппинами лежат неограниченные рынки Китая, и мы не уйдем ни от тех, ни от других… Мы не отречемся от миссии нашей расы, врученной нам Богом, ни от своей роли в мировой цивилизации… Тихий океан — наш… Где мы найдем потребителей для нашего прибавочного продукта? География дает ответ на вопрос. Китай — это наш естественный потребитель… Филиппины дают нам базу на пути на весь Восток… Ни одна земля в Америке не может превзойти по плодородию землю долин Лусона. Рис и кофе, сахар и какао-бобы, конопля и табак… Филиппинская древесина может обеспечивать мир мебелью в течение целого столетия… У меня есть золотой самородок, который был найден на берегу ручья на Филиппинах… Утверждают, что мы ведем войну жестоко. На самом деле все наоборот… Сенаторы должны знать, что мы имеем дело не с американцами или европейцами. Мы имеем дело с восточными людьми».

Зинн указывал, что «это было время активного расизма в Соединенных Штатах… Кожа филиппинца была коричневой, они говорили на чужом языке и выглядели странными с точки зрения американцев. К обычной жестокости войны добавлялся фактор расовой ненависти». Солдат писал домой в Америку из Филиппин: «Наша кровь горит от жажды боя, и мы все хотим убивать ниггеров». Некоторые американские солдаты-негры, возмущенные расизмом в армии, переходили на сторону повстанцев.

Корреспондент филадельфийской газеты «Леджер» писал из Манилы в ноябре 1901 года: «Нынешняя война — это отнюдь не бескровное представление вроде оперы-буфф. Наши люди безжалостны. Они убивают, чтобы истребить мужчин, женщин, детей, пленных и захваченных мирных жителей, активных партизан и людей, заподозренных в симпатиях к партизанам. Хватают всех подряд, даже 10-летних детей. Здесь убеждены в том, что филиппинец хуже собаки… Наши солдаты вливали в горло людей соленую воду, чтобы заставить их давать показания. Они брали в плен людей, которые поднимали руки вверх и мирно сдавались. Хотя не было ни единого свидетельства того, что они — повстанцы, их через час ставили на мост и расстреливали, бросая в воду, чтобы их тела плыли по реке, а люди видели их пробитые пулями трупы».

Капитан из Канзаса писал: «Считалось, что в Калоока-не было 17 тысяч жителей. Но вот по нему пронеслась 20-я канзасская дивизия, и теперь в Калоокане нет ни одного живого жителя». Рядовой из той же дивизии писал, что он «собственной рукой поджег 50 домов филиппинцев после нашей победы в Калоокане. Женщины и дети были убиты нашими пулями». В письме солдата на родину, которое было опубликовано в газете «Паблик опини-он» (город Декора, штат Айова), говорилось про один из боев на Филиппинах: «В живых мы не оставили никого. Раненых приканчивали на месте штыками».

Приказы о тотальном уничтожении мирного населения исходили и от высшего начальства. Майор Уоллер сообщал, что в ходе операции на острове Самар генерал Смит приказывал ему убивать и жечь. Смит пояснил, что чем больше будет убито и сожжено, тем будет лучше, так как не надо будет брать в плен. Когда майор спросил генерала, как определить возраст, с какого можно убивать, ему был дан ответ: «Убивать всех с 10 лет и старше».

Генерал говорил, что надо превратить остров Самар в голую пустыню. По свидетельству другого американского генерала, одна шестая часть жителей самого населенного острова архипелага — Лусон была перебита или умерла от лихорадки денге. В провинции Батангас с населением 300 тысяч человек около трети погибло в бою, от голода или болезней.

В ходе войны американцы уничтожили около 20 тысяч солдат филиппинской республиканской армии, то есть четвертую ее часть. Мирных жителей погибло более 1 миллиона человек. Население архипелага составляло около 9 миллионов к началу войны и лишь 8 миллионов к 1908 году. В этой войне американцы вновь действовали «ассирийскими методами», которые они применяли по отношению к индейцам.

Среди американцев погибло 4324 человека. Из них лишь 1500 были убиты в боях. Большая часть умерла от болезней. Число раненых было 2818.

23 марта 1901 года Агинальдо был схвачен отрядом во главе с генералом Фанстоном, который обманом заманил в западню вождя филиппинцев. Почти через месяц сломленный в плену Агинальдо 19 апреля призвал филиппинцев прекратить сопротивление. Однако партизанское движение на архипелаге кое-где продолжалось до 1913 года.

Во время американо-филиппинской войны в США возникло антивоенное движение, еще более активное, чем во время американо-мексиканской войны. Была создана Антиимпериалистическая лига, в которой участвовали такие выдающиеся писатели США, как Марк Твен, Генри Джеймс (последний заявил: «Пусть будут прокляты Соединенные Штаты за их подлое поведение на Филиппинских островах»), представители ряда профсоюзов (например, центральные профсоюзы Бостона и Нью-Йорка) и даже некоторые видные предприниматели, включая Эндрью Карнеги. Мотивы их выступлений были различными.