Вскоре в Новодевичьем монастыре Ирина постриглась в монахини под именем Александры. Борис перебрался из кремлевских палат в келью того же монастыря и перестал ездить в думу. Однако он не считал дело проигранным. Во-первых, с уходом Годунова в управлении страной главную роль стал играть верный ему Иов. А во-вторых, оставалась надежда, что боярские кланы не сумеют выдвинуть единого кандидата на трон и перессорятся друг с другом. Так оно и случилось. Единственное, о чем договорилась Дума, — это о порядке выборов самодержца. «Соборное определение об избрании царя» было принято, как значилось в его тексте, «…по челобитию государевых бояр, князя Федора Ивановича Мстиславского, и всех государевых бояр и окольничих, и всего царского синклиту, и всех воевод, и дворян и стольников… и дьяков и детей боярских, и голов стрелецких, и сотников стрелецких… и гостей, и торговых людей и черных людей…»

Иов не подвел своего друга и покровителя. Умело используя влияние армии и столичного населения, он добился того, что в состав Собора должны были войти не только бояре, но и представители дворян, горожан и купцов, а это (в случае, если умело ограничить приток провинциальных выборщиков) резко увеличивало шансы популярного среди москвичей Годунова. Чтобы настроение столичной части избирателей не изменилось, патриарх в течение месяца, с 20 января по 20 февраля организовал несколько шествий к Новодевичьему монастырю. Вначале их участники просили «царицу-инокиню Александру» отпустить на царство ее брата Бориса. Потом они спрашивали самого Годунова, когда же тот осчастливит их согласием. В ответ брат и сестра отвечали, что избрание царя должно происходить на Соборе. Как отметил в одной из своих работ С.М.Соловьев, продолжавший править страной из кельи Борис понимал, что «…только в выборе всею землей он мог видеть полное ручательство за будущую крепость свою и потомства своего на престоле».

Земский собор состоялся в Кремле 17 февраля 1598 года, как только истекло время траура по Федору Иоанновичу. На заседаниях присутствовали члены Освященного собора под руководством патриарха Иова, Боярская дума во главе с Федором Мстиславским, чины приказного аппарата, московское дворянство и те представители провинциальных «верхов», которые в то время находились в Москве. Если верить мнению А. А.3имина, по понятиям и обычаям XVI века это был совершенно законный Земский собор, ничем не хуже прежних. Однако подобной точки зрения придерживаются не все. Так, Р.Г. Скрынников указывает, что в принятом Думой «Соборном определении об избрании царя» предусмотрено более широкое народное представительство. Там было решено вызвать «от каждого города по восемь—десять человек, дабы вся страна обсудила, кого возвести на трон». С учетом дальних расстояний и плачевного состояния дорог «надлежащим образом» выбранные делегаты могли собраться в Москве лишь через два-три месяца. Собор начал работу намного раньше. Есть сведения, что даже выборщиков из ближних городов задерживали на заставах верные Годунову стрельцы. Логика Бориса понятна: на предыдущих соборах роль делегатов была номинальной, они лишь одобряли решения «богоизбранного» царя. Поскольку все наместнические должности находились в руках знати, города могли прислать лишь верных боярам людей. Создавать условия, при которых эти сторонники Думы перекричат верных Годуновым москвичей, правителю было совсем невыгодно.

Попытки боярской оппозиции убедить членов Собора принести присягу на верность Думе успехом не увенчались. При активной поддержке Иова и верных ему иерархов большинство проголосовало за Бориса. Но Дума осталась в оппозиции, и Годунов вернулся в монастырь. Тогда патриарх организовал еще одно шествие к келье правителя: утром 21 февраля духовенство вынесло из храмов наиболее чтимые иконы и, собрав множество москвичей, крестным ходом двинулось к Новодевичьему монастырю. Теперь Борис согласился принять шапку Мономаха, и патриарх, не откладывая дела в долгий ящик, здесь же в монастырском соборе объявил Годунова царем. Но для окончательной победы Борису нужно было признание Думы. Однако тщетно Годунов ждал в своей келье боярской делегации. Думские лидеры продолжали упорствовать. Просидев в монастыре еще пять дней, Борис 26 февраля поехал в Кремль. Сторонники приготовили ему торжественную встречу: москвичи несли хлеб-соль, бояре и купцы — соболя и золотые кубки. Годунов принял только хлеб-соль, демонстративно отказавшись от дорогих подарков, а затем пригласил всех к царскому столу. После этого в Успенском соборе Кремля патриарх вторично благословил Бориса на царство.

Однако в Кремль думская делегация тоже не явилась, и Годунов снова вернулся в Новодевичий монастырь. Теперь уже — под предлогом поста и болезни сестры. Весь март и апрель Борис продолжал жить в келье, лишь изредка наезжая в столицу. И только 30 апреля, после того как патриарх организовал еще одно массовое шествие москвичей к монастырю, Годунов второй раз торжественно въехал в Кремль. Его переселение в царские палаты активизировало оппозицию. К этому времени боярские группировки нашли альтернативного кандидата. Им стал Симеон Бекбулатович, крещеный касимовский хан, несколько лет «сидевший» на московском престоле по прихоти Ивана Грозного. Бояре ждали, чем ответит Борис.

А тот нашел оригинальный выход из ситуации. Как только в марте с южного рубежа «поступили сведения» о желании крымского хана Казы-Гирея идти войной на Москву, Годунов «поверил» в серьезность угрозы. Вскоре пришло еще более детальное «подтверждение». 1 апреля воеводы пограничной крепости Оскол сообщили: хан идет «на государевы украйны» и, кроме собственной орды, ведет семь тысяч янычар. Информация была ложной. По договоренности с турецким султаном Казы-Гирей в это время готовил вторжение в Венгрию. Но в Москве, по понятным причинам, опасность игнорировать не стали. Борис лично возглавил армию. Разрядный приказ составил роспись полков, выступающих навстречу врагу. В начале мая, когда войска собрались, бояре оказались перед выбором: продолжать противостояние с Борисом (которое в условиях военного времени будет выглядеть уже как измена воинскому долгу) или занять воеводские посты (и подчиниться Годунову как своему главнокомандующему).

Чуть поколебавшись, вожди Думы выбрали второе. Однако в последний момент они предложили, чтобы воеводой большого полка Борис назначил Симеона. Решение это было в духе московской традиции. Чтобы избежать местнических споров, Иван Грозный часто ставил на высшие армейские посты служилых «царей». Назначения эти были, как правило, номинальными и позволяли передать реальное управление войсками людям талантливым, но неродовитым. Симеону уже доверяли высшие армейские должности в войнах с западными странами. Против соотечественников, по понятным причинам, татар старались не использовать. Борис не стал перечить Думе. Он, можно сказать, даже перевыполнил пожелания бояр. Служилые татары стали старшими воеводами трех главных полков. Но касимовский хан остался дома. Борис отговорился тем, что Симеона в Москве нет, ждать его приезда долго, а время не терпит… Вместо думского избранника большой полк возглавил астраханский царевич Арасланалей Кейбулович. Боярин Мстиславский формально был у него вторым воеводой. Во главе полка правой руки встал казанский царевич Уразмагмет, к которому в подчинение попал Василий Шуйский. Передовым полком управляли бывший сибирский воевода Маметкул и князь Дмитрий Шуйский.