В реальных войнах вторые воеводы могли «перехватить управление» у своих командиров (служилых царевичей), если те не станут слушать «советов» русских коллег. Но в задуманной Борисом «операции» роли поменялись: теперь в случае попытки заговора (а также при любых иных «недоразумениях») Годунов мог опереться на татар в противостоянии с вождями Думы. 7 мая 1598 года армия выступила к Серпухову. Там, на берегу Оки, московские архитекторы и строители воздвигли целый город из белоснежных шатров с причудливыми башнями и воротами. Два месяца простояли здесь полки в ожидании неприятеля. От первого и до последнего дня Годунов ласковыми словами, щедрыми раздачами жалованья и многочисленными пирами добивался признания провинциального дворянства. Он не прогадал. Видя энтузиазм служилой мелкоты, вожди Думы наконец прекратили упорствовать. Этому решению бояр способствовал и дипломатический успех Годунова: 28 июня в его ставку прибыли послы Казы-Гирея, а уже на следующий день Борис подписал с ними договор о мире. Теперь ему оставалось только занять пустующий трон.

2 июля 1598 года Годунов въехал в столицу. Москва встречала его, как триумфатора. Иов в приветственной речи назвал Бориса «великим самодержцем, Богом избранным, Богом возлюбленным». Однако еще весь июль и большую часть августа патриаршая канцелярия продолжала собирать подписи участников Земского собора под избирательной грамотой. Писцы Иова любыми, доступными монахам, способами пыталась получить недостающие голоса. Но хотя после майского Собора многое изменилось, не все из «обязательных» участников соглашались поставить на листах свои автографы. Так, к примеру, по данным Р. Г. Скрынникова, в июльской редакции грамоты (как, впрочем, и в майской) отсутствуют подписи митрополита Казанского и Астраханского Гермогена, а также его архимандритов. И это при том, что Гермоген в церковной иерархии был третьим лицом после патриарха Иова и новгородского митрополита Исидора. Причина проста: Гермоген уже тогда прославился редкой неуступчивостью в принципиальных вопросах. Ему ничего не стоило публично отказаться от подписи «задним числом» и даже разорвать подложную бумагу.

Еще меньший успех ждал писцов в боярских кругах. А потому, промаявшись с новой редакцией до конца августа, Борис с Иовом вторично оставили эту затею. Решили, что на коронации можно обойтись и без грамоты о соборном избрании. Вместо нее 1 сентября 1598 года было организовано еще одно (уже четвертое по счету) народное шествие к Новодевичьему монастырю. Годунов на этот раз ломаться не стал, а сразу согласился венчаться на царство «по древнему обычаю». Коронация состоялась через два дня. Проходила она не в Думе, как у прежних государей, а в Успенском соборе Кремля. Бояре играли там, естественно, самые почетные роли: князь Федор Мстиславский держал шапку Мономаха, князь Дмитрий Шуйский — скипетр. Однако руководили церемонией все же не они, а преданный Борису патриарх Иов.

Обычно монарх при восшествии на престол жаловал подданных чинами, льготами, подарками и деньгами. «Выборный» царь в дарах и милостях превзошел предшественников. Служилые люди получили от него единовременно трехлетнее жалованье, знатные семьи — боярские и думные чины для своих членов. Кроме того, Борис дал тайный обет: править милостиво и не проливать крови в течение пяти лет. При этом он постарался, чтобы о «секретной» царской клятве узнали даже в самых глухих углах страны. После того как вся Россия почувствовала объем царских благодеяний, в Кремле снова вспомнили о грамоте, которая должна была подтвердить законное избрание Годунова на Соборе. Этот третий вариант, носящий название «утвержденной грамоты», был составлен царской канцелярией в 1599 году. Естественно, ни о каком свободном волеизъявлении речи в нем не шло. По мнению Р. Г. Скрынникова, кроме имитации выборов, у «утвержденной грамоты» было еще одно важное назначение: она стала своего рода поручной записью, четко очертив круг лиц, от которых Борис требовал доказательств лояльности. Круг этот составляли бояре, столичные и провинциальные дворяне, приказные чины, высшие церковные иерархи и верхушка городского посада.

Как только они поставили на листе свои подписи, «тайная милостивая» клятва была, естественно, забыта. Царь Борис потихоньку, исподволь, принялся утеснять и понижать в чинах (а то и подвергать прямой опале) всех, кто противился его избранию. На протяжении следующих двух-трех лет каждому из них пришлось пожалеть о своей позиции на Соборе. Вряд ли это было обычной местью. Похоже, Годунов принимал превентивные охранительные меры. Царь имел веские причины для спешки: из-за волнений «выборной кампании» его здоровье сильно пошатнулось, а сын был еще слишком юн и неопытен, чтобы удержаться на престоле в случае смерти родителя. Репрессиями Борис расчищал наследнику дорогу к трону. И потому острие их обрушилось не на Шуйских и Мстиславских, давних противников Годунова. Под удар попали конкуренты его сына в борьбе за престол, Романовы.

В конце октября 1600 года посланные царем стрельцы ночью взяли штурмом романовское подворье. Братьев Федора, Александра, Михаила и Василия обвинили в тягчайшем государственном преступлении — покушении на жизнь царя. Доказательством служили найденные у Александра «колдовские» корешки. В конце XVI — начале XVII века, когда все болезни лечили травами или молитвой, подобную «улику» можно было обнаружить в любом доме. Однако на ее основании следствие сделало вывод, что Романовы пытались «царства достати ведовством и кореньем». Вместе с братьями в тюрьмы попало множество их друзей, родственников и сторонников, что делает «колдовскую» версию совершенно неправдоподобной. Еще одна важная деталь судилища прямо уличила Годунова в подлоге: самого старшего из Романовых, Федора Никитича, не только заточили, но и постригли в монахи — мера совершенно излишняя с точки зрения якобы совершенного братьям преступления, но гарантирующая (по понятиям того века) выбывание из борьбы за трон.

Укрепив положение наследника и его шансы сохранить престол после смерти отца, царь Борис занялся международными делами. А здесь на тот момент сложилась довольно любопытная ситуация. Крымское ханство с 1594 года втянулось в длительную войну с Венгрией. В 1598 году Казы-Гирей заключил мир с Россией, и Борису больше не было нужды держать крупные силы на юге. К концу 1599 года Сигизмунд III окончательно лишился шведского престола. Польский король и его дядя Карл IX вели между собой войну в Эстляндии. Естественно, обоих монархов интересовало, как намерен реагировать на это их восточный сосед. Особенно сильно беспокоился Сигизмунд III, поскольку мира с Россией у его страны не было уже 87 лет, а срок перемирия истекал через три года.

Для прояснения ситуации в 1600 году из Вильно в Москву выехало «великое посольство» во главе с литовским канцлером Львом Сапегой. Представители Сигизмунда III предложили России союз по типу того, что действовал между Литвой и Польшей до 1569 года. По условиям договора оба государства должны были оказывать друг другу помощь в случае нападения третьей стороны. Они обязались вести переговоры и заключать соглашения с иными странами «…под общими обоих государств титулами и через общих послов». Для этого Сапега предлагал учредить при царском и королевском дворах союзнические представительства. Кроме согласованных военных действий против турок и шведов, планировалось создать совместные торговые и военные флоты на Черном и Балтийском морях. Материалы, вооружение и деньги для обеих флотилий должны были храниться на территории Польши. Для строительства морских судов Россия обязалась поставить на верфи лес, смолу, канаты и другие ценные материалы. Снаряжение флотов финансировали совместно. Но набор матросов и «людей рыцарских» Сигизмунд III «великодушно» брал на себя.