Консистории и синоды Реформатской Церкви стремились повлиять на Большую ассамблею. Консистории подали свои наказы синодам, которые затем подготовили совместную петицию, зачитанную перед Большой ассамблеей. Самого Боэция попросили написать наказ от имени утрехтской консистории. Он хотел, чтобы Большая ассамблея подтвердила акты Национального Синода в Дордрехте как основу государственной Церкви, и чтобы Генералитет получил более широкие полномочия в вопросах защиты и покровительства Церкви. В частности, Союзу и провинциям, по его мнению, необходимо было более эффективно бороться с католичеством, более ревностно распространять Реформацию в Генералитетских землях, и противодействовать растущей угрозе социнианства.

В совместных петициях синодов Большой ассамблеи утверждалось, что католицизм возрождается — и что его подавление должно проводиться более эффективно во всех провинциях и в Генералитетских землях. В последних должно было вступить в силу изгнание католиков со всех должностей, заблокированное с 1649 г. В то же время синоды хотели, чтобы Большая ассамблея приняла постановление, согласно которому ни одна пользовавшаяся терпимым отношением конгрегация лютеран, меннонитов и ремонстрантов не могла быть основана там, где они пока отсутствуют, чтобы предотвратить их дальнейшее распространение, и чтобы евреям, «богохульствующим против Христа», было запрещено публично исповедовать свою веру во всех Соединенных Провинциях, а также приняла энергичные меры по подавлению социнианства. Наконец, в отношении образа жизни синоды требовали издания указов по ужесточению соблюдения воскресенья, пресечению вызывающей одежды и проституции, и закрытию танцевальных школ.

Фрисландия и Гронинген горячо поддержали эти требования и призывали к большей координации действий между провинциями в церковных делах в целом, доказывая, что хотя провинции имели общую государственную Церковь и единые правила по борьбе с католицизмом, но отсутствие органа власти Генералитета для надзора за выполнением указов на территории всех Соединенных Провинций серьезно подрывало возможность провинций проводить согласованную политику в этой сфере. Оверэйссел также одобрил петиции синодов. Но Голландия отвергла призыв Фрисландии к «гармонии и единству, которые должны совместно установить Соединенные Провинции». Государственной Церкви было отказано во многом из того, что она хотела. Голландия согласилась, впрочем, подтвердить акты Национального Синода 1618-19 гг. в качестве единой основы государственной Церкви во всех Соединенных Провинциях, ослабив опасения, что в стране могут произойти попытки обесценить завоевания контрремонстрантов 1618-19 гг., и постановила, что пользовавшимся веротерпимостью Церквям — лютеранам, анабаптистам и ремонстрантам — «в будущем не дозволено появляться в любых других местах, за исключением тех, где они уже существуют», это подразумевало, что изгнание этих вероучений из многих городов и значительной части сельской местностиотныне становилось согласованной политикой Союза.

Третьей главной заботой Большой ассамблеи была организация и командная структура армии. Ни одна провинция не хотела ослабления принципа общей армии и системы обороны. Но провинции не могли придти к единому мнению относительно того, как Генералитет без штатгальтера должен управлять армией и назначать и продвигать по службе армейских офицеров. Несколько провинций, особенно Гелдерланд, который поставлял большую долю армейских офицеров нидерландского происхождения, пытались уменьшить степень влияния Голландии, переложив ответственность за назначение и продвижение по службе на Генеральные Штаты, в которых Голландии принадлежал только один голос из семи. Но Голландия, при поддержке Зеландии, предложила менее громоздкий метод, настаивая на том, чтобы продвижением офицеров по службе занимался Raad van State, где Голландия обладала двумя голосами из восьми. В конечном счете, был найден компромисс, заключавшийся в том, что назначение на армейские должности должно производиться совместно Генеральными Штатами и Raad van State.

Подход Голландии к проблемам, связанным с армией, вызвал яростный шквал критики со стороны некоторых дворян и военнослужащих во внутренних провинциях, которые сочли, что он имеет ярко выраженный политический оттенок. Ван дер Капеллен жаловался, что голландские регенты не только не имеют опыта и знаний, необходимых для правильной оценки кандидатов на продвижение по службе, но и заботятся не столько о военной эффективности, сколько о продвижении своих родственников и друзей и превратят армию в сеть политического патронажа, «обращая мало внимания на заслуги». Изменение в структуре власти в 1650-51 гг. действительно повлекло за собой далеко идущие последствия для связей между армией и обществом. Голландия, радикально сократив размер армии, теперь попыталась политически ее подчинить и уменьшить ее статус. Кроме установления контроля над системой назначений и продвижения по службе, голландские регенты стремились нейтрализовать прооранжистские настроения в армии, — в частности, помешать назначению Фридриха-Виллема на должность «исполняющего обязанности капитан-генерала» или получению им какого-либо влияния в рядах армии. Никто не забыл, что в 1650 г. именно он командовал войсками, направленными против Амстердама. Добившись назначения Волферта ван Бредероде главнокомандующим с титулом фельдмаршала, Голландия гарантировала, что ни одна личность, которая могла бы представлять угрозу в политическом отношении, не возглавит армию и не двинет войска против гражданских властей. Большая ассамблея еще больше понизила статус военных, постановив, что в гарнизонных городах ключи от города и ответственность за открытие городских ворот на рассвете и в сумерках должны быть переданы от военных губернаторов бургомистрам. Аналогичным образом, юрисдикция армейского командования над солдатами, обвиненными в совершении правонарушений, была уменьшена до предельного минимума — случаев дезертирства и неповиновения, тогда как все дела, связанные с нападениями, грабежами, изнасилованиями и убийствами, в которых были замешаны солдаты, передавались гражданским властям.

Большая ассамблея также обсудила вопрос представительства в Генеральных Штатах и в коллегиях Генералитета. С самых первых дней существования Союза количество провинций, имевших право голоса, оставалось неизменно равным семи. Но должны ли быть постоянно исключены из их числа другие области, особенно Статс-Брабанте и Дренте, а если да, то на каком правовом основании? С 1648 г. города Статс-Брабанта, во главе с Хертогенбосом и Бредой, вербовали сторонников в провинциальных ассамблеях с целью разрешения получить право голоса в Генералитете. Для этой провинции на кону стояло многое, так как представительство в Генеральных Штатах должно было принести с собой не только повышение статуса, но и политическое влияние и то же самое право на самоуправление и налогообложение, которым обладали существующие семь провинций.

На своем собрании в Тилбуге в январе 1651 г. делегация городов Статс-Брабанта договорилась, что если им не удастся добиться признания в качестве провинции с полным правом голоса, то, во всяком случае, было бы выгодно получить «хотя бы свободу самоуправления и самостоятельного сбора налогов», как Дренте. Дренте также отправила делегации к разным провинциальным ассамблеям, прося предоставить ей полное право голоса.