В этих боях Дон Хоу и Джеки Робертс были ранены (у последнего была повреждена сетчатка и его срочно отправили в Англию), а 14.12.1943 мина попала в наблюдательный пункт кавалера Военного креста Генри Гослина, который получил тяжелые осколочные ранения спины. Врачи несколько дней боролись за его жизнь, но помочь футболисту не смогли. Один из сыновей погибшего героя – Боб Гослин, позже занимал один из высоких постов в полиции Болтона, Южного Йоркшира и Кембриджшира. Войну футболисты «Болтона» завершили вместе со своим полком в Риме.

В марте 1941 года в составе «Болтон Уэндерес» дебютировал сын местного шахтера, 15-летний центрфорвард Натаниэль («Нэт») Лофтхаус (в Болтоне он родился и прожил всю жизнь), который составил очень мощный и перспективный атакующий дуэт с другим новым нападающим команды – Уолтером Сайдботтом. Однако, вскоре Сайдботтом достиг призывного возраста и отправился служить в ряды Королевского флота (в ноябре 1943 года его корабль был торпедирован немецкой подлодкой в Ла-Манше и футболист утонул). А Лофтхаус на долгие годы лидером болтонского клуба и сборной Англии, одним из самых эффективных бомбардиров в истории главной национальной команды: в 33 матчах в ее составе он забил 30 голов!

Уже в своем дебютном матче против «Бери», 22.03.1941, Лофтхаус отметился «дублем». А свой первый матч в чемпионате Англии Нэт сыграл лишь спустя пять лет. Это был матч против «Челси» 31.08.1946, в котором форвард вновь оформил «дубль». Вскоре Лофтхаус стал одним из самых известных и устрашающих нападающих своего поколения, который славился физической силой, голевым чутьём и прекрасным умением играть в воздухе.

В 1953 году Нэт Лофтхаус выиграл приз «Игрок года» по версии футболистов ПФА, а кроме того стал лучшим бомбардиром первого дивизиона с 30-ю голами. Последним матчем «Лофти» в составе «Болтона» стала игра против «Бирмингем Сити» 17.12.1960, в которой он получил травму колена.

Всего в составе «странников» Нэт Лофтхаус в сезонах 1946/1947–1960/1961 провел 504 официальных матча и забил 286 голов (255 – в чемпионате страны, 28 – в Кубке ФА, 3 – в Суперкубке Англии), дважды играл в финале Кубка Англии.

После завершения игровой карьеры Нэт Лофтхаус оставался в родном клубе до самой смерти. Он был ассистентом тренера, главным тренером, исполняющим обязанности менеджера, дважды принимал команду как менеджер, занимался селекцией и административной работой, а в 1986 году стал президентом, а после – почетным президентом «Болтона». 02.12.1989 Лофтхаус стал Почётным гражданином Болтона, 01.01.1994 получил офицерский Орден Британской империи, а 18.01.1997 Восточная трибуна нового стадиона «Рибок» была названа его именем. В 2002 году Лофтхаус стал членом Зала славы английского футбола.

В августе 1944 года менеджером «Болтон Уондерерс» стал Уолтер Роули, сменивший ушедшего на пенсию Чарльза Фауэрекера. В сезоне 1944/1945 футболисты «Болтона» стали обладателями Военного кубка Футболной лиги. Сначала «странники» в Северном финале переиграли «Манчестер Юнайтед» (1:0, 2:2; в первом матче отличился Лофтхаус, во втором «дубль» оформил 20-летний Малкольм Уильямсон Баррас, до этого игравший за любительский клуб «Форд Моторс»), а потом в главном матче на лондонском «Стэмфорд Бридж» 02.06.1945 победили триумфаторов Южного финала – «Челси», со счетом 2:1. По голу в этом матче забили Джордж Хант и бывший защитник клуба «Конглетон Таун» Томас Лоуренс («Лол») Гамлетт, реализовавший штрафной, назначенный за снос Малкольма Барраса.

В составе «Болтон Уондерерс» тогда играли: Гарри Хаббик, Нэт Лофтхаус, Джордж Хант, Лол Гамлетт, Джек Херст, Томми Синклер, Уилли Моир, Малкольм Баррас, Альберт Джелдард, Джек Аткинсон, Стэн Хэнсон, Рэй Вествуд, Том Вудворд, Джеки Робертс, Дон Хоу, Эрни Форрест.

Первый послевоенный розыгрыш Кубка Англии «Болтон» начал очень удачно. Поочередно были повержены клубы «Блэкберн Роверс» (1:0, 3:1), «Ливерпуль» (5:0, 0:2), «Мидлсбро» (1:1, 1:0). В первом четвертьфинальном матче «странники» на выезде со счетом 2:0 обыграли клуб «Сток Сити».

Посмотреть ответный поединок, который прошел на стадионе «Бёрнден Парк» 09.03.1946, пришло по официальным данным 65419 зрителей. Однако, на самом деле их было около 80 тысяч. Трибуны были забиты так, что невозможно было пошевелиться. А люди все продолжали и продолжали прибывать. Когда команды сыграли уже 15 минут, под напором толпы рухнули два заградительных барьера и те, кто стояли впереди, потеряли равновесие и были смяты задними рядами.

О том, что произошло, стало понятно не сразу, и матч как ни в чем ни бывало продолжался. Однако вскоре арбитр матча Дантон остановил игру, но по требованию полиции, которая опасалась, что толпа выйдет из-под контроля, матч был доигран. О том, что происходит, по-прежнему большая часть присутствовавших не имела понятия. Игра завершилась со счетом 0:0, и только на следующий день из газет страна узнала о масштабах трагедии – 33 погибших, около пятисот раненых и травмированных. Потрясенные этой трагедией, игроки «Болтона» в полуфинале уступили в Бирмингеме клубу «Чарльтон Атлетик» со счетом 0:2.

В 1953 году «Болтон Уондерес», который тогда тренировал Билл Риддинк (он принял коллектив в октябре 1951 года), в шестой раз вышел в финал Кубка Англии. До этого были побеждены клубы «Фулхэм» (4:1), «Ноттс Каунти» (1:1, 2:2, 1:0), «Лутон Таун» (1:0), «Гейтсхед» (1:0) и «Эвертон» (4:3). В решающем матче на стадионе «Уэмбли» 02.05.1953, вошедшем в историю как «Финал Мэтьюза», со счетом 4:3 победил клуб «Блэкпул». В составе финалистов из Болтона в тот день играли: Стэн Хэнсон, Джон Болл, Ральф Бэнкс, Джонни Уилер, Малкольм Баррасс, Эрик Белл, Дуг Холден, Вилли Мойр (капитан; игрок сборной Шотландии был единственным иностранцем в команде, в которой он начинал свою карьеру), Нэт Лофтхаус, Харолд Хассэлл, Бобби Лэнгтон. Восемь человек из этого состава были воспитанниками клуба.

В сезоне 1957/1958 Кубок Англии в четвертый раз покорился футболистам «Болтона». В ходе турнирной борьбы подопечными Билла Риддинга были переиграны клубы «Престон Норт Энд» (3:0), «Йорк Сити» (0:0, 3:0), «Сток Сити» (3:1), «Вулверхэмптон» (2:1) и «Блэкберн Роверс» (2:1). В финале, 03.05.1958, соперником «странников» стал «Манчестер Юнайтед», обескровленный в феврале в результате мюнхенской авиакатастрофы. На поле вышли лишь четыре игрока, выжившие в крушении. Остальные были новичками клуба.

Этот матч «Болтон» выиграл со счётом 2:0 благодаря «дублю» Нэта Лофтхауса на 3-й и 50-й минутах. Цвета победителей защищали: Эдди Хопкинсон, Рой Хартл, Томми Бэнкс, Дерек Хеннин, Джон Хиггинс, Брайан Эдвардс, Брайан Берч, Деннис Стивене, Нэт Лофтхаус (капитан), Рэй Пэрри, Дуг Холден. Все – англичане, из которых семеро были собственными воспитанниками.

Это был последний трофей, завоеванный командой. По итогам сезона 1963/1964 (21-е, предпоследнее место) «Болтон» покинул первый дивизион. Сезоны 1971/1972 и 1972/1973 команда провела в третьем дивизионе, но в конце 70-х годов нашла в себе силы вернуться в элиту. Правда, всего лишь на два сезона (1978/1979 и 1979/1980), а потом началось новое падение, в результате которого «странники» встретили сезон 1987/1988 в четвертом двизионе. Лишь по итогам сезона 1994/1995, команда под руководством шотландца Брюса Риока, победив в финале плей-офф «Рединг», вышла в Премьер-лигу.