По возращении из Германии в Россию Левит вначале выражал убежденность в правоте ламаркизма, заявляя, что с марксистской позиции очевидно прямое и быстрое влияние природных и социальных условий на изменение наследственности: "В сущности говоря, пролетариат СССР, а стихийно вслед за ним и большинство русских врачей уже давно признали возможность наследования приобретенных признаков" (2). На этом основании он даже сделал заявление, что никаких "наследственных болезней" быть не должно, и врачам не следует характеризовать болезни как наследственные, поскольку от их допущения веет фатализмом, а декларации о наличии наследственных болезней противоречат принципам профилактической медицины и обезоруживают врача. "От высказываний генетиков веет глубоким пессимизмом и немощью", — писал он (3). Левит был зачислен ассистентом на кафедре госпитальной терапии (заведующим был выдающийся русский терапевт Д. Д. Плетнев). В эти годы (1922–1925) Левит был включен в узкое число так называемых членов руководства МГУ.

Будучи человеком исключительно мощного темперамента и отличавшийся огромной трудоспособностью, Левит успевал и учиться, и вести общественную работу, и много читать, и работать в лаборатории. На созданной в МГУ Четвериковым специализации по генетике (после ареста Четверикова ею стал руководить Серебровский) Левит прошел под руководством Серебровского практикум по этому предмету. В деборинском журнале "Под знаменем марксизма", который тогда еще был центральным теоретическим журналом ЦК ВКП(б), Серебровский заявил в 1926 году, что генетика и марксизм не противоречат нисколько друг другу, что генетика, "будучи совершенно объективной точной наукой", правильно трактует проблемы медицины (4). Вернувшись на следующий год из Берлина с 5-го Международного генетического конгресса, Серебровский опубликовал в "Правде" статью о важности доложенного на конгрессе американцем Германом Мёллером доказательства возможности искусственного вызывания мутаций рентгеновскими лучами и заявил, что теперь марксисты не могут отрицать генетики, поскольку именно эта наука доказала изменение наследственности факторами внешней среды (5).

Поскольку Левит в это время, выполняя дрозофильный практикум у Серебровского, часто контактировал с ним, последний, будучи прекрасным полемистом и пылким апологетом большевизма, сумел быстро склонить на свою сторону другого большевика — Левита, и тот полностью излечился от своего ламаркистского "недуга". Больше никогда в жизни он не выражал склонностей к ламаркистским взглядам. Наращивал он и свои медицинские знания, в 1929 г. опубликовал монографию "Геморрагические диатезы. Болезнь Верльгофа и сходные с ней патологические формы".

Серебровский убедил его перейти вместе с ним в Комакадемию, и до 1930 года Левит числился ученым секретарем Секции естественных и точных наук Комакадемии, одновременно работая заведующим кабинетом в зеленинском институте. Предложенная Зелениным программа изучения наследственности человека выполнялась с размахом.

Первые научные результаты кабинета были изложены в опубликованном в 1929 году томе трудов, выпущенном под редакцией Левита и Серебровского (6). В предисловии к сборнику Левит отметил важную роль новейших достижений в генетике (оценив особо работы американских ученых) и утверждал, что, изучая гены и происхождение патологических форм, советские ученые идут нога в ногу с мировой наукой (7).

В 1930 году кабинет был переименован в Отделение генетики, и в нем серьезное внимание было обращено на изучение наследственных характеристик близнецов. Том II "Трудов" открывался статьей Левита "Человек как генетический объект и изучение близнецов как метод антропогенетики" (8). Зеленин в том году попал в немилость властей, и Левита назначили директором всего института. Заняв кресло руководителя учреждения, он сфокусировал исследовательскую программу института исключительно на изучении наследственных болезней (9) и начал создавать первый в мире исследовательский центр, специализированный исключительно на медицинской генетике.

Но в этот момент в судьбу института вмешались личные пристрастия товарища Сталина. Как уже упоминалось выше (см. Главы 4 и 6), Левит вместе с Дебориным, Стэном, Каревым, Гессеном, Аголом и другими деборинцами подписал письмо с протестом против обвинений Ярославского, который заявил, что сторонники Деборина недооценивают научные труда Сталина и отклонились от партийной линии в науке. "Письмо девяти" с отверганием высказываний Ярославского было опубликовано в журнале "Под знаменем марксизма" в мае 1930 года перед самым началом 16-го съезда партии большевиков, и над Левитом, как и над остальными подписавшими письмо, начали сгущаться тучи. Размах нападок указывал на то, что Сталин лично дирижирует разворачивающейся кампанией против тех, кто не согласился признать его лидером философии в СССР. Стэн и Карев уже были обвинены, но и все другие подписанты письма, не были забыты. Левит, кроме того, допустил еще одну ошибку, когда подверг сомнению верность слов Сталина, произнесенных на конференции марксистов-аграрников в декабре 1929 года, что теория отстает от успехов и запросов практики.

Несколько ученых в СССР получили в это время приглашения американского Рокфеллеровского фонда, бравшегося оплатить их годичное пребывание в США для ознакомления с новыми методами исследований. В числе получивших приглашение, были Левит и Агол, и они посчитали разумным воспользоваться такой возможностью и ретироваться с глаз долой, надеясь, что за год шум уляжется и об их "грехах" подзабудут. В декабре 1930 года они вместе с М. С. Навашиным выехали в США.

Для стажировки Левит и Агол направились в лабораторию Германа Джозефа Мёллера (1890–1967). Мёллер родился в Нью-Йорке в бедной семье (остался без отца в возрасте 9 лет). Он хорошо учился в средней школе, и, благодаря блестяще сданным в школе выпускным экзаменам, получил в 1907 году стипендию для первого года учебы в Колумбийском университете в Нью-Йорке. В 1909 году он впервые в этом университете организовал студенческий клуб для обсуждения насущных биологических проблем. В нем участвовали его школьный товарищ Эдгар Алтенбург и двое студентов курсом младше — Бриджес и Стёртевант, которые позже составили (вместе с Мёллером) костяк лаборатории, организованной Томасом Хантом Морганом — будущим создателем хромосомной теории наследственности, награжденным в 1933 году Нобелевской премией.

В СССР с начала 1920-х годов было хорошо известно, что Мёллер разделяет коммунистические взгляды. В 1921 году на конференции в Колд Спринг Харборской лаборатории (вблизи от Нью-Йорка, ею тогда руководил убежденный евгеник Ч. Дэвенпорт) он познакомился с Н. И. Вавиловым, который пригласил его приехать в СССР. В августе 1922 года Мёллер посетил СССР с кратким визитом, побывал в Кольцовском институте, 19 августа 1922 года посетил летнюю биостанцию Кольцовского института, где передал С. С. Четверикову небольшой набор мутантов дрозофилы, с которой работали в лаборатории Моргана. Четвериков организовал спецкурс для студентов-биологов в МГУ, в ходе которого использовал эти линии для обучения студентов и аспирантов хромосомной генетике по-видимому впервые в Европе.

В первой половине 1930 года Мёллер, регулярно наезжавший в лабораторию своего учителя Томаса Моргана в Калифорнийском технологическом институте, провел немало дней в беседах с другим известным советским генетиком, Антоном Романовичем Жебраком, который в течение двух лет (с 1930 по 1932 годы) работал в лабораториях Моргана и Данна в США. Антон Романович был многолетним членом партии большевиков, спокойным и уравновешенным человеком, убежденным и глубоко знающим марксистскую теорию ученым. Гость из СССР оказал на американского ученого огромное влияние, усилив его прокоммунистические настроения.