Энергичный молодой врач стоял неизмеримо ближе к истинному положению вещей, чем Гален, препарировавший во II веке человекообразных обезьян и, тем не менее, обладавший непререкаемым авторитетом. В своем анатомическом трактате, снабженном подробнейшими иллюстрациями (некоторые из них выполнил ученик Тициана Ян ван Калкар), Везалий исправил 200 ошибок, содержавшихся в труде Галена «О частях человеческого тела». В 1540 году он убедительно доказал свою правоту в Болонье, вскрыв трупы обезьяны и человека и продемонстрировав разницу между ними. Этим он выбил пьедестал из-под ног всеобщего кумира. Но вместо того, чтобы поставить на освободившееся место Везалия, ученые доктора подхватили низверженную статую, стараясь водрузить ее обратно. Один оппонент молодого анатома даже заявил, что во времена Галена строение человеческого тела было иным, а потому учитель всё равно прав.

Парижский парламент еще в 1551 году запретил забирать трупы без дозволения декана и препарировать их в отсутствие доктора факультета, но любовь к науке не знала преград. По легенде, Везалий, будучи в Париже, каждую ночь ходил воровать трупы на кладбище Невинных и к виселице на Монфоконе. Точно так же поступали во времена Платтера студенты в Монпелье. У них повсюду, вплоть до монастырей, были свои люди, предупреждавшие о похоронах.

Брат Бернар из монастыря августинцев вечером прятал похитителей в своей келье. В декабре 1554 года, в глухую полночь, осушив несколько бутылок, заговорщики отправились вслед за монахом на кладбище Сен-Дени, озираясь, опасаясь переговариваться и держа шпаги наготове. Выкопав труп голыми руками, они положили его в мешок, вернулись в город, постучали в ворота и, чтобы отвлечь внимание привратника, услали его за вином. Тем временем жутковатую ношу переправили в дом бакалавра медицины Галлота и потом до утра терзали труп скальпелями.

17 января 1555 года состоялся новый сеанс анатомии под руководством доктора Гишара (объект — останки молодого подмастерья), а 31 января студенты совершили новый набег на кладбище, выкопали старуху и ребенка и вскрыли трупы в келье брата Бернара, потому что внести их в город было немыслимо. Студенты-немцы чуть не поссорились с Феликсом, потому что он не предупредил их о готовящемся сеансе, поскольку дал клятву друзьям-французам, что никому, даже своим соотечественникам, не расскажет об экспедиции.

За трупы порой приходилось в буквальном смысле драться, причем вовсе не с заплечных дел мастерами. В 1615 году несколько парижских хирургов с помощью лакея унесли останки преступника, казненного палачом Гильомом. Университет затребовал труп себе и особым постановлением запретил выдавать покойников хирургам без разрешения декана медицинского факультета, позволив последнему отбирать трупы, которые умыкнули незаконно. Хирурги на это постановление чихать хотели. В 1622 году несколько лакеев ворвались в анатомический театр Риолана прямо во время сеанса вскрытия и унесли наглядное пособие. Час мести пробил в 1672 году: по распоряжению парламента полиция забрала труп у хирургов из Коллегии Сен-Ком и передала его университету.

Больницы часто отказывались выдавать трупы нищих для «надругательства»; особенно непримиримую позицию в этом вопросе занимало руководство городской больницы Нанси в Лотарингии, так что местные студенты-медики даже в 1775 году могли увидеть только четыре вскрытия. В Париже в 1747 году доктор Уинслоу не смог провести четвертое занятие, полагающееся по программе, из-за отсутствия «материала». В Бордо было и того хуже: в 1749 году весь курс анатомии занял десять дней, а в 1756-м его вообще прикрыли.

При случае обращались к палачу, который был готов расстаться с телом своей жертвы за каких-то три ливра. В Реймсе труп «большой Жаннетты», повешенной в 1786 году за убийство, послужил для анатомических опытов, а потом ее скелет еще долго хранился на факультете. В Страсбурге анатомический театр, открытый в 1670 году, помещался при секуляризованной часовне, примыкающей к гражданскому госпиталю, который и поставлял «сырье».

В начале XVII века на медицинском факультете Парижского университета было два профессора: Жан Гишар преподавал «противоестественные предметы» (то есть патологии), а Жан де Рюэль занимался «естественными предметами» (анатомией, физиологией) и «неестественными» (гигиеной и диетологией). С 1634 года к ним присоединился профессор хирургии на латыни, с 1646-го — профессор ботаники. В 1651 году факультет настолько обеднел, что не мог им платить, и университет проголосовал за субсидию в 800 ливров.

В Бордо в 1757 году было только два профессора (медицины и ботаники), которые проводили четыре занятия в неделю. В 1758 году академик Кретьен-Гильом де Ламуаньон де Мальзерб (1721–1794), страстно увлекавшийся ботаникой, предложил местному интенданту основать при университете кафедру химии, ботаники и медицины, но члены городского правления не нашли на это денег. На следующий год университетское начальство попросило субсидию на кафедру анатомии и хирургии, но и на это в городском бюджете денег не нашлось. Тем всё и кончилось.

По части клинического образования Италия периодически опережала Францию. Первым водить студентов к «живым больным» стал в XVI веке профессор да Монте в Падуе. Больница Святого Франциска и позже поставляла наглядные пособия для обучения; этот опыт переняли в Риме. Профессор Бальиви утверждал: «Да будет ведомо молодым, что никогда им не найти более интересной и познавательной книги, чем сам больной». Голландские студенты, обучавшиеся в Падуе, внедрили этот метод в Нидерландах, и Бургаве основал в Лейдене клинику на 12 коек.