В начале сентября в Корнуолле пехота Эссекса сложила оружие, и сам он едва спасся бегством. Короля в немалой степени вдохновляло то, что Джеймс Грэм, маркиз Монтроуз, поднял на войну за его дело обитателей горной Шотландии. Успехи Монтроуза повергли равнинную Шотландию в шок и привели к отзыву многих лучших полков Лесли.

В такой ситуации Кромвель взбудоражил палату общин, обвинив Манчестера в «мешканье во всех действиях». Религия сделала разрыв между партией войны и партией мира в парламенте еще более непримиримым. Еще с июля 1643 года в Вестминстере заседала Коллегия клира по реформе церкви. В результате союза с шотландцами появилась Пресвитерианская церковь Англии. Но некоторые духовные лица из числа индепендентов желали менее жесткого и нетерпимого устройства церкви, просили о большей автономии для отдельных конгрегаций и о свободе образовывать общины на основе совместных убеждений и исповедуемых принципов, а не просто принадлежности к приходу. Разделился и парламент. Кромвель и его союзники отстаивали более широкий принцип свободы совести. В результате «пресвитерианин» и «индепендент» стали приблизительными обозначениями для правого и левого крыла в парламенте, как по политическим, так и по религиозным вопросам. Индепенденты употребили все свое влияние на проведение через парламент двух решительных мер, которые и изменили ход войны, — речь идет об уже упоминавшихся «Билле о самоотречении» и «Постановлении нового образца».

14 июня 1645 года при Несби произошла решающая битва гражданской войны. Парламентская армия во главе с Томасом Ферфаксом насчитывала 15000 человек, а королевские силы по различным данным 7500 — 10 000. В ночь на 14 июня в лагере Карла узнали, что королевский патруль близ Несби столкнулся с патрулем «круглоголовых». В литературе часто можно прочесть, что решение вступить в бой было принято на спешно собранном военном совете, где король поддержал мнение «крайних» в своем окружении, в частности государственного секретаря лорда Дигби и казначея Джека Эшбурнхэма. Это подтверждает и «История Великого мятежа» графа Кларендона. Однако этот труд был написан в 1671 году — значительно позднее сражения при Несби. По мнению историка Р. Каста, и Кларендону, и военному секретарю Карла сэру Эдварду Уолкеру не следует доверять, ибо они стремились объяснить поражение в войне раздорами в верховном командовании «кавалеров». Каст склонен опираться на утверждение Дигби, что военного совета в ту ночь не проводилось вообще. Сказав, что о событиях ночи с 13 на 14 июня «мы никогда не будем знать наверняка», историк приводит сообщение одного из адъютантов короля о том, что, получив известие о неприятеле, Карл вскочил с постели и направился из Люббенхэма в Маркет-Харборо, где находился принц Руперт. Получается, решение вступить в бой они приняли вдвоем. На него повлияли отсутствие точной информации о численности армии Ферфакса, ошибочное мнение об отсутствии боевого духа в «Армии нового образца» (5 июня была снята осада Оксфорда), да и всегдашняя уверенность Карла, что на его стороне Провидение, поскольку дело его правое. В последнем он и Кромвель были едины. Есть также мнение, что, видя численное превосходство «круглоголовых», король хотел уклониться от сражения, но принц Руперт настоял на битве, аргументируя это тем, что дворянская армия лучше крестьянской.

Сражение развивалось так. На правом фланге «Армии нового образца» стояла кавалерия Кромвеля, на левом фланге конницей командовал зять Кромвеля — Генри Айртон. Удар кавалерии роялистов под командованием принца Руперта пришелся по левому флангу, и он был опрокинут. Но принц в такой степени увлекся преследованием противника, что фактически оставил поле боя. В центре королевская пехота все более теснила пехоту «круглоголовых». Исход боя полностью зависел от ситуации на правом фланге. Кромвель не стал дожидаться нападения и первым повел своих конников в атаку. Об этом он позже написал: «Когда я увидел, как противник выстраивается и идет на нас в блестящем порядке, и когда я подумал, что мы только сборище невежественных людей… то я улыбнулся и вознес благодарение Богу, так как был уверен, что Он посрамит кавалеров». После короткой схватки кавалерия роялистов обратилась в бегство. Кромвель не повторил ошибку Руперта и только часть своих сил направил на преследование кавалеристов короля. С основными силами он обрушился на тыл и фланг пехоты противника, которой после этого оставалось либо погибнуть, либо сложить оружие. Многие избрали первое, но еще больше роялистов оказалось в плену. В один момент Карл хотел сам броситься в атаку во главе небольшого резерва, но кто-то схватил под уздцы его лошадь. Когда Руперт вернулся к месту сражения, все уже было кончено. Армия короля потеряла всю артиллерию и кабинет Карла с секретной перепиской. 5000 роялистов сложили оружие.[139]

Потерявшие надежду на успех, деморализованные остатки королевской армии были способны только на сопротивление в укрепленных замках, главным образом на западе Англии, и в сохранившихся в их руках городах. Да и те брались противником один за другим и нередко капитулировали при малейшей угрозе. 10 июля роялисты были побеждены на западе при Лэнгпорте, в сентябре при Филипхо был разбит последний небольшой отряд горцев Монтроуза. В то же время популярность и влияние Кромвеля крепли. Даже палата лордов признала его незаменимым в армии. Было предложено отметить его заслуги присвоением титула барона, но Кромвель это предложение отклонил; тогда ему были переданы конфискованные владения маркизы Вустерской.

Конец гражданской войны наступил в июне 1646 года, когда капитулировал осажденный силами парламента Оксфорд, а Карл, переодетый в одежду слуги, с двумя верными сторонниками бежал и отдал себя в руки Шотландской пресвитерианской армии в Ньюарке. Принятый с почетом, он вскоре, однако, очутился в положении пленника и был переведен в Ньюкасл-на-Тайне. Шотландцы в обмен на военную поддержку требовали, чтобы Карл принял Ковенант и согласился на введение в Англии пресвитерианства. Но Карл не умел вести переговоры, подразумевающие поиск компромисса и требующие гибкости, он отказывался принимать сам факт того, что политический процесс требует сделок и уступок. В этом была его главная слабость — он просто определял свои собственные цели и пытался их добиваться. Впрочем, и сейчас король считал себя лишь временно проигравшим.

В это время Карл находился в поисках духовной опоры. Не случайно он предпринял старания для того, чтобы опубликовать в Англии труды немецкого христианского мистика, провидца, теософа, родоначальника западной софиологии — учения о «премудрости Божией» — Якоба Беме, в особенности его труд под названием «Великая тайна». Читая сочинение Беме «Сорок вопросов о душе», король восхитился: «Да восславится Бог! Он все еще может найти людей, которые могут вживую засвидетельствовать Его Слово, извлеченное из собственного опыта…» Ведь Беме считал, что спасение человека возможно не внешними добрыми делами и даже не внешним содействием Бога, а только внутренней верой сердца. Ибо без внутреннего, духовного перерождения благие дела не имеют никакого значения. Это сочинение привело короля к решению послать способного человека в Германию, в Герлиц, где жил и умер Беме. Этот человек должен был, во-первых, в совершенстве изучить немецкий язык, чтобы читать Беме в оригинале и перевести его труды на английский; во-вторых, обратить внимание на все, что можно было найти в Герлице, связанное с жизнью и сочинениями этого автора. Это поручение было добросовестно выполнено лондонским адвокатом Джоном Спарроу, человеком выдающихся способностей. Спарроу признается переводчиком и редактором всех трудов Беме, переведенных на английский язык, которые так и не вышли в свет до тех пор, пока не был восстановлен в правах сын короля — Карл II. Они были изданы в 1661 или 1662 году.