Между тем король Владислав, объединив под своей рукой польских и венгерских рыцарей, двинулся в крестовый поход против турок. Ему удалось дойти до стен далекой Варны (Болгария). Здесь 10 ноября 1444 года его войско сошлось в кровопролитном сражении с армией турецкого султана Мурада II. Поражение крестоносцев было полным, сам король погиб в бою. Юный Ласло VI остался основным претендентом на опустевший венгерский трон. Его поддерживала значительная часть венгерского дворянства, потребовавшая, чтобы Фридрих III вернул венгерские королевские регалии. Однако тот имел собственные виды на венгерский трон и отказывался отдавать корону назад вплоть до 1463 года. Королю Венгрии Матьяшу Корвину, избранному на трон в 1458 году, пришлось выкупать ее за астрономическую сумму в 80 тысяч золотых форинтов; при этом он обязался, что в случае его смерти без оставления потомков мужского пола корона вновь перейдет к Фридриху. Так закончилось 23-летнее пленение короны.

29 августа 1526 года у города Мохач на юге Венгрии произошла знаменитая битва, почти на два столетия определившая дальнейшие судьбы народов Юго-Восточной и Центральной Европы. Армия венгерского короля Лайоша II встретилась с войском турецкого султана Сулеймана I Великолепного, намного превосходившим венгров по численности. Исход сражения стал национальной катастрофой: армия Лайоша II потерпела сокрушительное поражение, король погиб, средневековое Венгерское королевство прекратило свое существование. Государство распалось: вся центральная часть Венгрии на полтора столетия перешла под турецкий контроль, восточная часть, Трансильвания, превратилась в самостоятельное полунезависимое государство, север и северо-запад захватили австрийцы. Столицей Северной Венгрии, попавшей под австрийский протекторат, стала Братислава (венг. Пожонь).

После катастрофического для венгров поражения при Мохаче один из венгерских вельмож, Петер Перени, попытался спасти Священную Корону. Он выкрал драгоценную реликвию из Вышеграда и перевез ее сначала в свой замок в Фузери, потом, спустя два года, — в Шиклош, а отсюда намеревался перевезти ее в Шарошпаток, однако по пути обоз перехватили турки. Корону доставили в лагерь турецкого султана Сулеймана. Рассказывают, что завоеватель долго вертел в руках реликвию, потом попытался возложить ее на себя и, наконец, пренебрежительно протянул корону кому-то из своих сановников: «Она слишком скромна для меня! Я думал, что Венгерское королевство гордится гораздо более драгоценной короной!»

Играя на противоречиях между венгерскими феодалами, султан пожаловал корону трансильванскому воеводе Яношу Запольяи, предавшему интересы страны и перешедшему на сторону турок. Один из современников этих событий приводит в своих записках следующую легенду: когда Янош Запольяи надевал корону, она начинала вращаться, словно пытаясь свалиться с головы недостойного человека, чьи руки были запятнаны кровью соотечественников.

После смерти Яноша Запольяи его вдова Изабелла до 1551 года укрывала корону в столице трансильванского княжества, Дьюлафехерваре. Между тем австрийский император Фердинанд Габсбург принял титул короля Венгрии (который с тех пор и вплоть до 1918 года сохранялся за его преемниками) и направил войско против Трансильвании, требуя выдачи причитающейся ему короны. Под угрозой войны Изабелла отдала национальную венгерскую святыню дому Габсбургов. С той поры короной Святого Стефана короновались все императоры из дома Габсбургов (за исключением некоронованного Иосифа II). В годы турецкой оккупации (1564–1790) местом коронации служила Пожонь (Братислава), а после изгнания турок — Буда; коронацию по-прежнему совершали архиепископы Эстергомские.

На протяжении многих десятилетий корона хранилась в сокровищнице Габсбургов, переезжая из Вены в Прагу и обратно. В 1608 году было решено, что регалии венгерской короны будут постоянно храниться в замке Пожонь. В последующие годы Священная Корона трижды покидала этот замок: в 1616–1622 годах, во время Тридцатилетней войны, ее вывозили в Вену; в 1644 году, когда в Венгрию вторглись войска трансильванского воеводы, корону эвакуировали в Дьёр, и в 1683 году, во время турецкого нашествия, ее снова пришлось спасать за стенами австрийской столицы.

В 1703 году корону снова вывезли в Вену. Формальной причиной стал пожар в замке Пожонь, вызванный ударом молнии, однако в реальности это было связано с разгоревшейся в Венгрии войной за независимость, которую возглавил Ференц Ракоци. Венгерское восстание, однако, потерпело неудачу, после чего в 1712 году корона вновь была возвращена в Пожонь. Она оставалась там до 1784 года.

Император Иосиф II, проводивший политику просвещенного абсолютизма, отказался возобновлять старый обычай короноваться на венгерский трон в Пожони и приказал вывезти корону в Вену. Перед смертью он, правда, отменил этот декрет, однако с 1790 года все австрийские монархи короновались на венгерский трон уже в городе Буда, который с 1867 года стал называться Будапештом. В последний раз этот торжественный ритуал имел место в 1916 году, при восхождении на трон последнего монарха Австро-Венгрии Карла IV. А более чем за полвека до этого, в 1848 году, венгры предприняли последнюю попытку отстоять свою независимость, подняв вооруженное восстание, охватившее все провинции Венгерского королевства.

30 декабря 1848 года лидер венгерской революции Лайош Кошут назначил Шамуэля Бониса государственным комиссаром, в обязанности которого входила забота о безопасности короны. В 1849 году, когда неприятельские войска приблизились к столице, Бонис вывез Священную Корону из Буды сперва в Пештский дворец, потом в Сольнок, а оттуда, переодевшись в торговца скотом, — в Дебрецен. Собравшееся там Народное собрание Венгрии приняло «Декларацию о независимости народа венгерского» и лишило Габсбургов короны, но не сумело принять решение о будущем государственном устройстве страны.

По возвращении в Будайский замок корона вернулась на свое старое место, но мир сохранялся недолго. Австрийцы и их союзники вновь вторглись в мятежную Венгрию. В эти трудные дни корона поочередно побывала в Сегеде, Надьвараде, Араде. Наконец, после десяти месяцев борьбы революция потерпела поражение. В августе 1849 года группа особо доверенных лиц (есть сведения, что в этом участвовал сам Лайош Кошут) укрыла Священную Корону и другие реликвии в тайнике на берегу реки вблизи городка Оршова (ныне на территории Румынии) в надежде, что когда-нибудь венгры опять поднимутся на борьбу, и тогда Священная Корона станет знаменем нового восстания. Все коронационные регалии сложили в окованный железом сундук, опустили его в глубокую яму, засыпали землей и прикрыли сверху листьями и ветвями.

Руководители борьбы за независимость, члены революционного правительства и часть солдат и офицеров венгерской армии ушли за границу. 8 сентября 1853 года австрийский генерал Кемпен после долгих поисков, продолжавшихся около четырех лет, отыскал место, где была укрыта Священная Корона. До нашего времени сохранилось убеждение, что местонахождение тайника указал австрийцам какой-то предатель. Королевские регалии были извлечены из земли и с почестями возвращены в Будайский замок, где оставались до 1944 года. Что же касается независимости, то Венгрия обрела ее лишь в 1918 году, после распада Австро-Венгерской монархии.