При этом Генштаб фактически сохранил за собой монопольное руководство разведывательными органами на Дальнем Востоке, в Забайкалье и Северной Маньчжурии: 23 сентября 1918 г. военный министр Осима Кэнъити приказал Квантунскому генерал-губернатору Накамура Юдзиро сообщить перешедшим в его распоряжение резидентам полковнику Араки Садао в Харбине и капитану Хаяси Дайхати в Алтай-Булаке о том, что по служебным вопросам они все еще подчинялись приказам начальника Генерального штаба418.

Отчасти эта проблема была устранена 6 декабря 1918 г., когда директивой Генштаба все разведывательные органы, равно как и японские войска на территории Северной Маньчжурии, Забайкалья и Дальнего Востока, перешли под контроль командующего Владивостокской экспедиционной армией419.

Реформа континентального аппарата 2-го управления закончилась в октябре 1918 г. размещением практически во всех крупных городах Забайкалья и Дальнего Востока разведывательных органов. Помимо решения задач, определенных директивами от 10 августа и 22 сентября 1918 г., на них возлагалось поддержание связи с официальными российскими учреждениями. При этом японская разведка стремилась прикрепить своих наблюдателей даже к тем региональным структурам, которые формально не подчинялись властям интервентов: с сентября по ноябрь 1918 г. в Благовещенске при главе автономного Временного Амурского правительства А.Н. Алексеевском и начальнике штаба Амурского отряда подполковнике И.Н. Никитине находился офицер связи майор Исимицу Макиё, формально отвечавший за взаимодействие по вопросам охраны общественного порядка и железнодорожных перевозок, а фактически занимавшийся агентурной разведкой в Приамурье420.

Контрразведывательные органы Белой армии не могли эффективно противодействовать японской разведке как в силу союзнических отношений с Японией, так и из-за отсутствия подготовленных кадров и потери большей части документации после перехода многих сотрудников на сторону большевиков. На эти моменты внимание командования, в частности, обращал старший адъютант Военно-статистического отделения штаба Приамурского ВО подполковник А.И. Цепушелов, констатируя в рапорте от 25 сентября 1918 г., что при эвакуации из Хабаровска большевики вывезли семь ящиков карточной регистрации Военно-статистического и Контрразведывательного отделений. Поэтому сведения белых спецорганов о японской разведке носили самый общий и искаженный характер: тот же А.И. Цепушелов 25 декабря 1918 г. проинформировал атамана Калмыкова об организации японским командованием в Сибири «большого контрразведочного отряда» под руководством Накадзимы численностью до 1000 военных и частных агентов, не подозревая об истинных отношениях казачьего лидера с японским разведчиком и о масштабах агентурной деятельности ВЭА421.

В течение первых месяцев интервенции основные усилия японской военной разведки были направлены на консолидацию всех лояльных Японии организаций под началом Д.Л. Хорвата. Империя не видела иной альтернативы, кроме как через главу Делового кабинета руками казачьей верхушки контролировать вновь захваченные территории. С подачи Накадзима 31 августа в недрах ГШ появился на свет «План организации и руководства русской армией на Дальнем Востоке», согласно которому именно казачьи войска должны были стать ядром будущего квазигосударства. Предполагалось развернуть на их базе подконтрольную Японии русскую армию численностью 58 000 человек, из которых 3000 дислоцировались бы в Приамурье во главе с атаманом Гамовым, 5000 – в Приморье во главе с атаманом Калмыковым и 50 000 – в Забайкалье под началом атамана Семенова422.

Однако реализация идеи «сибирской автономии» практически сразу натолкнулась на риф в виде организованного 30 июня в Омске и абсолютно неподконтрольного японцам Временного Сибирского правительства (ВСП) во главе с П.П. Вологодским: 4 августа оно объявило о своем верховенстве в Восточной Сибири и потребовало от всех региональных структур перехода в его подчинение, сместив центр политической власти с Дальнего Востока в Сибирь. В такой ситуации японская разведка была вынуждена срочно перестраивать деятельность с учетом неизбежного взаимодействия «автономистов» с ВСП и стоявшими за его спиной Великобританией и Францией. Поэтому главной задачей разведорганов армии стало сохранение независимости Хорвата и лидеров казачьей верхушки на Дальнем Востоке, в Забайкалье и полосе КВЖД на условиях их формального подчинения Омску.

В первую очередь Япония добилась признания верховенства на Дальнем Востоке Д.Л. Хорвата. 14 сентября, накануне прибытия на переговоры в Приморье П.П. Вологодского, Хорват попросил своего нового куратора генерал-майора Накадзима Масатакэ организовать встречу с начальником штаба ВЭА генерал-лейтенантом Юхи Мицуэ, на которой попытался согласовать с ним позицию на предстоящих дебатах – либо, опираясь на помощь Японии, оставаться единоличным военным правителем Дальнего Востока, мотивируя свои действия угрозой возможных революционных волнений в Сибири, либо объединиться с Омским правительством, действуя под контролем Токио423.

Взвесив все, Верховное командование армии пришло к выводу, что Дальний Восток и Забайкалье должны при любом исходе переговоров остаться под контролем Хорвата, то есть Японии. 20 сентября Танака, в частности, телеграфировал работавшему с Хорватом заместителю начальника харбинского разведцентра Араки: «Империя, вне зависимости от того, как будет складываться ситуация в Сибири и в европейской части России, считает необходимым обеспечить независимость и автономию трех областей Дальнего Востока, сохраняя ныне существующий здесь порядок. Для этого требуется завершить создание казачьей армии, а также оказать помощь всем местным автономиям, нацеливая их на всестороннюю поддержку партии Хорвата. Поэтому главная задача вашего разведоргана – обеспечить единство всего Дальнего Востока»424.

Руководствуясь японскими инструкциями, в ходе переговоров с Вологодским Хорват сумел сохранить свое независимое положение на Дальнем Востоке в обмен на формальный контроль за его действиями со стороны ВСП. При этом каждый шаг Хорвата направлялся полковником Араки Садао, назначенным в самом начале переговоров (21 сентября) советником главы владивостокского правительства и имевшим приказ заместителя начальника Генерального штаба «контактировать с Хорватом и руководить им, наблюдать за планируемыми им действиями по концентрации политической власти и осуществлением функций главы железной дороги […] [так как] железнодорожные перевозки оказывают огромное влияние на боевую деятельность нашей армии»425.

В отношениях с Семеновым, Гамовым и Калмыковым японская разведка также придерживалась отработанной схемы взаимодействия через прикрепленных советников и высокопоставленных представителей армии на Дальнем Востоке, в Забайкалье и Северной Маньчжурии. Наличие института кураторов и регулярная помощь казачьим атаманам, по мнению кабинета Тэраути – Хара, должны были гарантировать реализацию ими выгодного Японии политического курса. Поэтому рядом с Семеновым постоянно находился военный советник капитан Куроки Синкэй, а Калмыкова опекал капитан Окабэ Наосабуро.

7 сентября Куроки проинформировал разведцентр в Харбине о зондажных переговорах ВСП с Семеновым о его назначении «главным атаманом Восточнобайкальского казачества и командующим войсками Забайкальского военного округа». Для выяснения ситуации из Харбина в Маньчжоули прибыл генерал-майор Муто. В течение полутора недель он инспектировал боевые позиции ОМО, японских и чехословацких войск, изучал обстановку в Чите, Оловянной и Борзе, а также оценивал эффективность работы русской администрации по восстановлению Забайкальской железной дороги, служившей главной артерией снабжения императорской армии в регионе. С одобрения Муто 10 сентября Семенов признал Временное Сибирское правительство и был назначен командиром 5-го Приамурского