Вскоре Рафаэлю пришлось покинуть гостеприимный дворец Одди, поскольку неожиданно донна Леандра по настоянию той же монахини Коломбы отправилась на богомолье во францисканский монастырь, расположенный у подножия горы Верна близ истоков Тибра. По-видимому, ясновидящая Коломба побывала на освящении картины «Коронация Девы Марии» в храме Сан-Франческо аль Прато и кое-что сумела там открыть для себя. При пылком расставании не обошлось без слёз раскаяния и клятвенных заверений в верности. Рыдая, безутешная Леандра то падала ниц перед Распятием, истово молясь, то вновь кидалась в объятия Рафаэля. Больше любовникам не суждено было свидеться.

Незадолго до отбытия на богомолье донна Леандра познакомила своего знаменитого постояльца с подругой по несчастью двоюродной тётей Аталантой Бальони, потерявшей во время резни единственного сына Грифонетто, названного так в честь любимого мужа Грифоне, который несколько лет назад также пал жертвой кровавой междоусобицы. Великое горе придало лицу донны Аталанты мужественную суровость и сокрытое очарование. У неё был придел в том же храме Сан-Франческо аль Прато, и ей хотелось увековечить память убиенных сына и мужа. Для Рафаэля желание матери было свято, и он пообещал подумать над её предложением.

После отъезда донны Леандры он без особого труда нашёл себе новое пристанище, так как приглашений из разных знатных домов было предостаточно. Но ему приглянулся скромный особнячок одной молоденькой вдовы местного лекаря неподалёку от популярного места прогулок перуджинцев, приходящих полюбоваться закатом со смотровой площадки, откуда с большой высоты и по сей день открывается великолепная панорама долины, окаймлённой скалистыми отрогами гор, вершины которых покрыты снежными шапками. К их крутым уступам прилепились селения, как орлиные гнёзда, а внизу в долине среди садов, виноградников и возделанных полей извиваются речушки, выплачивающие дань своими водами ненасытному Тибру, затопляющему во время таяния снегов в горах все посевы. Этот умбрийский пейзаж, пропитанный прозрачным воздухом, где, казалось, небо касалось земли, прочно запечатлелся в памяти Рафаэля. Он неизменно присутствует во многих его работах в качестве неотъемлемой части композиции, придавая особое очарование любой картине.

Пребывание в особняке милой вдовушки стало вскоре его тяготить из-за чрезмерного внимания и заботы любвеобильной хозяйки. Видимо, именно её запечатлел Рафаэль на рисунке, хранящемся в Британском музее. Он бы давно расстался с вдовушкой, если бы не волокита, затеянная монахами Камальдульского ордена. Они обратились к нему с предложением расписать фресками алтарную стену церкви Сан-Северо. Предложение пришлось не по душе Рафаэлю из-за выдвинутых жёстких требований, и он ответил отказом, собираясь окончательно покинуть город. Тогда монахи обратились к епископу Урбино монсеньору Габриэлли за содействием. После вмешательства влиятельного иерарха художнику пришлось поневоле приступить к весьма трудоёмкой работе.

Это была его первая настенная роспись, если не считать небольшую фреску в родительском доме. Главная алтарная стена насчитывала четыре метра в ширину и шесть в высоту. Сегодня судить об этой фреске затруднительно, поскольку в ходе позднейших работ по укреплению просевшего из-за частых землетрясений фундамента церкви роспись была сильно повреждена. Так, от верхней её купольной части сохранилась одна только рука Всевышнего с книгой, на которой различимы буквы альфа и омега, то есть жизнь и смерть. Взявшись с неохотой за работу, Рафаэль оставил фреску незавершённой и покинул Перуджу, но позднее был вынужден к ней вернуться и поправить образ Мадонны с Младенцем, помещённой в голубовато-золотистую нишу. Это единственная работа Рафаэля, оставшаяся в Перудже, ибо все остальные были похищены или проданы на сторону.

С фреской в церкви Сан-Северо связан один знаменательный факт, чего Рафаэль не мог себе даже вообразить. По просьбе настоятеля монастыря её дописал Перуджино, дополнив шестью фигурами святых. Он был потрясён вестью о внезапной кончине Рафаэля и незадолго до своей смерти сменил гнев на милость, простив урбинцу дерзкое соперничество. Слабеющей рукой старый мастер воздал должное безвременно ушедшему из жизни гению, гордясь им как учеником. Хочется верить, что Перуджино наконец осознал, насколько молодой коллега превзошёл его.

Прежде чем окончательно расстаться с Перуджей, Рафаэль создал один из подлинных шедевров по заказу местного аристократа Альфани делла Стаффа — это так называемая «Мадонна Конестабиле» (Петербург, Эрмитаж), пронизанная прозрачностью умбрийского воздуха, который он вбирал в себя полной грудью, любуясь красотами этого живописного края с высоты городской смотровой площадки. В этом небольшом по размеру tondo (диаметр 17,9 сантиметра) отразилась прозрачная чистота души самого автора.

Судя по рисунку из венского музея Альбертина, поначалу художник намеревался изобразить гранат в руках шаловливого Младенца, типичный жанровый мотив у многих мастеров Кватроченто, но затем заменил его книгой, на которую по диагонали устремлены взоры Матери и Сына. Как почти у всех рафаэлевских мадонн, композиция представляет собой пирамиду, вписанную в круг — тондо, чем достигаются певучесть и нежная плавность линий с их спокойным ритмом. Столь же сдержанна цветовая палитра картины по основным её составным тонам в полном согласии с круговым композиционным построением. В центре картины ярким красным пятном выделяется одеяние Мадонны, поверх которого накинут зеленовато-синий плащ. За её спиной простирается скромный пейзаж, окрашенный светлой лазурью, столь свойственной начальной осенней поре, как это тонко подмечено в одном из стихотворений Ф. И. Тютчевым, который любил осень и хорошо был знаком с её красками, в том числе и на земле Италии:

На заднем плане картины одиноко стоят обнажённые тополя, вдали вершины гор, припорошенные первым снегом. На зеркальной глади незамёрзшего озера утлый чёлн, а по голой стерне едет в неизвестность всадник. На всём печать тихой грусти. Деве Марии Рафаэль придал черты незабвенной донны Леандры, оставившей след в его сердце. Мадонна глядит в книгу, содержание которой хорошо ей известно, а потому в её взгляде затаённая печаль, ибо она знает, что ждёт Сына.

Резная рама «Мадонны Конестабиле» выполнена по рисунку Рафаэля и служит ей драгоценной оправой. Чтобы сгладить несоответствие между живописью картины и рельефностью резного обрамления, автор разместил в угловых пустотах рисованные гротески, которые плавно переводят очертания тондо в квадрат, а затем в прямоугольник рамы. Помимо пейзажа, напоминанием о Перудже служат вырезанные на раме крылатые грифоны, словно слетевшие с герба города.

Хотя шумный успех последних работ окрылил Рафаэля, он отдавал себе отчёт, что провинциальная Перуджа уже не может ему дать более того, что он успел здесь добиться. Главное, что особенно радовало, его перестали сравнивать с кем-либо, даже с Перуджино, ибо сразу узнавали свойственную ему неповторимую манеру письма. Неудержимо тянуло домой, откуда приходили вести от родных и друзей. В последнем письме дядя Симоне Чарла писал, что его заждались в Урбино и считают при дворе своим, famulus. Такой чести, писал дядя, не удостоился никто из местных живописцев — ни Вити, ни Дженга, а тем более объявившиеся в последнее время в городе пришлые художники.