На настроения Захарьиных могло отразиться то обстоятельство, что заточенный в Вологде боровский князь Василий, супруга Михаила Верейского Елена, вдовствующая великая княгиня Мария, она же инокиня Марфа, явно сочувствовавшая младшим сыновьям, особенно Андрею Углицкому, — все они были детьми М. Ф. Кошкиной, сестры того самого Ивана Кошки, задвинутого на обочину политической жизни литовскими «выезжанами».

Стоит отметить тесную связь Захарьиных с другим старомосковским кланом Морозовых. Тетка новгородских наместников была замужем за И. Г. Морозовым. Юрий Захарьин был женат на дочери сподвижника Софьи Палеолог И. Б. Тучка-Морозова, попавшего в опалу в 1485 году. Так что связь видного боярина с партией реванша подкреплялась матримониальными узами. Забегая вперед, отметим, что на церковном соборе 1531 года, разбиравшем обвинения против Максима Грека и Василия Патрикеева (в иночестве Вассиана), в качестве одного из главных обвинителей выступал сын Юрия Захарьина Михаил. Примечательно, что он упирал на то, что обвиняемые отступили в «жидовской закон». Помимо М. Ю. Захарьина обвинителями выступали его двоюродный дядя М. Б. Тучков с сыном Василием — семейные сявзи оказались живучими.

Первая решительная атака Захарьиных против тогдашних фаворитов была осуществлена именно в Новгороде. Отметим, что «герой» сражения при Орше, «не сработавшийся» с племянником И. Ю. Патрикеева, Иван Андреевич Челяднин был сыном боярина Андрея Федоровича Челяднина, посланного наместником в Новгород на смену Захарьиным. Другой сын А. Ф. Челяднина Василий известен как большой друг Иосифа Волоцкого. Морозовы также имели устоявшиеся связи с городом на Волхове, многие из представителей этого старомосковского рода назначались на новгородское наместничество. По всей видимости, Новгород неслучайно стал опорным пунктом, откуда партия реванша решила начать свой поход на Москву.

Захарьины, возможно, и не строили далеко идущих политических планов, не собирались составлять заговор против государя или даже примыкать к подобному рисковому мероприятию. Они также не спешили идти по стопам тех же Тучковых-Морозовых, которые слишком открыто солидаризировались с Деспиной и пострадали за это.

Братья поступили хитрее — оказавшись безраздельными властителями в Новгороде, они использовали подвернувшуюся возможность, чтобы поставить под удар ближайшее окружение Ивана III. Причем сделали они это чужими руками — а именно архиепископа Геннадия, и под самым что ни на есть благовидным предлогом — изобличая врагов веры и государства. Владыка быстро нашел общий язык с Захарьиными. По оценке Н. Н. Розова, архиепископ Геннадий по своему происхождению и имущественному положению был крепко связан со старым московским боярством и естественным образом примыкал к партии реванша.

Фрондеры, волею судеб оказавшиеся в Новгороде, рассудили, что фигуры калибра Ивана Патрикеева им не по зубам, и тогда избрали своей мишенью дьяка Курицына и прочих нетитулованных лиц, вхожих в придворный круг. Так усилиями творческого союза архиерея и воевод появились на свет сенсационные разоблачения Самсонки, которые пусть не привели к немедленным результатам, но стали краеугольным камнем всей кампании по дискредитации «партии власти»; кампании, которая то затихала, то вновь набирала обороты, в зависимости от того, чье влияние брало верх при дворе. Запустившие ее поступательное движение братья Захарьины остались как бы в стороне от разгоравшихся баталий и не потеряли благоволения великого князя.

После собора 1490 года новгородский архиепископ, постепенно отходя от борьбы с еретиками, все большее внимание уделял трудам на ниве просвещения: сначала засел за составление новой Пасхалии, а затем и вовсе принялся за грандиозный труд — подготовку и издание Библейского свода — первого на Руси и во всем славянском мире полного собрания библейских книг в славянском переводе. Впрочем, исследователи отмечают, что создание славянской Библии как раз вызвано полемикой с жидовствующими и является реакцией на караимскую проповедь со стороны Церкви. Еще Татищев сообщал о том, что Схария «имеяше язык свой, яко уду, вельми сладкоречив, и глаголы его вся Библиею преисполнены…».

Помощниками Геннадия в деле составления славянской Библии стали весьма примечательные личности. Начав работу над Библией, Геннадий пригласил на службу католика, доминиканского монаха из Хорватии — Вениамина. «Презвитер паче же мних обители святого Доминика, именем Веньямин, родом словенин, а верою латынянин», был, по его собственным словам, знатоком латинского языка и «фряжска». Вениамину принадлежала ведущая роль в составлении новгородского библейского свода. Примечательно, что доминиканец целиком ориентировался на латинские рукописи, часть из которых он привез с собой.

Между тем в описываемую эпоху, как свидетельствует церковный историк митр. Макарий, на латинян у нас смотрели как на отступников от истинной веры, раскольников и еретиков. «Эта отчужденность от латинян, эта неприязнь к ним, переданная нам греками и воспитанная историческими обстоятельствами, простиралась до того, что самое имя католика было ненавистно русским, и если кто из них желал другому зла, то говорил: "Чтоб тебе сделаться латинянином!", а в летописях наших и других сочинениях встречаются даже выражения "поганая латына", "безбожная латына", "проклятая латына" и подобные».

Сегодня мы можем воздать должное смелости и широте воззрений Геннадия, но удивительно, что к его уникальной для тех времен толерантности так снисходительно отнеслись в Москве конца XV века. Ведь ничто не мешало, найдись на самом деле среди высших государственных и церковных чинов соумышленники жидовствующих, призвать Геннадия к ответу по всей строгости. Тем более что если составлением Пасхалии архиепископ занимался по благословению митрополита Зосимы, то работа над Библейским сводом — исключительно «частная инициатива» Геннадия.

Видным сотрудником новгородского владыки оказался еще один католик — ученый из Любека Никола Булев. Он выказал себя рьяным противником жидовствующих и перевел с латинского языка сочинение Самуила Евреина против иудаизма. Впоследствии Булев с подачи братьев Траханиотов перебрался в Москву и стал любимым врачом великого князя Василия III Ивановича. Этот Булев, «хульник и латынномудренник», по выражению прп. Максима Грека, «писал развращенно на православную веру», проповедуя соединение церквей. Он даже написал и послал ростовскому епископу Вассиану послание о перспективах заключения унии. Выбор адресата не случаен — Вассиан брат Иосифа Волоцкого и соратник Геннадия Новгородского. Наблюдая смычку униатов из окружения Софьи Палеолог и группы видных православных иерархов, Булев сделал вывод о том, что решения Флорентийского собора могут быть претворены в жизнь.

Против Булева было направлено и «Послание на звездочетцев» известного старца Филофея. Благочестивые московские люди утверждали, будто бы под влиянием означенного Булева один из видных придворных деятелей боярин Федор Карпов «залатынился», начал «прилежать звездозаконию, землемерию» — геометрии, «остроумии» — астрономии и чародейству, и чернокнижию, и «многим эллинским баснотворениям», стал держаться книг еретических, церковью отреченных, и «всяких иных составов и мудростей бесовских, которые прелести от Бога отлучают».