1310–1312 гг. ознаменованы неоднократными и безуспешными попытками малоазийских турок изгнать госпитальеров с Родоса. Стоит отметить, что поначалу иоаннитам пришлось воевать именно с турками-сельджуками и лишь потом всерьез столкнуться с османами, с которыми пока они имели лишь небольшое вооруженное соприкосновение. Захват Родоса крестоносцами, в первую очередь, потревожил эмира Ментеше, а затем основными противниками ордена стали сельджуки Айдынского эмирата; громя их, госпитальеры тем самым невольно помогали утверждению османов. Впрочем, в 1310 г. иоанниты впервые столкнулись с османским флотом у острова Аморгоса и разбили его. Далее, когда будут упоминаться турки, речь пока пойдет только о сельджуках. В зиму с 1311 на 1312 г. родосские рыцари захватили генуэзский корабль, плывший торговать с «неверными» в Александрию, что было расценено иоаннитами, как предательство крестоносного дела. Суть была глубже – у галеры не было папской лицензии на эту торговлю. Сельджукскому властителю из Миласа тут же было предложено «обиженными» генуэзцами за 50 000 золотых флоринов объединиться с ними и византийцами (!), чтобы изгнать иоаннитов. Притом Генуя уже начала военные действия против родосцев в одностороннем порядке, перехватывая их корабли. Де Вилларе справился с задачей обороны блестяще, противостоя туркам, да и генуэзцы вскоре поняли, что выгоднее быть союзником иоаннитов, нежели турок.

Продолжение турецкого-генуэзского сюжета последует чуть позже, поскольку теперь надо упомянуть о событии, прежде в истории ордена неслыханном – покушении братий на своего Великого магистра. Кто был прав – магистр, по меткому выражению исследователя Р. Ю. Печниковой, завоеватель Родоса, возомнивший себя Александром Македонским, правивший практически самодержавно, окруженный толпой льстецов, или рыцари, ведшие себя своевольно и буйно, – однозначно указать сложно, однако в 1317 г. дело дошло даже до открытого покушения на жизнь де Вилларе, так что он укрылся от орденского суда в замке Линдоса, где и пребывал два года, в то время как братия выбрала «антимагистра» Мориса де Паньяка. В изложении аббата Верто эта история выглядит следующим образом (пер. с англ. – Е. С.): «Злоумышленники, рассчитывая захватить его, когда с ним будет меньше всего служителей, надумали подкупить одного из его комнатных слуг и предложили ему огромную сумму денег, чтоб он ночью впустил их в его апартаменты; но слуга, верный своему хозяину, сообщил о сделанном ему предложении, но, чтобы возвеличить свою ревность к службе и преданность, преувеличил число заговорщиков… Великий магистр, понимая, что он в опасности в городе, покинул его под предлогом охоты и укрылся в замке Линдос, которым он владел… Вилларе, будучи хозяином этого замка, снабдил его войсками и провиантом, а в порту всегда стояли наготове экипированные галеры, готовые эвакуировать его, если враги уж совсем сильно притеснят его; чтобы остановить начатые против него процедуры, он объявил орденскому совету, что апеллировал к Святому престолу… Но его побег, особенно манера, которой он единолично завладел твердыней и галерами, принадлежавшими ордену, войска, которые он набрал по всему острову, оружие и амуницию, которые он собирал со всех сторон, – все это раздражило даже самых умеренных рыцарей, прежде не поддерживавших заговорщиков. Заговор против Великого магистра стал всеобщим, все они кричали против тирана и, исходя из его обращения к Святому престолу, собрались вместе бунтующим большинством, низложили его и избрали на его место Мориса де Паньяка, и с этого избрания начался в ордене несчастный раскол. Наиболее беспристрастные рыцари сочли себя обязанными обратиться к папе». Иоанн Двадцать Второй, недолго думая, низложил обоих магистров (что касается де Вилларе, то аббат Верто сообщает, что он скончался в 1327 г. в замке одной из своих сестер) и заставил иоаннитов избрать нового. Им стал Элион де Вильнев (правил в 1319–1346 гг.). Хлопоты по оприходованию тамплиерского имущества, с которым алчные европейские короли не спешили расставаться, надолго задержали его в Европе, а дела на острове тем временем шли все хуже и хуже.

Хитрые турки решили воспользоваться смутой на Родосе и основательно приготовились к вторжению. В 1318 г. они потерпели поражение от родосцев. В 1319 г. отряд из 80 турецких судов был разбит иоаннитами у Хиоса. В 1320 г. флот турок (также из 80 судов) напал на Родос, но был блестяще отбит родосскими рыцарями и поддержавшими их генуэзцами. Иоанниты имели в деле против магометан 24 корабля, а их союзники – всего 6, зато одних пленных они забрали 5000 – это был высаженный на один из близрасположенных островов десант. Угроза дальнейших пиратских действий турок заставила сблизиться даже врагов – 6 сентября 1332 г. на Родосе было подписано соглашение о создании общего постоянно действующего в течение 5 лет антитурецкого флота из 10 византийских, 6 венецианских и 4 родосских галер. В 1334 г. флот состоял уже из 46 кораблей – 10 родосских, 10 венецианских, 6 византийских, 6 кипрских и 14 французских и папских. В 1335 г. состав флота был следующим: 32 корабля, из них 6 родосских, 10 венецианских, 6 византийских, 6 кипрских и 4 неаполитанских. В 1343 г. общий флот состоял из 20 галер – 6 родосских, 5 венецианских, 4 кипрских, одной с Наксоса и 4 папских (статистика приведена по книге С. Торра «Rhodes in modern times»). Год спустя этот соединенный флот отбил у сельджукского эмира Умур-паши нижнюю крепость важного города-порта Смирны на малоазийском побережье Эгейского моря. Дэвид Николл во второй части своего труда «Knight Hospitaller» приводит свидетельство турецкого очевидца действий иоаннитов при Смирне (пер. с англ. – Е. С.): «Утром враги надели свои доспехи и взяли оружие. Их доспехи для лошадей, доспехи, защищавшие руки и ноги, их шлемы – все сияло и мерцало в свете. Те, которые несли маленькие арбалеты, шли впереди, за ними следовали те, которые несли большие арбалеты и стрелы. Бесконечное число несли дротики и щиты, и так же многочисленны были несшие мечи и кинжалы… Они нахлынули на приступ со стороны моря. В мгновение ока они достигли рва. Они несли огонь, чтобы сжечь баллисты. Они размахивали очень длинными топорами и разрушили все частоколы во рву». Восхищенный успехом римский папа Климент Шестой (1291–1352 гг., на кафедре с 1342 г.) попытался прекратить Столетнюю войну в Европе и направить усилия бойцов в новый Крестовый поход, но успехов не достиг, да и верхняя крепость Смирны так и осталась за турками, в то время как нижняя, занятая крестоносцами, была блокирована мусульманами. И это положение растянулось практически на шесть десятилетий (отметим, что с 1374 г. Смирну удерживали исключительно госпитальеры). В 1347 г. иоанниты разбили турецкий флот в 100 судов при острове Имроз, но гарнизону в Смирне от этого легче не стало.

Преемник папы Климента Иннокентий Шестой (1282 или 1295–1362 гг., на кафедре