Избранная рада имела сильное и благотворное влияние на царя, время ее существования историки считают самым светлым и блистательным периодом правления Ивана Грозного. Фактически Избранная рада стала неофициальным правительством государства.

Осенью 1552 года в царской семье произошло радостное событие: у Ивана Грозного родился долгожданный сын и наследник — царевич Дмитрий. Известие об этом царь получил, находясь в пути из Казани в Москву. Грозный царь залился радостными слезами, обнял и расцеловал вестника и тут же подарил ему одежду со своего плеча и коня из-под себя. Когда Дмитрию было около полугода, в начале марта царь неожиданно занедужил горячкой. Болезнь оказалась настолько тяжкой, что ни сам Иван Грозный, ни его приближенные не сомневались в скорой кончине государя. Иван Грозный написал завещание, объявив своим наследником — единственным и самовластным правителем России младенца Дмитрия. Но он не был уверен, что завещание его будет исполнено.

Иван Грозный знал, что многие бояре ненавидят родственников царицы — Захарьиных-Юрьевых, забравших при дворе большую силу, он помнил боярские смуты времен своего собственного малолетства и не сомневался, что они начнутся снова после его смерти. Существовал и реальный претендент на престол — князь Владимир Андреевич Старицкий, двоюродный брат Ивана Грозного, сын Андрея Старицкого, вероломно погубленного Еленой Глинской. Хотя со времен Дмитрия Донского Московский престол неизменно передавался по наследству от отца к сыну, многие помнили более древний порядок престолонаследия, согласно которому наследником становился старший по возрасту мужчина в роду. Таким образом, Владимира Старицкого вполне могли признать более законным государем, нежели Дмитрия, и в таком случае у Ивана Грозного были основания тревожиться не только за благополучие, но и за саму жизнь своих жены и сына.

Полный мрачных опасений, Иван Грозный собрал бояр для принесения присяги — крестного целования — Дмитрию. Опасения его тут же подтвердились — часть бояр присягнула, но многие отказались целовать крест царевичу-младенцу, или, как они его называли, «пеленочнику». Иван Грозный пытался их увещевать: «Или вы уже не помните, что я — единый ваш государь? Что клялись вы верно служить мне и детям моим? Сын мой Димитрий и в пеленках для вас законный государь!» Бояре смутились, но окольничий Федор Адашев, отец Алексея Адашева, откровенно ответил: «Государь! Тебе и сыну твоему мы — верные слуги. Но ведь сын твой пока мал и бессловесен, и владеть нами будут Захарьины. А им мы служить не желаем!» Иван Грозный был в отчаянии. Карамзин пишет: «Самодержец чувствовал себя простым, слабым смертным у могилы; его любили, оплакивали, но уже не слушались».

Меж тем многие бояре действительно начали выступать за Владимира Старицкого. И во дворце, и на площади громко звучали призывы: «Лучше служить старому, нежели малому, и покоряться Захарьиным!» Многие искренне верили, что Владимир Старицкий будет лучшим государем и его избрание на царство послужит ко всеобщему благу. Такой уверенности придерживался и Сильвестр, к тому же связанный с князем Старицким дружескими отношениями.

Царь призвал к себе самого князя Старицкого и потребовал, чтобы тот присягнул на верность Дмитрию. Владимир Старицкий отказался. На другой день Иван Грозный снова собрал у своего ложа бояр и обратился к тем из них, кто поклялся в верности Дмитрию: «Вы поклялись умереть за меня и сына моего, другие же не хотят его на государстве видеть. Если я по воле Божией отойду в мир иной, не забудьте же своей клятвы, не дайте злодеям извести сына моего, и, если придет крайность, бегите с ним в чужие земли, куда Бог укажет вам путь!» Эти слова напугали непокорных бояр. Одно дело — желание избежать смуты, совсем другое — обвинение в замысле убийства невинного младенца, государева сына, к тому же услышанное из уст умирающего государя. Непокорные были деморализованы — и присягнули Дмитрию. Владимир Старицкий особо поклялся не думать о царстве и в случае кончины царя повиноваться его сыну как законному государю.

Но Иван Грозный неожиданно выздоровел.

Многие со страхом ожидали, что царь подвергнет ослушников наказанию или хотя бы опале, но никаких гонений не последовало. Иван Грозный всячески подчеркивал свою родственную любовь к Владимиру Старицкому и расположение к его сторонникам. Однако злопамятный царь ничего не забыл, и с этого времени началось его охлаждение к Сильвестру и Адашеву и всей Избранной раде.

В благодарность за свое неожиданное исцеление царь решил отправиться на богомолье в далекий Кирилло-Белозерский монастырь вместе с царицей и сыном. Момент для отъезда царя из столицы был неудачным, неспокойствие в только что завоеванных Казанских землях требовало присутствия государя. Однако царь с семейством отправился в путь. По дороге он заехал в Троице-Сергиев монастырь и имел там беседу с Максимом Греком. Старец Максим попытался отговорить царя от путешествия: «Обеты безрассудные угодны ли Богу? Вездесущего не должно искать только в пустынях, весь мир исполнен Его». Ученый монах посоветовал царю лучше позаботиться о вдовах и сиротах воинов, погибших в Казанском походе, но царь продолжал упорствовать в своем намерении. Тогда Максим Грек высказал опасение, что путешествие может быть вредным для младенца Дмитрия. Это вполне здравое предупреждение впоследствии стало восприниматься как пророчество. К великому горю царя и царицы, царевич действительно скончался в дороге.

Во время «Кирилловского езда» Иван Грозный посетил Песношский монастырь на реке Яхроме, где обитал бывший епископ Коломенский Вассиан. Когда-то он был одним из ближайших советников Василия III, но во времена междуцарствия лишился епархии. Царь захотел посоветоваться с ним об управлении государством, и Вассиан подал царю недобрый совет: «Аще хочеши самодержцем быти, не держи себе советника ни единого мудрейшего себя, понеже сам еси всех лучше; тако будеши тверд на царстве и всех иметь будеши в руках своих». Иван Грозный усмотрел здесь намек на Сильвестра и Избранную раду, слова Вассиана оказались созвучными мыслям и самого Ивана Грозного. К концу 1550-х годов Иван Грозный начал выходить из-под влияния Сильвестра. Этому способствовало и то, что благовещенского попа не любили царица Анастасия и ее родичи Захарьины.

Летом 1560 года в июльскую жару в Москве вспыхнул пожар, который, по словам Карамзина, «стоил битвы». Загорелось на Арбате, затем ветер перебросил огонь на Кремль. Царица Анастасия была в то время больна и лежала в кремлевских палатах. Царь немедля отправил жену из пылающей Москвы в свое подмосковное имение Коломенское, но от пережитого испуга царица совсем разболелась и в начале августа умерла. Иван Грозный любил Анастасию. Она одна могла умерять его злобу, сдерживать приступы ярости, успокаивать болезненную подозрительность. Со смертью Анастасии грозный царь утратил те немногие добрые начала, которые были в его душе.

Захарьины пустили слух, что Сильвестр и Адашев извели царицу колдовством или отравой. Царь, может быть, в такой навет и не поверил, но воспользовался предлогом, чтобы избавиться от своих советников. Адашев был отправлен воеводой на границу с Ливонией, Сильвестр заключен в далекий Кирилло-Белозерский монастырь. Удалив Сильвестра и Адашева из Москвы, царь созвал Собор для суда над ними. Сильвестр и Адашев обратились к царю с просьбой дать им возможность встретиться с обвинителями лицом к лицу и оправдаться, но их послания были перехвачены Захарьиными и не дошли до царя. Митрополит Макарий тщетно пытался убедить царя, что такой заочный суд несправедлив, митрополита поддержали многие бояре, но все было тщетно. Собор осудил Сильвестра и Адашева как «ведомых злодеев» и «чаровников».