Василием Андреевичем было направлено отношение, в котором было уведомление о снятии всех давних притязаний к Аполлинарию Рукевичу. «За отличие в сражении с Турками 24 Июля 1854 года близ селения Кюрюк-Дара штраф этот (за участие в Польском восстании. В.К.) Высочайше повелено не считать препятствием к преимуществам по службе»[16].

После лечения в Александропольском военном госпитале А. Рукевич, «ещё страдая от раны» в сентябре 1854 года вновь вернулся на русско-турецкий фронт в свой полк и был «по распоряжению Начальства командирован в Гурийский отряд для участвования в военных действиях с назначением Дежурным Штаб офицером Гурийского отряда»[17]. Служба в этом отряде была особенно тяжёлой в виду подавляющего превосходства турецких сил, с которыми приходилось сражаться почти непрерывно. В отряде Рукевич прослужил до последнего дня кавказской кампании Крымской войны. «И ни разу он не отступил пред опасностью, но всегда первый подавал пример редкого самоотвержения и рыцарской храбрости, с которыми только и можно было давать отпор превосходным силам неприятеля»[18].

С окончанием войны с турками Рукевич продолжил службу уже в чине подполковника, став командиром одного из батальонов Эриванского пехотного полка. В его подчинении находились более двухсот пехотинцев и младших офицерских чинов. Со своими солдатами Рукевич участвовал во многих боевых экспедициях по подчинению Российской Империи Восточного Кавказа. Сам прослужив рядовым семь лет, Аполлинарий хорошо знал все тяготы солдатской службы, кроме того он всегда помнил те чувства, которые испытал, впервые попав шестнадцатилетним юношей в солдатскую среду. «С первого же дня никто из солдат не дал мне почувствовать тяжкого одиночества, а все будто согласились не только не корить меня в чем-нибудь или злорадствовать, а, напротив, признали меня своим сослуживцем, равноправным членом своей среды. Я понял эту деликатность и оценил ее с благодарным чувством»[19]. Эта благодарность и уважение к нижнему чину неизменно оставались главной чертой А. Ф. Рукевича, как командира, и в годы пребывания в регулярных боевых частях на военных должностях и в мирные годы его военной службы, в ответ это приносило ему почтение и преданность со стороны подчинённых.

В 1863 году, с присвоением очередного воинского звания полковника, Рукевич принял в командование новый, только сформированный 151-й Пятигорский пехотный полк, с которым ему предстояло пройти шестилетний боевой путь. Не один раз полк вместе со своим «дедом» (так называли командира среди солдат) переходил заснеженный Кавказский хребет, прокладывая дороги, возводя укрепления, с боями и сражениями отодвигая границы Империи вглубь Кавказа. Полк отличался дисциплиной, «духом истинного геройства и преданности делу». За все годы командования полком «ни один солдат не был предан суду, командир обходился другими мерами наказания, что, впрочем, нисколько не шло в ущерб службе, а напротив способствовало сохранению нравственности нижних чинов, и особенному порядку в полку»[20]. Солдаты Пятигорского полка «были беззаветно преданы своему командиру и твёрдо верили, что «дед» не даст их никому в обиду»[21]. Военные успехи полка и его командира неоднократно отмечались высшим командованием. Сам Главнокомандующий Кавказской армией генерал фельдцейхмейстер великий князь Михаил Николаевич дважды ходатайствует о производстве командира 151-го пехотного Пятигорского полка полковника Рукевича в следующее воинское звание. В своем очередном рапорте на имя императора Александра II великий князь пишет, что заслуги А. Ф. Рукевича «представляют в священную для МЕНЯ обязанность, ходатайствовать пред ВАШИМ ИМПЕРАТОРСКИМ ВЕЛИЧЕСТВОМ об оказании ему знака ВСЕМИЛОСТИВЕЙШАГО внимания к заслугам его – производством его в Генерал-Майоры, с зачислением по Армейской пехоте и при Кавказской Армии и с производством ему, впредь до назначения на соответствующую должность, жалования по чину и квартирных по положению»[22].

Завершение Кавказкой войны в 1871 году Аполлинарий Фомич Рукевич встретил в должности помощника начальника 20-й пехотной дивизии в звании генерал-майора. Служебные заслуги и боевые отличия его за время войны свидетельствуются массой наград и поощрений. Кроме денежных поощрений, знаков отличия и преимуществ в продвижении по службе А. Ф. Рукевич был награждён пятью боевыми орденами: «за отличие против турок в 1854 и 1855 годах и в начале 1856 года награжден орденом Святой Анны 3-й степени с мечами»; «за отличие в делах против горцев в 1859 году награжден Орденом Святого Станислава 2-й степени с мечами»; «за отлично усердную и ревностную службу в 1861 году награжден орденом Святой Анны 2-й степени с мечами над орденом»; «за отличное мужество и храбрость, оказанные против горцев в 1865 году награжден орденом Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом»; «за отличие по службе в 1867 году награжден Орденом Святой Анны 2-й степени с Императорской короною и мечами над орденом»[23].

Но не только в военной карьере преуспел наш герой. Во время стояния Эриванского полка под Манглисом, неподалёку от Тифлиса– центра Кавказского края, благодаря дружбе с одним молодым юнкером, Аполлинарий стал вхож в дом военного инженера Аксёнова Гермогена Семёновича. Здесь он познакомился с одной из дочерей майора Марией, которая стала его подругой и спутницей на всю жизнь. Именно Мария провожала по-юношески бравирующего Аполлинария в экспедицию к Сочи-Иста. Он обещал ей быть всегда впереди, и вернуться или «с белым крестом на груди, или там лечь под черным крестом»[24]. На что кроткая Мария благословила его «Буду за вас Бога молить, а вы берегите себя!..»[25]. После того похода молодые поженились. Тяжёлое военное время, постоянные разлуки и нелёгкое ожидание не стали препятствием для молодых сердец. Через тяжёлые испытания и бытовые невзгоды, сквозь войну пронесли они свою любовь. У офицерской четы к окончанию войны было уже два сына: Михаил и Виктор и пять дочерей: Елизавета, Александра, Мария, Елена, Нина.

В 1871 году с последними залпами Кавказской войны Аполлинарий Фомич со своим семейством переехал в Екатеринодар, куда он был «по распоряжению Начальства командирован впредь до Высочайшего утверждения для исправления должности Кубанского Губернского Воинского Начальника»[26].

В Екатеринодаре Рукевичи поселились в центре города, дом их был на углу улиц Крепостной и Посполитакинской[27]. Мария Гермогеновна, как многие другие жёны офицеров, занялась благотворительностью, став членом Екатеринодарского женского благотворительного общества, а сам Аполлинарий с рвением занялся новым делом. Кроме своих прямых обязанностей Губернского воинского начальника, Аполлинарий Фомич с воодушевлением возлагает на себя другие предлагаемые ему общественные должности. Он становится членом различных комитетов и обществ, его избирают почётным мировым судьёй по Екатеринодарскому судебному округу, на что он 20 июня 1871 года пишет начальнику Кубанской области: «По поводу полученного мною предложения… о назначении меня на должность почётного