В Беларусь Пекарский вернулся в 1906 году. Повидался с родней, устроил бедствующего брата Осипа на работу в акцизное ведомство. Когдато от опасного родственника открещивались, теперь он мог благодетельствовать. Вновь Пекарский решил поехать в Белоруссию только в 1924 году, захотел навестить имение деда Барбарово. Но эта поездка изза огромной занятости ученого не удалась.

В Якутии белоруса Эдуарда Пекарского помнят и чтут. Както он получил оттуда письмо: «Дорогой Одубар Хаарылабыс! (Так на своем языке звали Пекарского якуты.) Вы прибыли, считаясь преступником, в нашу отдаленную и несчастную страну, что было несчастьем для Вас и счастьем для нас…»

Похоронен «отец якутской литературы», членкорреспондент Академии наук СССР, белорус из Игуменского уезда Эдуард Пекарский на Смоленском кладбище в Санкт-Петербурге.