Миссионерская деятельность разворачивалась по мере того, как даймё осознавали, какие преимущества сулят им тесные связи с европейцами. Вместе с религией пришла возможность прибыльной торговли с Китаем и Юго-Восточной Азией посредством роскошных португальских кораблей. Иезуиты разрешали капитанам кораблей причаливать только в тех портах, чьи даймё были христианами или разрешали строить на своих землях церкви. Главным перевалочным пунктом португальцев стал Нагасаки, который быстро превратился из бедной рыбацкой деревушки в международный торговый порт. К 1560-м годам христианские общины также появились в Киото, но главным оплотом католицизма, где располагалось большинство иезуитских колледжей и церквей, оставался Кюсю, особенно после 1580 года, когда даймё Омура Сумитада, в крещении дон Бартоломео, предоставил иезуитам полную власть над городом Нагасаки. Успех иезуитов в Южной Японии во многом объяснялся обращением в христианство самого Омуры и двух других могущественных даймё, которые, в свою очередь, приказали всем своим вассалам массово принять новую веру. Даймё согласились уничтожить на своей земле «идолов» и святилища местных божеств, а взамен получали оружие, прибыльную торговлю и материальную помощь, которая обеспечивала им победы в войнах эпохи Сэнгоку. Массовые крещения объясняют, как небольшой группе миссионеров удалось обратить такое огромное количество иноверцев. В 1553 году пять миссионеров сообщают о 4000 крещеных; в 1579 году 55 миссионеров достигли цифры в 100 000 человек. К концу XVI века христианами считались уже около 2 % населения Японии — в два раза больше, чем среди современных японцев.

Стратегия иезуитов в Японии, как и в Китае, заключалась в том, чтобы найти подход к правителям, что давало надежду на массовые крещения на подконтрольных им территориях. Чтобы помочь миссионерству, иезуиты составляли словари и с 1590 года печатали их и другие европейские книги, например басни Эзопа, с помощью подвижных литер. Алессандро Валиньяно (1539–1606), курировавший иезуитскую миссию в Японии, полагал, что для завоевания расположения даймё иезуитам стоит не только выучить японский язык, но даже оставить европейские привычки и платье и научиться есть, пить и вести себя как японцы. Он ратовал за обучение священников-японцев, несмотря на сомнения ордена в честности намерений японских прозелитов. Их подозрения подтверждались случаем с Фабианом Фуканом — уроженцем Киото, выросшем в дзэнском храме, который поступил в иезуитскую семинарию в 1586 году, а после обучал других иезуитов японской классической литературе в миссионерском колледже в Амакусе на Кюсю. Обиженный отказом в полном рукоположении, Фукан перестал исповедовать католицизм. Когда при следующем режиме Токугава начались религиозные гонения, Фукан опубликовал в 1620 году сочинение «Низвергнутый Бог» — злую критику христианства и европейцев, проповедовавших его, что заложило основу дальнейшей антихристианской полемики. Фукан утверждал, что «последователи Господа» стремились «уничтожить закон Будды и путь богов». Он писал: «Они выслали войска и захватили земли, такие как Лусон и Новая Испания, — земли варваров, недалеко ушедших от звериного состояния. Но наша страна многократно превосходит эти земли своей бескомпромиссной храбростью. Поэтому желание захватить нашу страну, разрушив самые основания нашей веры, даже если это займет тысячу лет, проникло в них до мозга костей»[53].

Христианские миссионеры превосходно чувствовали себя в правление Оды Нобунаги, которому в деле объединений страны весьма пригодились аркебузы. Союз Нобунаги с христианами отчасти дал ему преимущество против влиятельных буддийских сект. Хидэёси тоже поначалу благоволил христианам, однако после визита на Кюсю был поражен тем, сколько власти забрала себе новая религия, он не замечал этого раньше, коль скоро она не угрожала столице. Затем он обратил свой гнев на португальцев, узнав о размахе работорговли, особенно о количестве японских девушек, проданных в сексуальное рабство на португальские корабли или увезенных в Португалию и Макао. В июле 1587 года Хидэёси написал Гаспару Коэльо, главе иезуитской миссии в Японии, требуя прекратить работорговлю японцами и вернуть на родину уже увезенных рабов. В том же году он издал эдикт, запрещающий проповедь христианства, и приказал выслать из Японии иностранных миссионеров в течение 20 дней. Однако запрет оказался нестрогим, и миссии продолжили свою деятельность, но уже не так открыто.

В 1585 году папа Григорий XIII даровал иезуитам исключительное право на миссионерскую деятельность в Японии, однако, несмотря на это, в 1590-х годах там начали появляться францисканцы, доминиканцы и августинцы. Соперничество между орденами выливалось в агрессивный передел территорий. В 1596 году отношения между Хидэёси и иезуитами с францисканцами ухудшились, когда испанский галеон, шедший из Манилы в Акапулько, сбился с курса и его внушительный груз был конфискован местным даймё. Это событие вызвало горькие протесты как иезуитов, так и францисканцев. В произошедшей неразберихе подозрения Хидэёси о том, что испанцы и португальцы жаждут присоединить Японию к своим империям, только усилились. Он приказал распять всех христиан Киото. Первоначальный список содержал сотни имен, однако из сострадания его сократили до 26 человек, куда вошли крещеные японцы, рукоположенные японцы-священники, четыре испанца, один мексиканец и один индус. Их гнали на распятие по дороге на юг из Киото в Нагасаки в назидание христианскому населению, жившему в этих землях. Эти люди сейчас известны как Двадцать шесть японских мучеников.

В 1603 году, став сёгуном, Токугава Иэясу поначалу открыл все порты для иностранной торговли безо всяких ограничений, надеясь увеличить доходы за счет международной коммерции. Он игнорировал эдикты Хидэёси против христиан, ослабив гонения на католических миссионеров и священников. Вскоре появились протестантские соперники Испании и Португалии — голландцы и британцы. Первый голландский корабль причалил к берегам Японии в 1600 году — это было единственное выжившее судно из экспедиции в пять кораблей, отправленной в 1598 году. Второй голландский корабль появился в 1609 году, за ним британский в 1613 году, но в 1635 году Британия прекратила торговлю с Японией из-за нерентабельности. Корабли этих стран снаряжали купеческие гильдии, а не правительства. Голландские и британские купцы предупредили Иэясу, что их враги-католики стараются разжечь социальную и политическую смуту, чтобы забрать страну в свои руки, — так испанцы сделали в Центральной и Южной Америке и на Филиппинах, а португальцы, в меньших масштабах, — в Макао и на Гоа. Насчет себя же они заверили сёгуна, что, будучи купцами, заинтересованы в прибыли, а не в завоеваниях или обращении в христианство.

Один из таких европейских советников по имени Уильям Адамс (1564–1620) был увековечен в популярнейшем романе Джеймса Клавелла «Сёгун» (1975), позднее экранизированном в виде телевизионного мини-сериала, довольно хорошо отражающего исторические реалии. Адамс был английским мореходом, прибывшим к берегам Японии в 1600 году на голландском судне «Лифде». Он поселился в Японии и стал доверенным советником Иэясу по вопросам дипломатии и морской торговли. Сёгун запретил Адамсу покидать Японию, но взамен даровал ему статус самурая — редкий случай для чужестранца во всей японской истории — и высокую должность, приблизив его к себе. Адамса стали называть Миура Андзин — «штурман с Миура» — и пожаловали поместьем в Ураге, близ входа в залив Эдо. Не имея возможности вернуться в Англию к жене и детям, он женился еще раз — на дочери местного чиновника — и полностью погрузился в японскую жизнь. Умер Адамс в 1620 году в возрасте 55 лет. Его могила примыкает к мемориалу Франциска Ксаверия в Нагасаки.