Чтобы избежать интриг, тайных союзов и восстаний вассалов против сюзеренов, которыми изобиловала эпоха Сэнгоку, Токугава создали мощную систему сыска и полицейский аппарат, включавший шпионскую сеть, инспекторов и цензоров на всех уровнях. Эти инспекторы под названием мэцукэ (буквально «цепляться глазами») тщательно следили за деятельностью даймё, вассалов Токугавы и официальных лиц сёгуната. В каждой провинции, кроме того, была собственная сеть инспекторов и шпионов для внутреннего контроля. Деревенские и городские жители были сгруппированы по пять или более дворов (гонин гуми), несших коллективную ответственность за всех своих членов. Таким образом был создан механизм круговой поруки среди населения. В некотором смысле инспекторы мэцукэ были наследниками знаменитой, но исторически малозначимой традиции ниндзя, или синоби. Отряды ниндзя существовали уже во времена Сэнгоку; они скрытно проникали на вражескую территорию, чтобы наблюдать за перемещениями обитателей, собирать тайные сведения или участвовать в заказных убийствах. Однако в период Токугава их боевые приемы стандартизировались в официальные боевые искусства, а шпионаж стал систематизированным и оброс бюрократией. Подспудной темой эпохи стала рутинизация боевых искусств, «укрощение самураев». Навыки ведения войны — прерогатива сословия воинов — стали бесполезными в обществе, запретившем насилие, а должность зависела от наследуемого ранга, поэтому самураи массово превратились в государственных служащих. Их военные навыки — собственно причина привилегированности их сословия — со временем все более теряли смысл.

Чтобы поддерживать свою исключительную власть при новом порядке, сёгунат Токугава ограничил влияние конкурентов — придворных, буддийских храмов и даймё. Двор непрерывно кипел заговорами и интригами, угрожавшими многочисленным предыдущим режимам. Контроль над двором был важен потому, что сёгун, строго говоря, был только уполномоченным императора, а именно императору, в свою очередь, — по крайней мере символически — принадлежала власть над страной, и он теоретически мог сместить Токугава. В 1615 году Иэясу выпустил указ в 17 пунктах, запрещавший Императорскому двору участвовать в политической жизни и утверждавший право вето на пожалование императором придворных почестей военным родам. Придворные аристократы были физически заперты в пределах Императорского дворца в Киото, и за ними строго наблюдал уполномоченный сёгуна, живший в великолепном замке Нидзё, построенном на деньги из контрибуций, взысканных с западных даймё.

Буддийские храмы и монастыри потеряли военную силу еще при Нобунаге, однако оставались богатыми и влиятельными. Чтобы удостовериться, что они не будут мешать режиму Токугава, сёгунат потребовал от них согласия на государственный надзор в обмен на подтверждение их прав на землю — источник финансовых гарантий для буддийских клириков. Учения, устоявшиеся институционально к XVII веку, превратились в квазиофициальные государственные органы, ответственные за учет населения. Каждый житель был обязан получить удостоверение о прикреплении к конкретному буддийскому храму. То есть при рождении каждого японца вносили в список в том храме, куда ходила его семья, и списки прихожан собирались и отправлялись даймё. Храмовое удостоверение требовалось в различных важных случаях: при вступлении в брак, во время путешествия, при смене места жительства или при занятии определенными профессиями. Подозреваемых в христианстве принуждали к церемонии «попрания образов» (фуми-э), то есть заставляли наступать на распятия или изображения Иисуса и Девы Марии, чтобы проверить, не христиане ли они.

Контроль над приблизительно 250 даймё, независимо управлявшими примерно 80 % страны, был важнейшей задачей. С восшествием на трон нового сёгуна каждый даймё должен был присягнуть ему на верность; взамен он получал свидетельство о правах на доходы в своем княжестве. Недостойное поведение наказывалось лишением владений или ограничением их территории либо переводом даймё в новые владения. В «Букэ сёхатто» («Кодексе для военных домов»), составленном в 1615 году, сёгунат запретил даймё строить новые крепости или большие корабли, укрывать беглых и собирать пошлины за проезд по дорогам. Даймё не могли заключать браки, ведущие к политическим союзам, без разрешения сёгуна.

Одним из самых примечательных инструментов контроля над даймё была система заложничества санкин котай — «поочередное присутствие». Согласно этой практике, даймё были обязаны год через год проживать в Эдо поблизости от сёгуна, а также содержать в Эдо усадьбы, в которых постоянно жили их жены и дети в качестве заложников. Требования касательно санкин котай были задокументированы в «Букэ сёхатто» и менялись только один раз за весь период с 1635 года, когда они были формально введены, по 1862 год, когда эта практика прекратила свое существование. Это было самой эффективной формой контроля сёгуната над даймё, подавлявшей желание сместить режим. Более того, система санкин котай привела к важной социальной трансформации, способствуя экономическому росту и формированию национальной культуры.

Чтобы следить за перемещениями множества даймё в столицу и обратно, сёгунат создал и поддерживал сеть из пяти центральных дорог, ведущих в Эдо. Эта национальная транспортная система оказалась критически важной в деле объединения нового государства, позволяя быстро и безопасно передвигаться по стране должностным лицам, поддерживать свою монополию на рекрутирование солдат и контролировать перемещения и людей, и товаров. Двумя основными дорогами были Токайдо, шедшая вдоль побережья из императорской столицы Киото в сёгунскую столицу Эдо, и Накасэндо, которая связывала эти два города более длинным и гористым маршрутом, пролегавшим через внутренние районы. Проезд по этим дорогам был строго регламентирован: на пропускных станциях чиновники проверяли путников. Небольшие городские поселения при почтовых станциях, расположенные вдоль дороги на расстоянии от 5 до 16 километров друг от друга, предоставляли путешественникам различные услуги: готовых к пути лошадей, носильщиков и ночлег. Вдоль Токайдо располагались 53 такие станции, а вдоль Накасэндо — 67. Они были увековечены в ксилографии художника Хиросигэ Андо (см. главу 7). Тракты и почтовые станции обеспечивали взаимосвязь всей страны, обмен товарами и циркуляцию населения. Деревни возле таких городков также были обязаны предоставлять рабочую силу людьми и лошадьми для строительства мостов и поддержания дорог, чтобы движение по ним не останавливалось.

Даймё обычно ездили в Эдо по основным трактам во главе парадной процессии, в сопровождении нескольких сотен вассалов и слуг, включая копейщиков, пеших и конных воинов с мечами, знаменосцев и высших должностных лиц княжества, которых, в свою очередь, сопровождали их слуги и вассалы. Размер процессии зависел от объемов риса (коку), собираемого в данном княжестве. Также для удовлетворения нужд даймё в дороге требовались знающие люди: врачи, коновалы, сокольничие, повара, писцы и порой даже поэты. Во главе большинства процессий чаще всего несли религиозные предметы, чтобы отогнать возможные несчастья и обеспечить удачу в путешествии. Также неотъемлемой частью процессии были столяры, чинившие хозяйские паланкины, а также покои на постоялых дворах, и другие ремесленники, отвечавшие за флаги и занавеси. Кроме оружия и пожитков, необходимо было нести еду, питьевую воду, сакэ и соевый соус, а также накидки от дождя, портшезы и фонари. У каждого даймё был личный туалет и ванна для путешествий. Вещи повседневной необходимости, а также носильщики для их переноски зачастую нанимались по дороге, что помогало поддерживать экономику придорожных селений. Сам даймё ехал в центре процессии в паланкине, окруженный личными слугами и сменными носильщиками паланкина. Когда даймё проезжал мимо, простолюдинам предписывалось падать на колени и кланяться до земли. Переезды в Эдо и обратно, а также строительство и поддержание официальных резиденций даймё в столице, в каждой из которых жили тысячи человек, обходились в 50–75 % общего дохода от владений даймё, что не позволяло им вкладывать большие средства в военное дело, которое могло угрожать режиму Токугава.