Хубилай также привлекал на службу и оказывал покровительство ученым, ярым приверженцам нео-конфуцианства, опять же с целью завоевать симпатии этой группы, приобретавшей все большее влияние. Хотя многие из них отказывались идти на службу к монголам, некоторые считали задачу «цивилизовать» северных кочевников своей особой миссией. Это новое поколение нео-конфуцианцев, привлеченных ко двору Хубилая и пользовавшихся расположением императора, нашло своего яркого представителя в лице Сюй Хэна. Сюй снискал репутацию одного из величайших ученых своего времени. В молодости он изучил основные сочинения и заповеди нео-конфуцианства под руководством Яо Шу и Доу Мо.

Они же представили его Хубилаю, и к 1267 г. он уже был назначен Начальником Образования в Императорском Училище. На этой должности Сюй занимался обучением многих выдающихся монголов и выходцев из Средней Азии и, таким образом, имел возможность внушать свои идеи иноземцам, захватившим власть над Китаем. Он заслуженно пользовался славой замечательного преподавателя, делавшего главный упор на служении государству и обществу, что не могло не вызвать одобрения со стороны монгольских правителей Китая. Еще более привлекательной в глазах Хубилая и монгольского двора выглядела склонность Сюя к практическим вопросам. В отличие от многих других нео-конфуцианцев, в своих речах и сочинениях он не уносился в высокие сферы. Одна из причин его успеха при монгольском дворе заключалась в том, что он не вдавался в умозрительные, метафизические предметы или «высшие материи». Напротив, он давал Хубилаю практические и полезные советы.

В одной истории из китайских источников рассказывается, что Хубилай требовал от Сюя всегда только честных и откровенных ответов, даже если такая правдивость вынуждала критиковать самого императора. Когда Сюй только поступил на службу ко двору, главным светилом там являлся Ван Вэньтун, которого никак нельзя назвать обычным ученым сановником. Напротив, Ван был умелым администратором, весьма сведущим по части финансов. На самом деле, он пытался ограничить влияние конфуцианцев при дворе и прибегнул для этого к ловкому ходу. Он побудил Хубилая назначить Яо Шу Главным Наставником, Доу Мо Главным Воспитателем, а Сюй Хэна Главным Хранителем наследника, тем самым лишив их возможности занять какие-либо административные должности. Разгадав умысел Вана, все трое отказались от этих назначений и на время удалились с государственной службы. В 1262 г. Ван оказался замешан в мятеж своего зятя Ли Таня и был казнен. Затем Хубилай призвал Сюя и упрекнул его в том, что тот не выступил против Вана: «В то время вы знали об ошибках Вана, так почему вы ничего не сказали? Разве учение Конфуция предписывает поступать так? Поступая так, вы скорее не соблюдали учение Конфуция! Что было, то было; не повторяйте в будущем этих ошибок. Называйте правое правым, неправое неправым.»

Конечно, Хубилай понимал, что такой подход понравится его советникам-конфуцианцам.

Точно так же одобрение со стороны конфуцианцев не могло не вызвать его благосклонное отношение к написанию династической истории в традиционном китайском духе. Конфуцианство, всегда с почтением смотрящее в прошлое и использующее исторические события как примеры для подражания, давало толчок к осуществлению подобных официально одобренных историографических замыслов. В августе 1261 г. Ван Э, уже составивший (в 1234 г.) историю падения Цзинь, предложил собрать исторические записи о династиях Ляо и Цзинь, включив сюда и историю первых монгольских властителей. Он следовал традиционным китайским воззрениям, повторив тезисы о том, что история содержит образцы для настоящего и что как добродетели, так и пороки предшествующих династий служат прекрасными примерами. Подразумевалось, что Хубилаю следует подражать великим императорам древности. Чтобы обеспечить правильный сбор записей и архивную работу, Ван предложил учредить Историческое Управление, которое дополнило бы уже существующую академию Ханьлинь, в которой трудились ученые-конфуцианцы. По-видимому, это новое учреждение должно было использовать влияние ученых Ханьлинь для ускорения работы над историческими проектами. Новое ведомство, получившее название Ханьлинь гоши юань, должно было собирать записи и затем составлять истории династий Ляо и Цзинь, а также истории монгольских правителей до Хубилая. Император, похоже, в отличие от китайцев не испытывавший никакой склонности к историческим трудам, тем не менее, одобрил предложение Вана и санкционировал создание Управления написания государственной истории. Скорее всего, он сделал это с целью успокоить конфуцианцев и позволить им заниматься своим традиционным делом. Какими бы ни были соображения Хубилая, Ван Э собрал в Управлении написания государственной истории редакторов, составителей и ученых. Хотя ни история Ляо, ни история Цзинь так и не была завершена при Хубилае даже в черновом варианте, Ван Э разработал организационную схему для «Истории Цзинь». Однако заслуга самого замысла и начала претворения его в жизнь принадлежит Хубилаю и его советникам.

Хубилай и религия

Естественно, если Хубилай хотел выступать в роли правителя всего Китая, он должен был завоевать доверие не одних лишь конфуцианцев. Следовало прислушиваться к представителям других религий и культов. Хубилай проводил политику, направленную на привлечение симпатий всех религий в его владениях. Перед китайскими учеными он выдавал себя за поборника конфуцианской системы; перед тибетскими и китайскими монахами он стремился выглядеть ярым буддистом; европейцам, таким как Марко Поло, он предрекал массовое обращение своих подданных в христианство, а мусульманам он обещал свое покровительство. Такое хамелеоноподобное поведение весьма помогало Хубилаю управлять этнически и религиозно разнородным населением империи.

Одной из религиозных групп, которые Хубилай стремился привлечь на свою сторону, были мусульмане. Начиная с 1261 г. он все чаще доверял им правительственные должности и даровал особые привилегии. Например, мусульмане были освобождены от постоянных налогов.

Двор редко вмешивался в религиозные дела мусульман. Упоминания о мусульманских общинах часто можно встретить в китайских и персидских источниках.

Мусульмане жили в летней столице Хубилая Кайпине и в главной столице Даду. Среди них были ремесленники, торговцы и архитекторы; как известно, Хубилай высоко ценил эти професии.

Хубилай терпимо относился к мусульманам, которые во многих областях страны создали практически самоуправляемые сообщества, и иногда даровал им награды.

Общины часто возглавлялись лицом, носившим звание шейх ал-ислам (кит.: хуэйхуэй тайши), которое часто выступало в роли посредника между общиной и монгольскими властями. Мусульманские законы толковались кади (кит.: хуэйцзяоту фагуань). В мусульманских районах были свои базары, больницы и мечети. Хубилай не препятствовал мусульманам соблюдать такие религиозные заповеди, как обрезание и воздержание от свинины. Он также не пытался навязать им китайский или монгольский язык. Многие члены общины продолжали говорить на арабском, персидском и тюркском. Хубилай выказывал свою благосклонность мусульманам, поскольку они приносили ему большую пользу в делах правления. Они налаживали торговые связи с другими азиатскими странами и служили сборщиками налогов и управляющими финансами, ослабляя зависимость Хубилая от китайских советников и чиновников. Так как мусульмане полностью зависели от императорского двора, наделявшего их должностями и властными полномочиями, император мог рассчитывать на их верность больше, чем на преданность китайцев.