Политика Хубилая приносила успехи. На службе у двора состояло несколько человек, пользовавшихся уважением в мусульманском мире; самым знаменитым из них был Саид Аджаль Шаме ад-дин (кит.: Сай-тянь-чи Шань-сы-дин), который происходил из знатной бухарской семьи и вместе со своим отрядом в 1000 всадников сдался монголам во время похода Чингис-хана на Среднюю Азию. Очевидно, на монголов произвели впечатление его способности и преданность, так как вскоре после пленения они стали назначать его на все более ответственные должности. Мункэ сделал его главным управляющим округа Яньцзин. В 1260 г. Хубилай назначил его уполномоченным по умиротворению (сю-аньфу ши) в Яньцзин, а через год он получил должность в Главном Секретариате. Очевидно, он хорошо себя проявил, поскольку к 1264 г. Хубилай дал ему пост фактического губернатора области, расположенной на территории современных провинций Шэньси, Ганьсу и Сычуань. Здесь он по поручению двора провел перепись населения, которая повысила сбор налогов, и занимался организацией армии.

Хубилай также оказывал покровительство буддистам, которых поддержал на диспуте с даосами в 1258 г. Ко времени восшествия на престол Хубилай уже испытывал влияние со стороны нескольких школ китайского буддизма, особенно школы Чань. Однако ее учение отличалось крайней возвышенностью и не обещало осязаемых и практических выгод, к которым Хубилай был отнюдь не равнодушен. С другой стороны, идеальным орудием для практических целей служил тибетский буддизм. Он мог подвести идеологическую базу под захват власти монгольскими правителями. Хубилая привлекали его магические аттрибуты, его многоцветность и внешний блеск, но больше всего его связь с мирскими делами. Многие тибетские буддийские секты издавна принимали самое активное участие в мирской жизни. Главы сект были также светскими вождями, а монастыри зачастую являлись центрами местной власти. Тибетские секты были не столь далеки от политики, как буддисты течения Чань.

Тибетец Пагба-лама из секты Сакья оказал Хубилаю ценную помощь, поддержав его устремления легитимизировать свою власть над Китаем. В ходе длительных контактов с монголами он усвоил многие их представления. Одновременно, будучи племянником одного из главных вождей секты Сакья и буддийским монахом, он пользовался уважением, граничившим с почитанием, у многих тибетских буддистов. Так как другой ценный тибетский союзник Хубилая Карма Пакши был обвинен в сочувствии Ариг-Буке, этот так называемый «кудесник» отошел в тень. Пагба-лама казался гораздо более надежным союзником.

Придя к власти, Хубилай осыпал Пагба-ламу почестями. В 1260 г. он назначил тибетца на новый пост Государственного Наставника (Гоши), а в начале следующего года поставил его во главе буддийского духовенства. В 1264 г. император даровал буддистам так называемый жемчужный указ, которым даровал буддийским монастырям освобождение от налогов. Впрочем, Пагба-лама не нуждался в особых поощрениях со стороны властей, поскольку он настолько проникся монгольским духом, что даже носил монгольскую одежду, навлекая на себя упреки соплеменников. И все же Хубилай продолжал укреплять с ним дружеские связи. В 1264 г. он основал Цзунчжи юань для управления Тибетом и надзора за отношениями правительства с буддистами, и первым начальником этого нового ведомства стал Пагба-лама. Их связи еще больше укрепились, когда младший брат Пагба-ламы женился на монгольской княжне, а позднее его примеру последовали его племянник и один из его внучатых племянников.

Последним шагом на этом пути была передача по крайней мере номинальной власти над всем Тибетом Пагба-ламе и настоятелям секты Сакьяпа. В 1264-1265 гг. Хубилай отправил Пагба-ламу в Тибет, чтобы убедить местное население признать монгольскую власть. Его младший брат Чагна-Дорчжэ-лама, который также воспитывался при монгольском дворе, прибыл в Тибет, получив от монголов титул «Главы всего Тибета» (тибет.: Bod-spyi’i steng-du bkos). Как распределялись полномочия между двумя братьями, не вполне ясно. Возможно, Хубилай хотел, чтобы Пагба-лама, как глава буддистов на всей территории империи, остался в Китае, а его младший брат, выполняя функции его агента, поселился в Тибете. Какие бы замыслы ни вынашивал Хубилай, предоставляя двум братьям по-видимому перекрывающие друг на друга сферы влияния в Тибете, они вскоре рухнули с неожиданной смертью Чагна-Дорчжэ-ламы в 1267 г. Секта Дигуп, являющаяся подсектой Кагьюпа, главного противник секты Сакьяпа, воспользовалась этим и подняла восстание против своих соперников и монгольского владычества. Хубилай отправил в Тибет карательный отряд и к 1268 г. монгольская власть была восстановлена. В том же году Хубилай начал укреплять связи с Тибетом. Он приказал провести перепись населения и создать систему почтовых станций. Хотя в источниках мы практически не найдем подробностей относительно дополнительных повинностей, возложенных на тибетцев, по-видимому, Хубилай ввел здесь систему налогообложения и военного призыва. В 1268 г. была создана и структура управления Тибетом. Во главе ее должен был стоять член секты Сакья (на тот момент Пагба-лама), который ведал делами буддистов на всей территории империи и должен был жить в Китае. Кроме того, монголы назначали особого тибетского чиновника (тибет.: dpon-chen — пончен, «Великий правитель»), который жил в самом Тибете и осуществлял непосредственное управление страной.

Хубилай ожидал, что в ответ Пагба-лама и его сторонники-буддисты окажут ему религиозную поддержку. Пагба-лама действительно выполнил эту часть сделки. Он разработал такую систему отношений между светскими правителями и религиозными иерархами, которая четко разграничивала сферы влияния Церкви и Государства. Пагба-лама стремился развести их функции следующим образом:

Мирское и духовное спасение — это то, к чему стремятся все люди. Духовное спасение состоит в полном освобождении от страданий, а мирское благополучие — это светское спасение. Оба зависят от религиозного устройства и государственного устройства. В религии главный — лама, в государстве — правитель. Священник должен наставлять в религии, а правитель — поддерживать порядок, который позволит всем жить в мире. Главы религии и государства равны, хотя и обладают разными функциями.

Пагба-лама отплатил своему покровителю, отведя ему место в буддийском пантеоне. Хубилай стал отождествляться с Манджушри, бодхисаттвой, олицетворяющим мудрость, и считался воплощением этого «просветленного». В монгольских источниках, следующих этим представлениям, Хубилай именовался «Сэчэн-хан» (Мудрый хан). Пагба-лама и другие тибетские буддисты обожествили Хубилая, увидев в нем Императора Вселенной (санскрит.: Чакравартин) в буддийской традиции. В одном сочинении, написанном в ту эпоху и, возможно, принадлежащем Пагба-ламе, а затем переведенном на монгольский (Чаган Теуке «Белая летопись»), Хубилай изображен одновременно бодхисаттвой и великим правителем.

Чтобы еще больше укрепить связи между своей религиозной сектой и императором, Пагба-лама предложил ввести при дворе буддийские ритуалы. Ежегодные шествия и торжества, призванные уничтожать «злых духов» и охранять государство, проводились в пятнадцатый день второго месяца, а другие сходные обряды отправлялись в первый и шестой месяцы года. В глазах Пагба-ламы эти ритуалы должны были служить альтернативой конфуцианскому придворному церемониалу; в глазах Хубилая они дополняли, но не подменяли этот церемониал. И все же, по-видимому, Хубилай считался приверженцем буддизма. По крайней мере в одном позднем тексте, который тем не менее отражает взгляды того времени, содержится такой отрывок: