С правления Клавдия начинается также использование Мёзийского флота у северного побережья Понта Эвксинского и поддержание тесной связи Боспорского царства с армией Мёзии. В 38 году Гай Цезарь Калигула возродил план Агриппы, передав Боспорское царство под власть Полемона II, царя Понта. Через три года Клавдий взял обратно этот дар, которым Полемон, видимо, так и не воспользовался, и признал де-факто правителем Боспорского царства некоего Митридата. Тот не удовлетворился этим и попытался избавиться от покровительства Рима, однако наместник Мёзии А. Дидий Галл изгнал его в 44 или 45 году и возвел на трон сводного брата Митридата, Котиса. Успех этих операций, естественно, зависел от действий Мёзийского флота по подавлению всякого сопротивления на море. Фактически переброска живой силы и поставок, видимо, была возложена на торговые суда, затребованные в городе Византий и других портах.[414]

Аннексия Нероном Понта Полемонов сопровождалась усилением патрулирования флотом северного побережья Черного моря. Новую жизнь, которую города Тира (Тирас, на месте современного Белгорода-Днестровского) начал в 56–57 годах (до этого в 48 году до н. э. был разгромлен гетами), знаменует подчинение Риму этого греческого города на Черноморском побережье к северу от Дуная, а также знаменитая надпись «Ti. Plautius Silvanus Aelianus», наместника Мёзии приблизительно с 58 года. Надпись проливает свет на экспансию Рима. Кроме разгрома сарматов и поселения ста тысяч задунайских обитателей на римской территории, этот энергичный наместник избавил город Херсонес (Гераклея-Херсонес, на мысе Херсонес у современного Севастополя), зависимый от Боспорского царства, от осады скифов. Таким образом, Плотий Сильван Элиан умиротворил бассейн Понта Эвксинского и первым среди наместников Мёзии мог доставлять зерно в Рим.[415]Здесь опять же вмешательство Плотия в дела Боспорского царства, несомненно, потребовало участия Мёзийского флота.

Катастрофический финал правления Нерона совпал с окончанием междоусобиц среди даков, происходивших из-за расселения язигов к западу[416]и продвижения других племен, таких как роксоланы, с востока,[417]а также из-за передвижения легионов с Балкан в гражданских войнах, спровоцировавших серьезные волнения на дунайской границе. Хотя зимой 68/69 года две тысячи солдат были взяты из каждого легиона, чтобы помочь Отону в борьбе против Вителлия, остатку III легиона Галлия удалось разгромить вторгнувшихся роксоланов. Опять же летом 69 года привлечение Паннонского и Мёзийского легионов в поход Антония Прима, чтобы отвоевать Италию у Веспасиана, побудило вторгнуться даков, которые форсировали низовья реки. К счастью, Муциан, наместник Сирии, который повел восточные легионы в Италию, прибыл в критический момент на Балканский полуостров и отбросил разочарованных даков за Дунай. Муциан оставил в Мёзии два легиона под командованием Г. Фонтея Агриппы, который погиб в зимнюю кампанию против сарматов. С восстановлением мира в империи можно было поберечь силы, и новый наместник Рубрий Галл, выдворив сарматов, восстановил castella (фортификации) на границе.[418]В это время и classis Moesica, и classis Pannonica получили название Flavia, которое они носили затем в память о своей службе, когда Дунай лишился легионов. Название не обязательно подразумевает реорганизацию флота, ибо сопутствующие гранты paretoria (преторианские) итальянским флотам и Augusta (августейшие) германской и египетской эскадрам не произвели в них заметных перемен. И на это, скорее всего, не указывает основание двух дунайских флотов.[419]

После 70 года мёзийские легионы остались на западе – VII легион Клавдия расположился в Виминации, V Македонский легион – в Эске, I Итальянский легион – в Новы. В то же время Дунай к востоку от Новы находился, как прежде, под опекой вспомогательных войск и флота Мёзии. Этот флот базировался на одну или более стоянку на востоке для патрулирования как низовьев Дуная, так и черноморских путей в Боспорское царство.[420]Начало войны с даками, которое открывает важную эпоху истории Дуная, снесло все эти построения. Весьма возможно, что флот понес значительные потери, когда даки нагрянули в низовья реки. Добруджу римляне в основном оставили, связь между Дунайской армией и Боспорским царством, видимо, была прервана. Мёзийский флот, вероятно, принимал участие в 86 году в походе на даков Корнелия Фуска, а также в более успешном походе Теттия Юлиана, чья победа при Тапах в Дакии позволила в 89 году заключить мир (по которому римляне обязались выплачивать дакам ежегодную дань. Еще до прекращения конфронтации Домициан реорганизовал в 85/86 году оборону в низовьях Дуная посредством разделения Мёзии на две провинции – Нижнюю и Верхнюю – и добавления двух легионов к имевшемуся гарнизону. Classis Flavia Moesica приписали Нижней Мёзии и подчинили с этих пор ее наместнику.[421]