Однако победа обошлась Кэйки дорогой ценой. Он публично унизил трех могущественных даймё, и они знали это. Как заметил самурай из Тёсю Хиросава Саноми в письме своему другу, Кэйки был «злым гением», который благодаря своей находчивости сумел одолеть трех менее одаренных даймё. Манипуляции Кэйки над императорским двором казались необоснованными. Как заметил Датэ Мунэнари, его «презрение к императорскому двору невозможно выразить словами». Идея кобу гаттай лежала в руинах. Можно сказать, что эта катастрофа дискредитировала императорский двор, который, несмотря на появление нового императора и регента, поддался давлению Кэйки. Ни двор, ни даймё не сумели захватить лидерство, в результате чего Сайго и Окубо оставили всякую надежду на мирные реформы. Они еще не были готовы к полномасштабной войне, но уже не испытывали иллюзий по поводу того, что Кэйки можно победить с помощью мирного совета. Теперь они начали работать над заключением тайных пактов и союзов с целью оказать военное давление на сёгунат.

Самая настоятельная проблема была связана с Тёсю. 1/1866 княжество Сацума пообещало добиться для Тёсю прощения, но даже по прошествии четырнадцати месяцев не могло похвастаться какими-либо конкретными результатами. Представители Тёсю в Киото, Ямагата Аритомо и Синагава Ядзиро, знали об усилиях Сацума из неформальных встреч с Сайго, Окубо и Комацу, но неудача конференции четырех даймё до сих пор отрицательно сказывалась на их взаимоотношениях. Чтобы сохранить союз, княжеству Сацума было необходимо продемонстрировать свою добрую волю. 15/6/1867 Сайго посетил Ямагата, чтобы предложить ему и Синагава аудиенцию с Симадзу Хисамицу, отцом даймё Сацума. Это было беспрецедентное предложение. Ямагата, как и Сайго, был по своему происхождению простым самураем, не имеющим никаких оснований претендовать на такую высокую честь, как аудиенция у даймё. Более того, Хисамицу был правителем враждебного княжества или по меньшей мере являвшегося таковым еще год назад. Два самурая из Тёсю пытались возражать, но Сайго настоял на своем, и на следующий день Ямагата и Синагава встретились с Хисамицу в представительстве Сацума в Киото. Встреча была короткой по продолжительности, но глубокой по своему символизму. Хисамицу пообещал сделать все возможное для того, чтобы добиться прощения Тёсю, и вручил в подарок каждому из мужчин шестизарядный револьвер. Он сказал, что в самом ближайшем будущем отправит Сайго в Тёсю с подробными инструкциями. В тот же вечер Ямагата и Синагава посетили резиденцию Комацу, где у них состоялась встреча с Комацу, Сайго, Окубо и Идзити Сайдака. Представители Сацума теперь говорили о союзе Сацума и Тёсю более искренне и увлеченно. Когда зашел разговор о деталях, Комацу сказал, что их ближайшие планы состоят в том, чтобы захватить контроль над двором и получить императорский эдикт против сёгуната. Что касается дальнейших деталей, то они будут определены только после визита Сайго.

Пока Сацума и Тёсю работали над возобновлением союза, сторонники императора из Тоса оказались под огромным давлением. Их правитель покинул Киото в приступе гнева, и они потеряли лицо перед своими товарищами из Сацума. Самураи из Сацума в Киото открыто высмеивали Ёдо за его поспешное отбытие, используя одинаковое звучание слова «касива», или «дубовое дерево» (на семейном гербе Ямаути были изображены три дубовых листа), и слова «касива» в значении «цыпленок». Многие самураи Тоса разделяли это неудовольствие Ёдо. Один из его главных военных советников, Итагаки Тайсукэ, высказывался в пользу того, чтобы поднять войска и атаковать сёгунат, независимо от того, одобрит этот шаг Ёдо или нет. Лоялисты из Тоса также опасались за положение своего княжества в национальной политике. Если Сацума и Тёсю выступят против сёгуната, Тоса может остаться в стороне. Руководствуясь как собственными принципами, так и чисто прагматическими соображениями, Сакамото Рёма и Гото Сёдзиро, руководитель управления индустриального развития Тоса, составили предложение о заключении союза между Сацума и Тоса. Главными целями этого союза были названы восстановление императорской власти, свержение сёгуната и создание законодательного органа. Этот план должен был стать ядром союза Сацума — Тоса.

22/6 главные представители Тоса и Сацума встретились в киотском ресторане «Санбодзи», чтобы обсудить ключевые детали соглашения. Сайго, Окубо и Комацу выступали со стороны Сацума, в то время как Тоса представляли Гото Сёдзиро и трое других самураев (Фукуока Котэй, Тэрамура Содзэн и Манабэ Эйсабуро). Сакамото Рема и Накаока Синтаро тоже присутствовали на этой встрече, но только в качестве наблюдателей, поскольку они были слишком низкорожденными и радикально настроенными, чтобы выступать со стороны Тоса. В принятом итоговом протоколе говорилось о том, что участники встречи выступают за широкое политическое видение. В преамбуле было четко заявлено, что «передача полномочий в решении политических вопросов административному аппарату сёгуната является нарушением естественного порядка». «Не может быть двух правителей у одной земли, — говорилось далее, — как и двух хозяев в одном доме. Поэтому будет разумно вернуть руководство делами и правосудием одному правителю». В отличие от союза Сацума — Тёсю пакт соглашения Сацума — Тоса был обширным и детализированным. В основной части текста содержался призыв к свержению сёгуната и созданию двухпалатного законодательного органа: с даймё в верхней палате и «вассалами и даже простолюдинами» в нижней. Статус сёгуна следует «понизить до ранга обычного даймё», а политическую власть вернуть императорскому двору. Обе стороны неофициально согласились с тем, что Кэйки можно свергнуть только с помощью военной силы, поэтому Гото пообещал вернуться в Киото с войсками. 1 /7 представители Сацума в Киото формально одобрили соглашение, и через два дня Гото отправился в Тоса, чтобы получить одобрение своего княжества.

Сайго был рад этому пакту. В письме от 7/7/1867, адресованном Синагава и Ямагата в Тёсю, он называет предложение Тоса неожиданным подарком судьбы. Гото, пояснил он, был рассержен и разочарован действиями Ёдо, поэтому решил обратиться к Сацума с грандиозным планом. Намерения Гото были самыми серьезными, представители Сацума в Киото выразили ему свою поддержку, поэтому Сайго чувствовал, что ему следует «воспользоваться удачной возможностью». Чтобы развеять любые подозрения, которые могли возникнуть в Тёсю, Сайго приложил к письму копию соглашения и отправил его со своим надежным другом Мурата Симпати. «Если у вас появятся какие-то возражения, пожалуйста, сообщите о них Мурата. Более того, если внутри Тёсю сложится оппозиция, я прошу вас дать мне об этом знать». К несчастью, докладывал Сайго, этот пакт задерживал его поездку в Тёсю, поскольку ему нужно было дождаться в Киото возвращения Гото. Сайго извинялся за внезапную перемену своих планов и просил прощения у Ямагата и Синагава: «Мне не терпится уехать, но у меня нет никакой возможности бросить некоторые мелкие малоприятные обязанности».

Пакт Сацума — Тоса не охватывал все цели Сайго и Окубо, но это был очень важный первый шаг. Сайго рассматривал свержение сёгуната как сложный, долговременный процесс, и предложение Тоса означало, что еще одно крупное княжество желает лишить Кэйки его титула. Тоса также попыталось привлечь на свою сторону княжество Хиросима, и Хиросима молчаливо дало понять, что оно присоединится к любому предложению, которое поддержат Сацума и Тоса. Сайго имел все причины испытывать радость и оптимизм, но, к его разочарованию, эта широкая коалиция антисёгунских сил оказалась хрупкой и недолговечной. Поначалу казалось, что все идет хорошо. Гото прибыл в Тоса 8/7/1867 и на следующий день встретился с Ёдо. Гото убедил своего господина в том, что пакт Сацума — Тоса является умеренным по своему характеру предложением, более предпочтительным, чем разговоры о войне, циркулирующие среди радикалов Сацума и Тоса. Ёдо согласился с предложением, и Гото отправил Сайго весточку о том, что события развиваются так, как они рассчитывали. Однако прежде чем Гото успел вернуться в Киото, Тоса оказалось втянутым во внешнеполитический кризис. 8/7/1867 два британских моряка были убиты в Нагасаки, и Гарри Паркеё, на основании косвенных доказательств, пришел к выводу, что убийцами были самураи из Тоса. Британия направила в Тоса боевые корабли, и в середине 7/1867 казалось, что Тоса, как ранее Сацума и Тёсю, будет вести локальную войну с Британией. Тщательное расследование освободило Тоса от всяких подозрений, и конфликт был урегулирован мирным путем, но переговоры поглотили всю энергию Гото, как и других сторонников союза Сацума — Тоса. Между тем консерваторы из Тоса развернули активную деятельность с целью сорвать заключение пакта, и к 8/1867 Ёдо уже не испытывал желания выступать за отставку сёгуна. Когда 9/7 Гото вернулся в Киото, он имел на руках холодный меморандум, который составил Мацуока Кикэн, конфуцианский ученый из окружения Ёдо. Он призывал к созданию совещательного органа и модернизации армии и флота, но там ничего не говорилось об отставке Кэйки или свержении сёгуната. Гото не имел при себе ни войск, ни каких-либо других ощутимых доказательств своих усилий.