В середине 10/1867 он приказал Сагара Содзё, вассалу Сацума, собрать ронинов и посеять хаос в Эдо. Используя резиденцию Сацума в округе Мита в качестве штаба для своих операций, Сагара и его люди грабили торговые склады, поджигали собственность сёгуната и устраивали нападения на полицейские участки Эдо. Если Кэйки имеет превосходство при императорском дворе, то Сайго вытащит его на улицу.

Между тем лидеры Сацума и Тёсю вернулись домой, чтобы составить окончательные планы. 19/10 Окубо, Сайго и Комацу поднялись на борт корабля в Осака. Эти три могущественных человека вместе покинули Киото, предвещая скорое наступление великих перемен. Сначала они направились в Тёсю в сопровождении Хиросава Санэоми и вечером 21/10 прибыли в Митадзири. На следующий день они были в столице Тёсю, Ямагути, где у них состоялась встреча с даймё Мори Такатика и его сыном, — Здесь они подтвердили решимость Сацума сражаться вместе с Тёсю за свержение сёгуната. 10/26 они прибыли в Кагосима и сразу же направились в замок, чтобы доложить о последних новостях Хиса-мицу и Тадаёси. На следующий день у них состоялась продолжительная встреча с элитой княжества: Сайго и Окубо были преисполнены решимости свергнуть сёгунат, но они хотели, чтобы сам даймё командовал войсками в Киото. Несмотря на глубокие сомнения, старейшины Сацума дали свое согласие, и 29/10 княжество приняло официальное решение отправить Тадаёси в Киото во главе маленькой армии.

К середине 11/1867 антисёгунские силы начали наступление на Киото. Сайго и Симадзу Тадаёси покинули Кагосима 13/11 во главе трехтысячного отборного войска. Они сделали остановку в Митадзири, чтобы перегруппироваться и обеспечить транспортом силы Тёсю. Войско Сацума прибыло в Осака 20/11, а тремя днями позже вошло в Киото, где присоединилось к двухтысячному контингенту, уже находившемуся в императорской столице. Силы Тёсю, возглавляемые Мори Мотоно-ри, прибыли в Осака 20/11, но они не вошли в Киото. Тёсю все еще находилось под императорской санкцией, и поэтому Мотонори не рискнул появляться с войсками в столице. Асано Мотикото, сын даймё Хиросима, прибыл с тремя сотнями солдат. Малоубедительным оправданием для этой активности даймё послужили разосланные им приглашения императорского двора от 15/10/1867 на большой совет, созванный для обсуждения отставки Кэйки. Войска якобы потребовались им для защиты императорского двора.

Получив мощную военную поддержку, Сацума теперь оказывало давление на императорский двор, добиваясь от него издания декрета против Кэйки. 8/12 Сайго вместе с Окубо и старейшиной княжества написали письмо Ивакура Томоми. Великая и сложная задача стоит перед нами, заявили они, и будущее всей страны висит на волоске. «Умы людей» загрязнены более чем двухвековым правлением Токугава, и реставрация императорской власти будет сложной и опасной задачей. Хотя существует соблазн пойти на компромисс с Токугава во имя «великодушия», на самом деле это только поставит двор под угрозу. Ничто, кроме низложения Кэйки до ранга обычного даймё, не будет удовлетворять императорской воле. Таким образом, говорить о мире равносильно тому, чтобы говорить об измене: «Те, кто говорит, что не нужно стремиться к войне, в действительности утверждают, что нам не нужно действовать в соответствии с великими принципами (дайдзёри)».

В тот же самый день императорский двор поручил ассамблее решить судьбу сёгуната. Собравшиеся даймё быстро решили целый ряд предварительных вопросов. Они даровали прощение нескольким придворным лоялистам, включая Сандзё Санэтоми (один из пяти беглых придворных), а также окончательно реабилитировали Ивакура, так что теперь он снова мог появляться перед императором. В тот же вечер они объявили о полном прощении и восстановлении придворного ранга даймё Тёсю Мори Такатика и его сына. Княжество Сацума наконец выполнило свое главное обязательство по пакту 1/1866. Но оставалось обсудить самый настоятельный вопрос — императорский указ о роспуске сёгуната. Переговоры продолжались всю ночь и на следующее утро.

Утром 9/12 в конференции был объявлен перерыв, и регент императора, Нидзё, вернулся домой. Ивакура сразу же приступил к действиям. Он дал указание войскам, в основном из Сацума, взять под охрану ворота императорского дворца. Затем он пригласил даймё и высокопоставленных вассалов из Сацума, Хиросима, Тоса, Фукуи и Овари в императорский дворец на официальную церемонию. Пока собравшиеся ждали, юный император Муцухито вызвал в свою библиотеку принцев Арисугаваномия и Ямасиномия, где объявил им «императорскую волю». Затем он вышел к собравшимся даймё и, заняв место за бамбуковой ширмой на высокой платформе, прочитал «великий эдикт» (дайгорэй), коренным образом меняющий политическую структуру Японии. Сёгунат был упразднен. Этот указ включал пост самого сёгуна, а также пост протектора Киото (Киото сюго), который занимал Мацудайра Катамори, и пост его заместителя. Ключевые должности при императорском дворе также были упразднены. Должности регента (сэссё). которая являлась центром власти с седьмого века, больше не существовало. Вместо сёгуната и традиционного императорского двора император объявил о создании новой политической структуры. Принц Арисугава-но-мия будет президентом (сёсай); главные даймё и высокопоставленные придворные станут сенаторами (гидзё); самураи и придворные низкого ранга будут советниками (санъё). Это был быстрый, бескровный переворот, который Сайго и Окубо планировали на протяжении месяцев, но, чтобы не вызывать лишних подозрений, требовалось соблюдать осторожность и осмотрительность. Окубо занимал скромное место в дальней части зала для собраний. Сайго находился снаружи, у дворцовых ворот, командуя войсками Сацума.

Присутствие многочисленного воинского контингента Сацума в столице помогло создать широкую, но эфемерную антисёгунскую коалицию. Ямаути Ёдо и Мацудайра Сунгаку, которых вряд ли можно было назвать союзниками Сацума, поддержали декрет скорее из страха оказаться исключенными из новой политической структуры. Они оба были вознаграждены постами сенаторов в новом императорском совете. Хитоцубаси Кэйки и Мацудайра Катамори, напротив, отказались прийти на собрание, не желая легитимировать своим присутствием антисёгунский путч. Таким образом, императорский декрет скорее создал напряженную патовую ситуацию, чем привел к ясной победе. Чтобы избежать потенциально взрывоопасной ситуации, 12/12 Кэйки покинул Киото и направился в Осака. Кэйки повиновался эдикту, ничем не подтверждая, что он признает его законность. Так, например, он принял отставку Мацу-дайра Катамори с поста протектора Киото, но причиной отставки была объявлена его болезнь, а не императорский эдикт. Между тем защитники Кэйки, включая Ёдо и Сунгаку, отчаянно пытались изменить эдикт в пользу Кэйки. Приказ императора лишал Кэйки поста сёгуна, но оставлял за ним придворную должность лор-да-хранителя императорской печати (найдайдзин). Возможно, ему удастся сохранить свои владения в качестве высокопоставленного придворного чиновника. Оставаясь в Осака, Кэйки согласился уйти с поста сёгуна и отдать свои земли, но при условии, что другие даймё тоже отдадут земли императорскому дому, чтобы он мог оплачивать свои расходы. Это была интересная идея, и даже Ивакура начал колебаться. Похоже, время снова было на стороне Кэйки.

28/12 Сайго написал отчаянное письмо Минода Дэнбэй в Кагосима. Сайго опасался, что отступление Кэйки в Осака было не столько признаком смирения, сколько способом консолидировать свои силы. Хотя смысл императорского эдикта был достаточно ясен, Токугава Ёсикацу и Мацудайра Сунгаку работали над тем, чтобы помочь Кэйки сохранить свои земли и даже получить пост сенатора в новом правительстве. Если бы двор сразу же издал указ об атаке Кэйки, то даже родственные ему даймё (синпан), такие, как Ёсикацу, оставили бы сёгунат. Вместо этого ситуация зашла в тупик. Однако не все было так плохо. Несколько крупных княжеств отделились от сёгуната, а в политике Тоса лоялисты Итагаки, судя по всему, вытеснили со сцены Гото с его «низкими махинациями». Но ситуация оставалась нестабильной, поэтому Сайго и Окубо прилагали отчаянные усилия, чтобы сохранить антисёгунскую коалицию.