Эту сцену Дягилев считал настолько важной, что сначала даже хотел начать ею постановку, пожертвовав первой картиной пролога. К тому же для смены декораций и размещения на сцене хора и статистов (всего около трехсот человек) между двумя картинами была необходима продолжительная пауза, которая, по мнению Сергея Павловича, могла «расхолодить публику». К счастью, он сохранил в постановке обе картины, поместив между ними сцену в Чудовом монастыре. Таким образом, в спектакле возникал эффектный контраст — за массовой сценой следовала сольная.

В постановке Дягилева были и другие сюжетные изменения: например, «польский» акт (любовная линия Лжедмитрия и Марины Мнишек) предшествовал сцене в царских палатах с участием Бориса и Шуйского. Предвидя замечательный театральный эффект благодаря исполнению заглавной роли Федором Шаляпиным, импресарио сделал финальной не сцену под Кромами, а сцену смерти Бориса. И, надо сказать, замысел постановщика оказался верным. Впоследствии Александр Бенуа утверждал, что эта сцена стала «лучшим заключительным аккордом» оперы, давая убедительное завершение психологической драме царя Бориса.

В дальнейших постановках Дягилева «Борис Годунов» неоднократно подвергался купюрам. Сергей Павлович опустил сцену в уборной Марины Мнишек, а затем и сцену в корчме на литовской границе, объясняя некоторым критикам, выражавшим неодобрение еще во время репетиций, что последняя будет шокировать парижскую публику своей грубостью. Возможно, ему также казалось, что эта сцена может отвлечь внимание слушателей от сути драматического сопоставления царя Бориса и народа.

По всей видимости, возражая поклонникам М. П. Мусоргского, импресарио руководствовался не только собственным художественным видением постановки, но и практическими соображениями: у него было четкое представление о том, сколько времени публика, на которую он ориентировался, будет воспринимать действие. Поэтому-то Дягилев непременно высчитывал хронометраж каждого спектакля, учитывая до минуты время, необходимое для смены декораций и мизансцен. Каждый из спектаклей, начинаясь в восемь часов вечера, должен был заканчиваться не позднее четверти двенадцатого. Оспорить это решение «диктатора» не мог никто.

Впрочем, впоследствии стало ясно, что даже в «отредактированном» виде опера М. П. Мусоргского одержит блестящую победу. Хотя перед самой премьерой возникло столько сложностей, что Дягилев и его соратники были почти уверены: их ждет неминуемый провал.

Дома, в Санкт-Петербурге, будущим участникам 3-го Русского сезона во главе с Дягилевым казалось, что августейшее покровительство великого князя Владимира Александровича защитит их от всех бед. Но как только они очутились в Париже, всё резко изменилось. В Гранд-опера русских артистов встретили недоброжелательно. Впрочем, оба директора — администратор Бруссан и композитор Мессаже — оказались тут ни при чем. Они-то как раз были любезны и помогали во всём, что от них зависело. Козни с первого же дня начал строить главный машинист театра господин Петроман, от которого зависела вся зрелищная часть спектаклей. Недаром за ним прочно закрепилась репутация интригана — он мешал гастролерам буквально на каждом шагу. Казалось, он задумал сорвать представления, чтобы раз и навсегда отвадить русских — «этих варваров» — от выступлений в Париже. Дело осложнялось еще и тем, что по-французски из всей труппы могли свободно говорить лишь Дягилев, Бенуа и Блуменфельд. Остальные же, особенно обслуживающий персонал, свое недовольство выражали по-русски.

А поводов для него оказалось более чем достаточно! Написанные еще в Санкт-Петербурге декорации доставили во французскую столицу по железной дороге, но, вспоминает А. Бенуа, холсты «надо было еще набить на деревянные основы кулис, а навесные части закрепить на всей сложной системе канатов и блоков. Кроме того, надлежало вырезать окна и двери и построить все площадки, лесенки и т. д. Между тем прибыли наши холсты неизвестно почему с большим опозданием, всего дней за пять до генеральной. Можно себе вообразить, какое получилось напряжение нервов, следовавшая за ним адская усталость, какое нами овладело отчаяние».

Александр Николаевич как-то незаметно для самого себя стал играть неблагодарную роль второго, неофициального директора труппы, всем что-то объяснять, кого-то распекать, утешать, торопить… Приходилось то и дело переходить с русского языка на французский и обратно. Словом, голова у него шла кругом. Сергей Павлович же чуть ли не целыми днями колесил по городу: то он хлопотал перед местными чиновниками, постоянно чинившими препятствия, то задабривал представителей прессы, от которых в значительной степени зависел успех предстоящих гастролей, то доставал необходимые средства… Ежедневно им обоим приходилось решать массу вопросов, едва сдерживаясь, чтобы не разразиться гневными тирадами в адрес недоброжелателей.

В самый ответственный момент, когда должна была состояться «полуофициальная» первая генеральная репетиция, а до «публичной генеральной» оставалось всего двое суток, пресловутый господин Петроман нанес удар, от которого, полагал он, русские не смогут оправиться. Главный машинист театра, а по сути хозяин сцены заявил, что размер декораций не соответствует установленным требованиям и, для того чтобы исправить ошибку русских (он подчеркнул это), ему потребуется не менее трех дней.

Конечно, Петроман ожидал, что приезжие артисты в смятении безропотно примут его условия. Но не тут-то было! Дягилев, сохраняя внешнее спокойствие, тут же заявил ему, что не намерен откладывать спектакль и готов показать его парижской публике даже без декораций. Француз испугался скандала, и… свершилось то, на что уже никто не надеялся: буквально в последнюю минуту перед началом генеральной репетиции все необходимые исправления были сделаны. Александр Бенуа вспоминает: «…я еще стоял на стремянке, заделывая пастелью какое-то проступившее от сырости пятно на фоне декорации Новодевичьего монастыря, когда уже кончалось вступление и был подан сигнал к поднятию занавеса».

Ощущение крайнего напряжения, которое испытывали все члены труппы, передалось, конечно, и Шаляпину. Он был настолько взволнован, что едва нашел в себе силы выйти на сцену, даже отказался гримироваться и сменить костюм после сцены коронации и с отчаянием твердил, что забыл текст Пушкина… Что оставалось делать? Бенуа, стараясь успокоить певца, тут же положил перед ним томик поэта и осветил его электрической лампой, которую заслоняла от публики груда книг. Взглянул на сцену — и ужаснулся: артист без бороды казался слишком молодым для роли Годунова, вместо декорации царских хором зияла пустота, и лишь стоявшие на первом плане диковинные часы были, как и предполагалось, освещены. Но вот заиграли куранты (на самом деле это был оркестр) — и словно не было волнений, споров, отчаяния. Эффект от сыгранной сцены получился неповторимый, явив всем присутствующим театральное чудо.

И все-таки у Дягилева и его помощников даже после победы над главным машинистом не было полной уверенности, что намеченная на следующий день генеральная репетиция пройдет гладко. Многое нужно было доделать в костюмах и бутафории, но главное — в самой постановке. Весь день сцена была занята, и единственную репетицию с хором удалось провести лишь после полуночи. Опытнейший режиссер Александр Санин, этот «укротитель масс», был в ужасе: статисты изображали какую-то дикую оргию, с которой даже он не мог справиться. Всё это грозило катастрофой…