25 июня 1501 года прибыла французская армия — это был ее последний переход перед вторжением в Неаполитанское королевство; она разбила лагерь на севере Рима. Трубы, рожки, барабаны издавали оглушительные звуки, как и шествие «парадным строем» тринадцати тысяч солдат и двух тысяч всадников, сопровождаемых длинной вереницей мулов, запряженных в повозки, и тридцатью шестью пушками, «французской гордостью», которые катились со страшным грохотом. Лукреции казалось, что по вине этих захватчиков Алонсо Бишелье умирает во второй раз. Из замка Святого Ангела ее отец благословлял войска, спешившие обрушиться на земли Федерико II. Не пройдет и месяца, как резня в Капуе откроет армии Людовика XII дорогу в Неаполь, это будет стоить жизни сорока тысячам человек. В один июльский день французы зарезали, изнасиловали, расстреляли из аркебуз женщин, мужчин, детей, стариков. «Вдоль стен широкими ручьями текла кровь, жители лишились всего, чем владели, мужчин и женщин продавали, как рабов», — писал Жан д'Отон в «Хронике царствования Людовика XII».

В Петров день Александр VI издал буллу, заготовленную неделей раньше, официально объявившую о свержении короля Неаполя, обвиняемого в том, как заявлял папа, что он обращался за помощью к туркам. Какая насмешка! Когда Лукреции было семнадцать лет, ее отец попросил султана помочь защитить Неаполь от Карла VIII и выдал свою дочь за герцога Бишелье. Теперь Федерико, дядя покойного мужа Лукреции, укрылся в Искии и отрекся от престола в пользу Людовика XII.

В отсутствие Чезаре, занятого завоеванием Неаполя, Александр VI возглавил армию, чтобы подчинить баронов Лацио. Его политика консолидации церковных земель была направлена на то, чтобы маленькие города, цитадели и укрепленные поселения, окружавшие Рим, попали в зависимость от папского престола и сделали самого папу хозяином имений Колонна, Савелли, Эстутвилей и других.

Прежде чем начать эту экспедицию и покинуть Рим, папа решил доверить управление Церковью Лукреции. Ей придавался высокий политический статус, и это должно было доказать Эркуле д'Эсте, что она способна принести огромную пользу, управляя городом, и, следовательно, достойна стать герцогиней Феррарской.

Распорядитель церемоний Бурхард ограничивается тем, что просто упоминает об этом временном правлении, никак его не оценивая, 27 июля он пишет:

Наш господин, прежде чем удалиться из города, доверил весь дворец и заботу о делах синьоре Лукреции. Его Святейшество предоставил своей дочери полную свободу вскрывать приходящие письма. В чрезвычайных обстоятельствах она будет просить совета у кардинала Лиссабонского.

В таком назначении по тем временам не было ничего удивительного. Так, Катарина Сфорца, после того как был убит ее муж, была регентшей в течение одиннадцати лет и защитила права своего сына. Изабелла д'Эсте и Элизабетта Урбинская управляли своими государствами подчас лучше своих супругов. Во Франции Людовик XI передал власть своей дочери Анне де Боже, чтобы установить регентство до совершеннолетия Карла VIII. Оно продлилось с 1483 по 1491 год.

Двумя годами ранее сама Лукреция выполняла подобные обязанности в Сполето, и довольно успешно.

Так, Александр VI, знавший, что она весьма разумна, присвоил ей титул наместницы, такой же, какой в X веке получили Теодора и Мариза. Эти две римлянки, боровшиеся с немцами, утверждали назначение по меньшей мере восьми пап и действительно правили Церковью.

Чтобы по-настоящему утвердиться в новой роли, Лукреция поселилась в апартаментах папы. Если в ее распоряжении не было папской печати — духовная область оставалась за пределами ее полномочий, — то все гражданские и мирские вопросы приходилось решать ей: устраивать текущие дела, изучать почту и прошения, а также изучать документы, составленные на латыни, что не составляло для нее труда. Байяр сообщает: «Лукреция говорила на испанском, греческом, итальянском, французском языках, на очень хорошей латыни и могла писать на всех этих языках». В трудных случаях с ней делился своими познаниями Горджо Коста, кардинал Лиссабонский, чья репутация человека порядочного, умного и, главное, независимого ставила его выше всякой критики. Между этим восьмидесятипятилетним священнослужителем и молодой женщиной завязалась дружба, которая в будущем выдержит множество испытаний.

О доверительности и искренности этих отношений свидетельствует случай, описанный Бурхардом:

Синьора Лукреция обратилась за помощью к кардиналу Лиссабонскому, тот ей ответил: «Каждый раз, когда Святой Отец, которого вы замещаете, передает дело консистории, вице-канцлер записывает мнение консультантов, поэтому я думаю, что кто-нибудь должен бы записать дискуссию». Синьора Лукреция ответила, что она прекрасно умеет писать, на что восьмидесятипятилетний кардинал, который не мог удержаться, чтобы не сострить, спросил ее: «Ubi estреппа vestra? И где же ваше перо?» («реппа» означает и «перо» и «мужской член»). Она поняла смелый намек, и кардиналы услышали ее смех, который разнесся по всему дворцу.

Если бы дочь папы обиделась, то это означало бы, что ей не хватает ума и воспитания. В начале XVI века Кастильоне и Бембо проповедовали весьма свободную манеру общения: «Придворная дама, ежели желает прослыть доброй и порядочной, не должна ни гнушаться, ни брезговать произносимыми в обществе речами, даже если они нескромные, и если она покидает собравшихся, то можно подумать, что она нарочно напускает на себя суровость».

В своих депешах послы единодушны, они одобрительно высказываются о Лукреции. Что касается феррарцев, присланных в Рим в качестве наблюдателей, то они, говорят, были изумлены при виде «этой принцессы Церкви, усыпанной золотом и драгоценными камнями, управляющей кардиналами». Они не скрыли от своего господина восхищения этой молодой женщиной, наделенной достоинствами, столь редкими для ее возраста.

Альфонсо д'Эсте это не казалось таким уж убедительным. Его сдержанное отношение к Лукреции объяснялось не столько ее незаконным происхождением, сколько бурными событиями ее жизни: дважды невеста, дважды жена и один раз вдова. Враги семейства Борджа напоминали ему: «Одной распутной женщины оказалось достаточно, чтобы испортить кровь Гераклидов и Эакидов, чтобы прервать эту прекрасную цепь поколений героев». Сопротивление Альфонсо было таково, что отец изъявил готовность самолично жениться на дочери папы. Такая перспектива показалась Альфонсо еще хуже, чем иметь ее в качестве собственной жены. Он подчинился, рассматривая этот союз как сделку исключительно политического характера, и он решил продать свое согласие по самой высокой цене.

Вероятность брака с правящим герцогом, о которой рассказал Лукреции Франческо Борджа, кардинал Козенца, польстила ей и испугала одновременно. Судя по тому, что о нем говорили, великий кондотьер не отличался мягкостью. Хотя он очень любил искусство и был меценатом, он не отличался душевной тонкостью и был знаменит во всей Италии своей страстью к наживе и, следовательно, скорее интересовался приданым своей будущей невестки, нежели ее репутацией. Узнав еще 15 марта 1499 года от Джованни Альберто делла Пинья о слухах касательно родов Лукреции, теперь он рассчитывал использовать эту дурную славу, чтобы повысить свои финансовые требования.