Каждая из боровшихся военных клик имела в Египте область своего господства. Отряды чернокожих мамлюков укрепились в Верхнем Египте, куда их загнали противники-берберы. В руках берберов в основном находился район Дельты. Тюркские наемники господствовали в Каире, где они заставили безвластного халифа аль-Мустансира выдать им огромные сокровища династии и разграбили находившуюся в столице замечательную библиотеку.

Произвол тюркских эмиров в Египте в период правления аль-Мустансира был столь невыносим, что в 1073 году халиф обратился за помощью к армянскому военачальнику Бадру альДжамали, правителю Акры, находившейся в то время в руках Фатимидов. Бадр действовал весьма решительно. В 1074 году он прибыл в Каир с собственным армянским отрядом, перебил главных тюркских эмиров и сотрудничавших с ними египетских чиновников и установил собственную диктатуру. Он получил от халифа сразу три должности: вазира, командующего войском (амир аль-джуйуш) и главы корпуса исмаилитских миссионеров (хади ад-дуат). Бадр правил страной как неограниченный властитель в течение двадцати лет, до самой смерти в 1094 году, когда его сменил аль-Афдал Шаханшах.

Бадр и его наследники держали фатимидских халифов в руках, подобно тому как шиитская династия Бувайхидов держала в руках багдадских халифов. При них в Египте установился мир и порядок. Они сумели улучшить экономическое положение страны и фактически задержали гибель Фатимидского государства почти на целое столетие.

Аль-Мустансир умер через несколько месяцев после смерти Бадра аль-Джамали, и сын Бадра, новый вазир и «амир аль-джуйуш» аль-Афдал, назначил преемником халифа не его старшего сына Низара, избранного умершим халифом в качестве наследника и признанного таковым каирскими исмаилитскими лидерами, а младшего сына аль-Мустали (1094 –1101). Это было нарушением исмаилитской традиции, согласно которой избрание своего наследника представлялось актом осуществления божественной воли и могло состояться лишь один раз. Аль-Мустали не имел в стране поддержки и оказался в полной зависимости от вазира, который поспешил закрепить свое положение регента, женив нового халифа на своей сестре. Назначение аль-Мустали халифом вызвало осуждение в исмаилитских кругах повсеместно, особенно на востоке, и явилось причиной раскола в религиозном движении, идеология которого была основой фатимидского режима. Своими действиями аль-Афдал, возможно сознательно, принес религиозную доктрину исмаилитов в жертву своим личным политическим амбициям.

Несовместимость государственных интересов Египта и исмаилитов за его пределами не раз ощущалась во времена Фатимидов, но теперь она достигла кульминации. Возводя на трон аль-Мустали, аль-Афдал отверг союз с воинственными исмаилитами Востока, а те, в свою очередь, отвергли Фатимидов в качестве духовных вождей секты. Даже те исмаилиты, которые поначалу приняли избрание аль-Мустали, позднее порвали с Фатимидами. После смерти в 1130 году сына аль-Мустали аль-Амира оставшиеся верными Фатимидам исмаилиты за пределами Египта отказались признать халифом его двоюродного брата аль-Хафиза (умер в 1149 году), но утверждали, что аль-Амир оставил маленького сына, который, по их мнению, должен был стать законным имамом. Наследники незаконного, с их точки зрения, халифа превратились в местную египетскую светскую династию, утратившую идеологическую мотивацию своего господства.

Поворот в области идеологии, происшедший в Египте при последних фатимидских халифах, имел трагические последствия для всего исмаилитского движения. Первыми раскольниками стали выступившие в самом Египте сторонники старшего сына халифа аль-Мустансира, Низара, который был отстранен от наследования власти аль-Афдалем, назначившим на пост халифа аль-Мустали. Приверженцы Низара проявляли большую активность и создали свою организацию, получившую название «Новый призыв» («ад-дава аль-джадида»), просуществовавшую до 1256 года. Основана она была иранским исмаилитом Хасан-и Саббахом, который еще в 1090 году захватил на севере Ирана в горах Дайлама крепость Аламут и сделал ее базой для операций против суннитских сельджуков.

Со временем «Новый призыв» развился в большую исмаилитскую ветвь или орден ассасинов (европейское название последователей секты от арабского «хашишин» – «употребляющие гашиш»), действовавших в Сирии и Иране. Глава, или шайх, ордена объявил себя представителем «скрытого имама». Первым «скрытым имамом», согласно учению низаритов, был объявлен внук Низара. После убийства отца и деда он был младенцем спасен низаритами и доставлен в Аламут, где Хасан-и Саббах воспитывал его в строжайшей тайне. Главари секты прервали всякие отношения с фатимидской организацией «дава» в Каире. Не имея в своем распоряжении большой военной силы, члены ордена всю свою энергию направили на политические убийства, надеясь победить своих противников с помощью террора. В числе жертв ассасинов оказался и просвещенный вазир сельджукского султана Малик-Шаха (1072 –1092) – перс Низам аль-Мульк.

С древнейших времен воинственные тюркские племена вели кочевой образ жизни и занимались скотоводством на огромных степных просторах от устья Дуная и до Алтая. Подобно тому как это было в VI – VII веках у бедуинов Аравийского полуострова, со второй половины X века у тюркских кочевников начался процесс разложения родоплеменного строя и стала выделяться военно-феодальная знать, мечтавшая о расширении своих владений. Примерно в это же время тюркские кочевники восприняли ислам и тем самым получили мотивацию для новых завоеваний. Начали складываться объединения тюркских племен, обитавших в степных районах Средней Азии. Одно из таких племенных объединений, возглавляемое династией Караханидов, воспользовалось упадком государства Саманидов и в 992 году захватило Бухару и прилегающие районы Средней Азии.

В середине X века к северу от Каспийского и Аральского морей в Северо-Западном Иране появилось другое объединение тюркских племен, именуемое огузами. Его возглавляло семейство Сельджука. Впоследствии имя династии – Сельджуки или Сельджукиды – распространилось на все объединенные ею племена. Сельджукские племена стали просачиваться в области исламского мира, прежде всего в Хорезм и Мавераннахр. Главной целью сельджукской знати стало распространение своей власти на оседлое земледельческое население соседних областей.

Расширению экспансии тюркских племен косвенно способствовали иранские саманидские правители. Еще в середине X века при дворе Саманидов видную роль играл военачальник саманидского войска в Хорасане Алп-Тегин, возглавлявший придворную тюркскую гвардию гуламов. Рост его влияния при слабеющих правителях и попытки вмешиваться в придворные интриги стали причиной опалы Алп-Тегина, и он вынужден был уйти со своими гуламами в Газну (Восточный Афганистан), где основал независимое княжество.

Алп-Тегин правил в Газне полтора десятилетия, после чего к власти пришел другой гуламский лидер, Себюк-Теги. Формально оставаясь наместником Саманидов, Себюк-Тегин, как и его предшественник, фактически был полным хозяином в своих владениях и считается основателем династии Газневидов. Возвышение этой династии и выход ее на мировую арену связаны с именем сына Себюк-Тегина, знаменитого султана Махмуда Газневи. Воспользовавшись тем, что находившемуся в состоянии политической неустойчивости государству Саманидов был нанесен удар Караханидами, Махмуд Газневи захватил земли Саманидов к югу и западу от Амударьи. В 1017 году он завоевал Хорасан, а в 1029 году – иранские владения Бувайхидов: Рей, Казвин, Хамадан и Исфахан. На севере он установил границу с владениями своих соперников Караханидов по Амударье и овладел Хорезмом. Империя Махмуда ко времени его смерти представляла собой обширное государство, равное по своему могуществу Аббасидскому халифату в период его расцвета. Однако государство Махмуда Газневи стало могущественным главным образом благодаря личности самого султана, а при его сыне Масуде империя начала приходить в упадок, и вскоре тюрки-сельджуки, воспользовавшись этим, нанесли Газневидам сокрушительный удар.