Нуждаясь в опытных чиновниках, сельджукские завоеватели, так же как и их предшественники арабские завоеватели в прошлом, привлекали на государственную службу образованных людей из иранской интеллигенции. Самой яркой фигурой среди чиновничьей знати был знаменитый вазир султанов Алп-Арслана и Малик-Шаха – Абу Али аль-Хасан ат-Туси, известный под именем Низам аль-Мульк (умер в 1092 году). Низам аль-Мульк стремился к созданию централизованного государства, образцом которого считал государства Аббасидов, Саманидов и Газневидов в пору их расцвета. Свои политические взгляды он изложил в сочинении «Книга о правлении» («Сийасет-наме»), где рекомендовал султанам иметь большое войско, пригодное для подавления мятежей непокорных эмиров в провинциях и феодальных смут. Особую вражду он испытывал к шиитам-исмаилитам и к противостоявшему сельджукам Фатимидскому государству.

Столь быстрые успехи Сельджукидов в завоеваниях в известной степени были связаны с их последовательной поддержкой суннизма. Они всячески обласкивали суннитское духовенство и дервишских шейхов. Для укрепления традиционной исламской идеологии Низам аль-Мульк создал специальное учебное заведение – медресе, получившее по имени своего основателя наименование «Низамийа», в котором готовили теологов, способных защитить суннитскую доктрину. Позднее по образцу «Низамийа» стали создаваться аналогичные учебные заведения и в других областях исламского мира.

Изначально Сельджукиды рассматривали свою империю как собственность единой семьи, а не отдельных членов рода. На практике же со временем сельджукский режим обретал все более монархическо-абсолютистский характер, и глава всего тюркского клана превратился в единовластного султана, переняв у аббасидских халифов деспотические методы управления. Формально считая себя военачальниками Аббасидов, сельджукидские султаны захватили власть, которой беспрекословно должны были подчиняться все тюрки-завоеватели. В период сельджукских завоеваний такое единоначалие мотивировалось и оправдывалось общностью цели всех участников походов. Но по мере упрочения власти Великих Сельджуков центробежные тенденции в государстве стали усиливаться. Возникло противоречие между стремлением к централизации управления со стороны султана и исконной сельджукской традицией управлять государством всем кланом, а не при посредстве одного сильного правителя. Каждый член разросшейся сельджукидской династии считал себя вправе иметь в общем государстве собственный удел, на который бы лишь частично распространялась власть султана. С конца XI века сельджукская знать более не была заинтересована в сильной центральной власти и стала проявлять сепаратистские тенденции.

В последние десятилетия XI века в государстве Великих Сельджуков наблюдалось все большее ослабление авторитета центральной власти. Не подчинявшиеся никакой дисциплине члены династии и эмиры-военачальники, правившие в различных областях империи, выходили из повиновения султану. Хотя Низам аль-Мульк прилагал все старания, чтобы сохранить управление в своих руках, подчас действуя даже вопреки воле самого султана, чьим опекуном и воспитателем он был в прошлом, его усилий часто оказывалось недостаточно, чтобы сохранить единство государства. Все его попытки заменить федерацию членов рода централизованным абсолютизмом по образцу сасанидской модели терпели неудачу из-за слабости центральной администрации и недостатка материальных ресурсов. Экономически могущественные области исламского мира (Центральная Азия и Египет) находились за пределами сельджукской державы, а центральные области государства (Ирак и Сирия) испытывали большие экономические трудности.

Ослабление контроля Сельджукидов над Сирией имело своим последствием стремление больших и малых городов страны к независимости, причем это движение обычно возглавлялось богатой городской аристократией, которая в таких больших городах, как Дамаск и Алеппо, не претендовала на формальную независимость от сельджукского султана, но готова была сотрудничать с ним через городских глав (раисов), имевших в своем распоряжении местную полицию (ахдас). Такого рода местное самоуправление сложилось в этих городах еще в X – XI веках и позволяло им пользоваться полнейшей автономией.

Пережитком сельджукской концепции семейного суверенитета был обычай дарования вотчины в пограничных провинциях сыновьям и родственникам султана, получавшим титул «малик» (царь). Так, брат Малик-Шаха Тутуш считал себя вправе претендовать на особый удел, и, завоевав по приказу султана Центральную и Южную Сирию со столицей в Дамаске, он не только удержал эту область в своих руках, но даже назначил одного из своих приближенных по имени Ар– тук правителем Иерусалима в качестве своего вассала. Бессильному Малик-Шаху ничего не оставалось, кроме как передать Тутушу захваченные земли в дар как вотчину. Позднее, после смерти Малик-Шаха, Тутуш даже пытался захватить власть в султанате, но потерпел поражение в 1095 году в сражении с войском султана Беркийарука (1094 –1105). После смерти Тутуша в 1095 году его владения были поделены между его сыновьями – Ридваном, правившим в Алеппо, и Дукаком, правителем Дамаска. Они продолжали носить титулы «маликов» и, номинально оставаясь вассалами султана Великих Сельджуков, при слабых преемниках Малик-Шаха фактически обрели полную независимость.

Особую роль в судьбах провинций сельджукской империи играл специфический для сельджукского государства институт атабегов. Изначально сельджукские завоевания носили характер миграции на запад тюрков-огузов, но, когда завоевания были завершены, султан, будучи правителем обширной империи, ощутил необходимость в создании дисциплинированного, лично ему преданного войска, способного держать под контролем самих огузов. Войско это комплектовалось из рабов-мамлюков, привозимых из Центральной Азии. Пребывавших в язычестве тюрков обращали в ислам, обучали военному делу и, включив в придворную гвардию, предоставляли им свободу. Двигаясь по служебной военной лестнице, эти бывшие рабы могли достичь должностей эмиров, правителей в провинциях и высокопоставленных придворных. Должность атабега была для мамлюков одной из самых заманчивых. Слово «атабег» имело чисто тюркское происхождение. Оно происходило от соединения двух слов «ата» (отец) и «бег» или «бек» (военачальник). Атабегов на первых порах приставляли в качестве воспитателей-дядек и наставников к юным сельджукским принцам-наследникам. Если подопечный атабега получал вотчину или назначение наместником провинции, атабег становился его регентом и, по сути, обретал власть над его владениями.

Так, после смерти в 1104 году Дукака его бывший воспитатель (атабег) Тугтегин продолжал править Дамаском в качестве атабега его малолетнего сына, а после смерти ребенка он правил городом уже как независимый властелин до самой смерти в 1128 году. После смерти Тугтегина власть над Дамаском перешла в руки его сына – Бури, основавшего целую династию правителей города – Буридов (1104 –1146). Брат Дукака Ридван властвовал в Алеппо и Химсе, но, когда в 1097 году он рассорился со своим атабегом Джанахом ад-Даула, тот захватил Химс и стал независимым правителем этого города.

Не менее успешно боролись за независимость и те сирийские города, которые находились под властью Фатимидов. Так, в 1070 году добились независимости Тир и Триполи, правителями которых стали шиитские кади, а позднее власть над Триполи захватили шейхи бедуинского племени бану аммар. В результате ко времени начала Крестовых походов Сирия представляла собой калейдоскоп мелких владений городских правителей, эмиров-военачальников и бедуинских шейхов, находившихся в состоянии непрерывных конфликтов друг с другом.