Первые Фатимиды проявляли по отношению к общинам пребывавших под покровительством ислама религий поразительную для таких завзятых фанатиков-сектантов терпимость. Вероятно, тут играл известную роль рационалистический характер учения исмаилитов и их вера в логическую доказуемость проповедуемых ими религиозных истин, позволявшая им допускать открытые диспуты с иноверцами. Следуя примеру Ихшидидов, Фатимиды после завоевания Египта оставили на своих постах всех чиновников, в подавляющем большинстве христиан. Они держали при дворе лейб-медиков – иудеев и не вынуждали их переходить в ислам, а мусульманин из иудеев Ибн Киллис при аль-Муиззе и аль-Азизе управлял всей экономической жизнью Египта.

При халифе аль-Азизе дружелюбное отношение к иноверцам выразилось еще и в том, что у него были зятья из христианского духовенства, а своим вазиром халиф сделал христианина Ису, который, в свою очередь, назначил своим помощником в Сирии иудея Манассия. Правда, позднее, под давлением фанатичных клерикалов, халиф вынужден был их отстранить от должности. В 996 году халиф приказал снарядить флот для войны с совершавшими морские набеги на египетское побережье византийцами, но флот сгорел во время строительства еще в верфях, и народ заподозрил в поджоге находившихся в портовых городах греческих купцов. Начались погромы, во время которых фанатики убивали не только иноземцев, но и местных христиан, грабили церкви, а местный несторианский епископ был смертельно ранен. Но фатимидские власти навели порядок, десятки грабителей и убийц были схвачены, каждый третий из них казнен.

В 996 году халифом стал одиннадцатилетний аль-Хаким (996 –1021). Это был эксцентричный, по-видимому психически не вполне здоровый человек, и время его двадцатипятилетнего правления отмечено упадком авторитета халифской власти. Под влиянием событий, предшествовавших его вступлению на трон, он и его ближайшие советники круто изменили отношение к иноверцам, и от былой терпимости не осталось и следа. При аль-Хакиме с 1003 года начались погромы церквей, которые сносили и на освободившемся месте строили мечети. Запрещены были публичные христианские празднества, а в 1009 году храм Гроба Господня в Иерусалиме и большой монастырь аль-Кусайр на горе аль-Мукаттам в Каире были разрушены и осквернены могилы на христианских кладбищах. В отношении одежды иноверцев были восстановлены правила, обязывавшие носить христиан на шее тяжелые деревянные кресты, а иудеев – тяжелые шары. Тем не менее чиновниками и врачами по-прежнему были христиане и иудеи, и, хотя многие знатные христиане переходили в ислам, в провинциях Египта христиане в основном сохраняли верность своей религии.

В 1021 году халиф аль-Хаким исчез при таинственных обстоятельствах. Ходили слухи, что он был убит не без участия собственной сестры Ситт аль-Мульк, которая стала после его исчезновения опекуншей малолетнего халифа, сына аль-Хакима – аз-Захира (1021 –1036), и фактической правительницей Египта. В 1027 году Ситт аль-Мульк умерла, и власть перешла в руки вазира Абу-ль-Касима аль-Джарджараи, правившего страной до 1045 года. Традиция опекунского правления укоренилась в фатимидском Египте, и после смерти аз-Захира и вступления на трон нового молодого халифа альМустансира (1035 –1094) Египтом фактически стала управлять его мать, в прошлом суданская рабыня. Весь XI век после исчезновения аль-Хакима отмечен смутами, борьбой за власть военных клик и начавшимся политическим и экономическим упадком Фатимидской империи.

При халифе аз-Захире у Фатимидов появились в Сирии новые противники. Ослабление власти Хамданидов на севере привело к тому, что бедуинское племя во главе с Салихом ибн Мирдасом в 1023 году захватило Алеппо и основало династию Мирдасидов, которая, в свою очередь, уступила власть другой бедуинской династии – Укайлидам из Мосула. Даже на юге страны господство Фатимидов было поколеблено противодействием местных династий, которые то в союзе с бедуинами севера, то даже при поддержке византийцев добивались самостоятельности. Во времена правления альМустансира власть Фатимидов над Сирией становилась все более эфемерной и была совсем утрачена с появлением тюрков-сельджуков на востоке. Как раз в это время крестоносцы вторглись в Сирию с севера. Правда, фатимидский «амир альджуйуш» аль-Афдал, воспользовавшись отсутствием в стране центральной власти, в 1098 году на короткий срок захватил Иерусалим. Однако потерянные Фатимидами районы Сирии более к ним не возвращались.

Постепенно Фатимиды утратили и область, в которой возникла их династия, – Северную Африку. Еще во второй половине X века в Ифрикии и Восточном Алжире захватила власть берберская династия Зиридов (972 –1148), основоположник которой Йусуф ибн Зири за поддержку, оказанную им Фатимидам в момент их воцарения, был назначен наместником Ифрикии со столицей в Кайраване. Но в трудное для Фатимидов время Зириды перешли на сторону Аббасидов, и Северная Африка перестала подчиняться каирским халифам.

Даже Хиджаз, находившийся формально под фатимидской властью и имевший столь большое значение для религиозного авторитета Фатимидов, в конце XI века управлялся местной династией, претендовавшей на происхождение от пророка Мухаммада, и обрел фактически полную независимость. Пришел конец авторитету Фатимидов и за пределами их былых владений. На востоке Халифата знаменитый Махмуд Газневи принял суннизм и стал оказывать всяческую поддержку багдадскому халифу. Захватившая власть в Ираке шиитская династия Бувайхидов, которых Фатимиды всячески пытались склонить на свою сторону, продемонстрировала верность «истинному» алидскому имаму и отказала Фатимидам в помощи.

В XI веке Египет начинает испытывать значительные экономические трудности, от былого процветания не остается и следа. Сокращается внешняя торговля, ирригационные системы приходят в упадок, пустеет казна. Вдобавок на протяжении одного столетия на Египет несколько раз обрушиваются страшный недород и голод. В 1023 и 1025 годах голод уносит тысячи жизней, а в 1065 и 1072 годах голод принимает такие масштабы, что, по сообщению историка аль-Макризи (1364 –1442), в стране отмечались случаи людоедства.

Подобно тому как Аббасиды в X веке оказались в зависимости от различных военных клик, затем подпали под власть Бувайхидов, а с середины XI века – тюркской династии Сельджуков, правивших страной от имени халифа, Фатимиды в XI веке также оказались заложниками переставшей им подчиняться армии. На раннем этапе фатимидского господства основу их армии составляли воинственные североафриканские берберские племена, которые, подобно хорасанскому войску при ранних Аббасидах, были их главной опорой. Однако со временем Фатимиды стали привлекать в свое войско обученных военному искусству рабов-мамлюков европейского и восточного происхождения: греков, славян, итальянцев, а во время правления аль-Азиза были сформированы части из тюркских мамлюков. Позднее появились части и из чернокожих рабов, нубийцев и суданцев, которых Фатимиды, подобно Ихшидидам, ввозили из Африки.

Борьба разных военных клик в разнородном войске началась еще при не вполне дееспособном халифе аль-Хакиме, а после его смерти, при его преемниках, слабых правителях, этнические столкновения привели к полнейшей анархии в армии. Образовались две соперничавших между собой военных группировки: восточная (машрикия) и западная (магрибия). По мере ослабления контроля гражданской власти над вооруженными отрядами борьба между кликами принимала все более ожесточенный характер. Сначала суданцы поддерживали тюрков в их борьбе с берберами, которые потерпели поражение, а позднее, когда Северная Африка вышла из подчинения Фатимидам, берберские части утратили в армии сколько-нибудь серьезное значение. Теперь борьба разгорелась между тюрками и суданцами, и тюрки вышли из нее победителями.