Примечательным в организации Люфтваффе было то, что все, имевшее отношение к ВВС, включая зенитную артиллерию и гражданскую противовоздушную оборону, было подчинено Министерству авиации. Такая унификация имела ряд преимуществ — во Франции, к примеру, зенитная артиллерия была подчинена армейскому руководству, гражданская оборона — МВД: такое разделение могло породить только борьбу за компетенции и неразбериху. Единственным недостатком системы организации Люфтваффе было разделение компетенций генерального штаба Люфтваффе и Министерства воздушного флота. Первый начальник генерального штаба Люфтваффе Вальтер Вефер планировал значительное превосходство своего ведомства над министерством, но Геринг и его статс-секретарь Мильх сильно потеснили преемников Вефера Кессельринга и Штумпфа. Постепенно генштаб Люфтваффе утерял контроль не только над конструированием и производством самолетов, но и над кадровой политикой. Геринг хотел создать систему борьбы компетенций и с этой целью в 1938 г. против воли Штумпфа создал пост генерального инспектора Люфтваффе, который был приравнен к посту начальника генштаба Люфтваффе. В его компетенции входили контроль над качеством самолетов и подготовка пилотов. Вефер вообще планировал подчинение общему Генштабу и Люфтваффе тоже, но Геринг рассматривал это как покушение на свои компетенции. После гибели Вефера и отставки Бломберга вермахт потерял главных сторонников общего Генштаба. ОКВ, по существу, было маленьким личным штабом Гитлера, в котором из 358 офицеров в 1942 г. только один принадлежал к Люфтваффе. Иными словами, в Германии не было единого армейского штаба, как в других воюющих странах.

Вместе с тем, как ни странно, такая децентрализация ничуть не мешала взаимодействию Люфтваффе с сухопутными силами: одной из примечательных особенностей Люфтваффе была его постоянная нацеленность на оперативное сотрудничество с армией и флотом, в отличие, например, от США, где руководство ВВС всячески препятствовало такому сотрудничеству. Вальтер Вефер настоял на подготовке специальных офицеров связи и координации действий сухопутных войск и Люфтваффе. В 1940 г. во Франции удивительная оперативность, быстрота, своевременность, точность и мощь налетов Люфтваффе на вражеские боевые порядки произвела на союзников огромное впечатление и во многом предопределила победу вермахта на Западе.

В ходе дальнейших боевых действий немцы развили особую тактику сведения в корпуса различных соединений ВВС; этими корпусами руководили опытные и подготовленные офицеры. Вероятно, самым лучшим знатоком тактики использования авиации в годы Второй мировой войны был фельдмаршал Вольфрам фон Рихтхофен. Уже в 1941 г. он посылал в танках на передовую линию фронта опытных пилотов пикирующих бомбардировщиков в качестве координаторов действий Люфтваффе и наземных сил. Это было тактическое новшество, перенятое англичанами и американцами лишь два года спустя. Люфтваффе смогли доказать свою готовность сотрудничать с пехотой на тактическом уровне, сами предлагая свои услуги и великолепно ориентируясь в своих возможностях и в потребностях пехоты. Ярким подтверждением тому было то, что на Курском выступе родилась противотанковая эскадрилья Руделя — «штуки», вооруженные 37-мм противотанковой пушкой. Вместе с новыми бронированными двухмоторными самолетами «Хеншель» Hs-129 они с удивительной эффективностью вмешивались в танковые сражения. Пилот «штуки» с подвешенной противотанковой пушкой атаковал танковую колонну сзади или сбоку. Приблизительно в 15 метрах пилот выходил из пике, выпустив снаряд по танку. Через мгновение самолет снова заходил на стрельбу, имея возможность выбрать для выстрела наиболее уязвимые места танка. Правда, сам Рудель в своих мемуарах писал, что успешно использовать такую тактику, вследствие ее сложности, могли немногие летчики.

Другим примером эффективного взаимодействия с сухопутными войсками была воздушная разведка. Немецкий самолет-разведчик «Фокке-Вульф-189» («рама») вместе с самолетом «Хеншель-126» («костыль») ненавидели все советские фронтовики — это были фронтовые разведчики и корректировщики артиллерийского огня. В советских войсках авиацию вовсе не использовали для корректировки артиллерийского огня — это была очень большая ошибка. По сравнению с огромным парком самолетов, который построили немцы, самолетов-разведчиков и корректировщиков было построено очень мало: «рамы» — 846 машин, а «костыля» — 510, но эффект от их применения был поразительным.

В ходе войны за первоначальными успехами Люфтваффе последовали и крупные неудачи. Значительную долю ответственности за снижение качества Люфтваффе в 1939–1943 гг. нес начальник генштаба Люфтваффе генерал Ганс Ешоннек, который во всем поддакивал Герингу. Несмотря на то что Люфтваффе к 1942 г. достигли прежней формы, англо-американское и советское производство самолетов уже набрало обороты, началась «бомбовая война» союзников (bombing war). В 1943 г. в Люфтваффе отправляли в бой летчиков со 160 часами полетов, в 1944 г. — со 100 часами, и они должны были воевать с английскими и американскими летчиками, имевшими за плечами 400 часов полетов. Командующий немецкой истребительной авиацией генерал Адольф Галланд отмечал, что с 1944 г. процент молодых и неопытных летчиков, сбитых до того, как они достигли своего десятого боевого вылета, стал составлять 50%. С конца 1944 г. немецких летчиков-истребителей посылали на фронт со 150 часами налета, а у американских летчиков эта цифра была в три раза выше.

Ешоннек покончил с собой 18 августа 1943 г., взяв на себя вину за сталинградский провал Люфтваффе. Его заменил Гюнтер Кортен, который планировал создание соединения самолетов из 300 бомбардировщиков для разрушения советской промышленности на Урале — это указывало на полную потерю чувства реальности: к моменту высадки союзников, 6 июня 1944 г., у Люфтваффе на Западе было 100 самолетов… Гитлер долго терпел и только в августе 1944 г., в присутствии Йодля и Гудериана, обрушился на Геринга с бранью: «Геринг! Военно-воздушные силы никуда не годятся. Они недостойны того, чтобы их называли самостоятельным родом войск. В этом виноваты вы. Вы — лентяй!». Выслушав это, рейхсмаршал пустил слезу.

С 1942 г. к английским «Ланкастерам» присоединились американские В-17 («летающие крепости») — немецкая истребительная авиация активно противодействовала налетам вражеских бомбардировщиков, и потери союзнической авиации порой приближались к роковым 10%; только В-17 в годы Второй мировой войны было сбито около 22 000 (экипаж этого самолета насчитывал 10 человек, то есть погибло или попало в плен 220 000 летчиков). Однако все усилия асов Люфтваффе были тщетны по той причине, что Германия в 1943 г. произвела 43 000 самолетов (в 1942 г. — 26 000), а союзники соответственно 151 000 и 100 000. Трудно поверить, но на авиазаводе фирмы Форд в Детройте за 108 минут делали один бомбардировщик: за такими масштабами производства немцы не могли поспеть. На Восточном фронте преимущество советской авиации было еще более впечатляющим: наши летчики имели возможность «охотиться» даже на отдельные автомашины и одиноких солдат на дорогах.

В контрасте с численным составом и технической оснащенностью Люфтваффе во второй половине войны находились боевые достижения летчиков: если составлять список лучших летчиков-истребителей Второй мировой войны, то в этом списке будут одни немецкие асы, в отличие от Первой мировой войны, когда самым результативным асом хоть и был немецкий летчик — «красный барон» (его «Фоккер» был красного цвета) Манфред Рихтхофен (его в самом конце войны сбил молодой английский летчик, у которого было всего 59 боевых вылетов), но французы (Рене Фонк был вторым асом), русские (Евграф Крутень), англичане и австрийцы тоже фигурировали в первой десятке. В воздушных боях Первой мировой войны было сбито около 10 тысяч самолетов — считается, что 5 тысяч сбили асы.