Тело командира выбросили за борт и на шканцы вызвали лейтенанта Тона. Матюшенко потребовал, чтобы он снял погоны. Тот ответил: «Дурак, не ты их мне надел, не тебе их с меня и снимать». Матюшенко ткнул Тона в погоны: «Напились крови, а вот и вам пришел конец». С этими словами он отступил на несколько шагов и выстрелил в лейтенанта. Упав навзничь, Тон пытался достать револьвер, но стоявшие рядом бунтовщики сделали по нему еще несколько выстрелов. Добив лейтенанта ружейным прикладом, Матюшенко выбросил тело за борт. После этого начался грабеж офицерских кают и расхищение вещей убитых матросов. Из кают-компании бунтовщики вывели мичмана Бахтина, избили его и в бессознательном состоянии кинули в лазарет. Судового священника Пармена один из бунтовщиков ударил прикладом по лицу. Раненный в живот врач Смирнов добрался до своей каюты и лег на койку. Фельдшер Бринк пытался оказать ему помощь, но его выгнали. Матюшенко спросил Смирнова: «Ну что, мясо-то хорошее было? Вот мы тебя на котлеты изрубим». Затем бунтовщики вынесли Смирнова на верхнюю палубу и с криком: «Раз, два, три» — выбросили еще живого за борт. Остальные офицеры и кондукторы были связаны и отведены в кают-компанию.

После этого бунтовщики назначили прапорщика Алексеева командиром броненосца, кондуктора Мурзака — старшим офицером, кондуктора Шопоренко — артиллерийским офицером, квартирмейстеров Волгина и Коровенского — вахтенными начальниками.

Все, происшедшее на «Потемкине», заметил вахтенный стоявшего у «Потемкина» за кормой миноносца. Он немедленно доложил командиру Клодту, что на броненосце происходит бунт. Выйдя наверх и убедившись в правильности доклада, лейтенант Клодт решил сняться с якоря и уйти от броненосца. Но выбрать якорь не удалось: по миноносцу стали стрелять с броненосца из винтовок, а потом из 47—75-мм орудии. Лейтенант Клодт, не желая подвергать миноносец обстрелу, отправился на броненосец. Здесь он увидел новоиспеченного командира Алексеева и толпу матросов, которые предложили ему исполнять обязанности старшего офицера. Клодт решительно отказался. Тогда с него сорвали погоны и связали. В версии советских историков эти события были представлены по-иному: якобы команда миноносца примкнула к бунтовщикам. На самом деле миноносец был попросту захвачен и действовал под прицелом направленных на него орудий броненосца.

Отобедав борщом из того же самого якобы червивого мяса и отмыв палубу от крови, главари бунта решили идти в Одессу для пополнения запасов угля и провизии. На этом переходе мятежники выбрали из своей среды комиссию, которая должна была управлять всеми судовыми делами и распоряжаться судовой кассой, в которой оказалось 21 391 р. 50 1/2 копейки казенных денег и 683 р. 87 коп., принадлежавших Харкевичу, прикомандированному к броненосцу на время артиллерийских испытаний.

Вечером 14 июня броненосец в сопровождении миноносца пришел в Одессу и стал на внешнем рейде. На другой день в 6 часов утра вооруженная команда свезла на берег труп Вакуленчука. Он лежал на Новом молу с запиской на груди. «Г.г. одесситы, перед вами лежит труп зверски убитого старшим офицером броненосца «Князь Потемкин-Таврический» матроса Вакуленчука, за то, что он осмелился заявить, что борщ никуда не годится. Товарищи, осеним себя крестным знамением и постоим за себя. Смерть угнетателям, смерть вампирам, да здравствует свобода… Команда броненосца «Князь Потемкин-Таврический».

Попытки властей вступить в переговоры с бунтовщиками ничего не дали.

Около 10 часов утра миноносец, сопровождаемый паровым катером с вооруженными матросами, захватил у набережной Новой гавани груженный углем купеческий пароход «Эмеранс», с которого на броненосец было перегружено 15 тысяч пудов угля. В этот же день с утра на броненосец повалила публика: его буквально осаждали лодки, на которых преобладали лица в студенческой форме. Посетители произносили противоправительственные речи, стараясь еще больше разжечь мятежное настроение команды. В числе посторонних штатских лиц поднялись на борт члены социал-демократической партии Бунда: Абрам Березовский под кличкой «Кирилл», Константин Фельдман, назвавшийся студентом «Ивановым», и Плесков, представившийся «Афанасием». Переодевшись в матросскую форму, они остались на броненосце. «Афанасий» вскоре сошел на берег и на броненосец не вернулся.

Около 6 часов вечера на рейд из Николаева пришло судно «Веха». Став на якорь, командир «Вехи» полковник корпуса флотских штурманов Эйхеп, ничего не подозревая, направился на броненосец с рапортом. Едва он поднялся на палубу «Потемкина», как был окружен вооруженными бунтовщиками, которые отняли у него саблю, сорвали погоны, связали и отвели в адмиральское помещение. Затем на броненосец доставили всех офицеров «Вехи» и судовую кассу — 1400 руб. казенных денег. Главари хотели учинить расправу над офицерами, но большинство команды этому воспротивилось. Около 9 часов вечера того же 15 июня офицеры «Вехи» съехали на частных лодках на берег, а утром 16 июня были освобождены и офицеры «Потемкина». Бунтовщики не отпустили лишь офицеров, нужных для управления кораблем: прапорщика Алексеева, поручика Коваленко, подпоручика Калюжного и лекаря Головенко. В это же время освободили и кондукторов, которым под страхом смерти запретили вмешиваться в дела комиссии. На «Веху» с «Потемкина» перевезли двенадцать больных и раненых матросов.

16 июня во время похорон Вакуленчука улицы, ведущие к порту, были заняты войсками. Участвовавшие в похоронах двадцать потемкинцев были задержаны и арестованы.

Фельдман при помощи Матюшенко собрал команду и объявил: на берегу восстание против правительства; армия готова к нему присоединиться и ожидает только сигнала с «Потемкина». Таким сигналом должна стать бомбардировка Одессы из всех орудий броненосца. То же самое говорили и «Кирилл» с Матюшенко. Они уговорили команду, которая решила обстрелять дом командующего войсками и городской театр, где, по утверждению «Кирилла», заседали городские власти. Снявшись с якоря и отойдя на некоторое расстояние, броненосец открыл огонь, сделав три холостых и два боевых выстрела, один из них — разрывным снарядом. После этого броненосец стал на якорь на прежнем месте.

17 июня в 12 часов дня к Одессе подошла эскадра под командованием вице-адмирала Кригера в составе 5 броненосцев и 6 миноносцев. «Потемкин» снялся с якоря и в полной боевой готовности пошел навстречу эскадре. Не исполняя сигналов адмирала и продолжая идти полным ходом, «Потемкин» прорезал строй эскадры. При расхождении потемкинцы кричали «ура». В ответ раздались приветственные крики с броненосца «Георгий Победоносец». Повернув на 16 румбов, эскадра пошла за «Потемкиным», который, заметив этот маневр, повернул обратно и, снова пройдя строй эскадры, пошел к Одессе. В это время на «Георгии Победоносце» тоже вспыхнул мятеж; команда, завладев кораблем, вывела его из строя эскадры.

После ухода эскадры к «Георгию Победоносцу» подошел миноносец № 267, с которого на палубу броненосца поднялись вооруженные матросы и с ними «Кирилл» Березовский, Фельдман и Матюшенко. В своих речах они убеждали команду «Георгия Победоносца» присоединиться к «Потемкину» и арестовать всех офицеров. Но большая часть команды «Георгия Победоносца» отказалась перейти на сторону бунтовщиков. Броненосец снялся с якоря и двинулся в море для следования в Севастополь. На мачте «Потемкина» взвился сигнал: «Буду стрелять». «Георгий Победоносец» повернул обратно и, пройдя мимо «Потемкина», полным ходом пошел на Одессу. Пленница «Потемкина», «Веха», воспользовавшись темнотой, ускользнула в Очаков, а оттуда в Николаев.