Мудрость и архитектурный гений Имхотепа почитались на протяжении двух тысячелетий, что было величайшей редкостью для египтянина нецарского происхождения. Позднее он считался покровителем медицины, астрономии и искусства, отождествлялся с Тотом и Пта.

Как уже упоминалось, греки соотнесли Имхотепа со своим богом медицины Асклепием. Культ этого синкретического божества, дарующего исцеление телу и душе, процветал в Саккаре в знаменитом Асклепийоне. Многочисленные паломники оставляли здесь в качестве приношений мумифицированных ибисов с написанным на них именем Имхотепа, которые затем погребались в расположенном неподалеку огромном лабиринте подземных катакомб. Страждущие также приносили в храм глиняные модели больных органов и частей тела в надежде, что они будут исцелены Имхотепом. Бронзовые статуэтки божественного мудреца, получившие широкое распространение в Египте Позднего времени, изображали его сидящим и держащим на коленях развернутый свиток папируса. Священные катакомбы Асклепийона в Саккаре простираются под некрополем третьей династии, и это привело археолога У. Эмери к предположению, что где-то поблизости должно находиться и погребение самого Имхотепа. Несмотря на долгие годы поисков, гробница мудреца так и не была найдена.

В Позднее время образ архитектора-целителя приобрел столь большую популярность по всей стране, что помимо своего исконного культового центра в Саккаре он почитался вместе с другим обожествленным мудрецом — Аменхотепом, сыном Хапу, — и далеко на юге, в Фивах, в древнем храме царицы Хатшепсут в Дейр эль-Бахри, в храме Хатор и Маат в Дейр эль-Мединэ, в Карнаке, на острове Исиды Филе.

Древние египтяне, согласно свидетельствам Геродота, были весьма богобоязненным и религиозным народом, одним из самых богобоязненных в древнем мире. Жрецы — хранители священных традиций — сыграли огромную роль в истории и культуре Древнего Египта. Об этом свидетельствует неоспоримый факт: ни одна цивилизация не просуществовала так долго, как древнеегипетская. Изучая жречество Египта более углубленно, египтологи соглашаются, что оно играло основную роль в формировании и процветании государства, развитии духовного здоровья нации, сохранении исторических и культурных ценностей.

Жрецы не подавляли волю народа религией, не запугивали, как утверждают сторонники идей марксизма и научного атеизма, — религия в Древнем Египте была залогом общественного развития и совершенствования. Отдельные группы жрецов выполняли определенные обязанности, они были не только хранителями священных тайн, но и светскими администраторами. Учеба для получения священного сана была серьезной и трудной. Если судить по карьере верховного жреца Бакенхонса, в эпоху Рамзеса II Великого (XIII век до н. э.) обучение начиналось, когда ребенку было четыре года, а заканчивалось к двадцати годам. Священнослужители высших санов удостаивались титула Ур — «высокий, возвышенный». Например, главный врач-жрец в Саисе носил титул Ур Сену; высший жрец в Иуну назывался Ур Маа — «великий провидец»; высшая жрица в Иуну носила имя Ур-т Текхент, а жрица в Бубастисе — Ур-т Ра.

Отдельной группой жрецов являлись служители Пер Нетер — «служители храма». Заведующим имуществом храма был жрец Мер, в обязанности которого входили: учет храмового имущества, контроль за возделыванием храмовых полей, снабжение продуктами, а также подготовка всего необходимого для службы. Особую позицию занимали жрецы Кхер Хеб — они выполняли обязанности писцов и были хранителями священных книг. Они отвечали за копирование и сохранность свитков храмовой библиотеки. Кхер Хеб также почитались как хранители слов силы и их правильного произношения. Как отмечает Геродот, для древних египтян важную роль играла чистота — не только души, но и тела. «Чтобы служить богу, нужно быть чистым» — говорили во времена фараонов. Согласно традициям, все служители храма были обязаны совершать четыре омовения в сутки — утром, в полдень, вечером и в полночь. Жрец Уаб — что переводится как «чистоплотный» — отвечал за очищение храма. В период работы в храме он не мог быть женат. Уаб следил за чистотой помещений, одежды и своевременной подачей воды. В его обязанности также входило окроплять входящих в храм водой. Функции священника и проповедника выполнял Хем Нетер — «слуга бога» или «пророк бога». Он проводил храмовые службы и читал проповеди, напоминая верующим о религиозных заповедях и божественных законах. В древнеегипетском храме во время храмовой молитвы звучало песнопение, называемое Каи. Молитва у египтян называлась Кекх — «обращаться к богу», а размышления о духовном называли Уаа, что можно перевести как «советоваться с сердцем».

Помимо посвященных жрецов служителями Пер Нетер были мирские граждане, работу которых жрецы высоко ценили. Например, Хем Анкхиу, «жрецы живущих», решали при храме судебные тяжбы и давали житейские советы мирянам. Среди прислуживающих жрецам особую роль занимали Тхаи Шебет — «носители жезлов» и Ахаи-т — «носительницы систров», которые присутствовали на службах. Отдельным классом мирских служителей храма были Сау — «смотрители», которые исполняли роль охраны. Стоя на посту, они были обязаны читать священные тексты — таким образом храм охранялся не только физической силой, но и духовно.