Тогда Саладин прибыл под стены Иерусалима, который намеревался захватить в первую очередь. Но Бальан д'Ибелен добрался до города в первых днях июля и установил там, как супруг Марии Комниной (вдовы Амори I), временное правительство. Он собрал войско, посвятив в рыцари шестьдесят горожан и юных аристократов; он также стал чеканить, с помощью церковной казны, монету, позволившую ему наполнить королевскую сокровищницу — вне всякого сомнения, малый обол из низкопробного серебра, без имени государя, а лишь с легендой «Turris Davit» с изображением башни Давида (которая присутствовала на монетах Балдуина IV) — и попытался снабдить население провиантом. Но битва при Хаттине произошла во время урожая; его не удалось собрать, и запасы продовольствия были очень ограничены. Проигнорировав королеву Сибиллу, Бальан потребовал, чтобы иерусалимляне принесли ему оммаж и повел себя как сеньор осажденного города, заручившись согласием патриарха, оказавшего ему активное содействие (но сам Ираклий не присутствовал в битве при Хаттине, уступив приору Гроба Господня обязанность нести во время схватки Святой Крест, попавший затем в руки к мусульманам вместе с армией). Благодаря двум месяцам передышки, город мог отказаться от предложения Саладина капитулировать: надеялись на помощь извне, так как новость о катастрофе уже достигла Запада.

Авангард эйюбидской армии, приближавшийся к стенам Иерусалима без всяких предосторожностей, потерпел серьезное поражение от горожан. 20 сентября осада началась, и франки, бившиеся за Гроб Господень, казалось, вновь обрели (вопреки мнению о вырождении, в котором их обвиняют историки и моралисты в стремлении объяснить причинами морального характера падение королевства, которому упадок нравов в какой-то мере несомненно содействовал) былой пыл времен первого крестового похода. Чтобы свести на нет численное превосходство мусульман, осажденные даже задумали ночную вылазку, рискуя либо быть разгромлеными наголову, либо обратить в бегство армию Саладина. Патриарх Ираклий воспротивился этой идее, резонно указав, что в случае неудачи атаки тысячи женщин и детей беспрепятственно попадут в руки к мусульманам; можно также предположить, что презренный патриарх не хотел подвергать себя риску стать мучеником и предпочитал договориться о капитуляции.

Саладин отказался, и потребовалось, чтобы Бальан пригрозил разрушить мечеть Омара и весь город, а затем выйти и в безнадежной битве сразить как можно больше мусульман. Тогда султан отказался отомстить франкам за бойню 1099 г. (на что якобы надеялась мелькитская община города) и предложил жителям заплатить выкуп, чтобы иметь возможность направиться к Триполи. Саладин потребовал сто тысяч безантов, но Бальан побоялся, что не сможет собрать такую сумму. Договорились об индивидуальном выкупе: десять безантов за мужчину, пять — за женщину и один — за ребенка. Бальан заметил, что из городского населения только двое из каждых ста человек смогут выплатить этот выкуп: он добился, чтобы мусульмане освободили бедняков за общую сумму: 7000 человек за 30 000 безантов. Патриарх и зажиточные горожане внесли свою долю в этот выкуп, но госпитальеры и тамплиеры под предлогом, что хранившиеся в орденах деньги им не принадлежат, проявили прискорбную скупость: только под угрозой мятежа они открыли свою казну, впрочем, без особой щедрости. Помимо этих 7000 выкупленных людей (в реальности их число было гораздо большим, так как вместо одного мужчины можно было освободить двух женщин или десять детей), Саладин, чтобы засвидетельствовать свое уважение Бальану, «ради любви к нему» отпустил на волю 500 христиан. Так же он поступил и ради Ираклия. Брат султана, Аль-Адиль, заполучил себе тысячу пленных и тотчас же освободил их. Саладин соперничал с ним в жестах великодушия: все остальное население проходило мимо его «офицеров», которые разрешали идти на волю старикам и детям, но сгоняли между первой и второй стенами юношей и девушек. Вообразим, сколь ужасным стало подобное расставание для нескончаемой вереницы несчастных, которые либо видели, как их близких угоняют в тюрьмы Египта или Сирии или — еще горший вариант — на невольничьи рынки для продажи во все гаремы Востока, или же сами были обречены на эту участь. Сколько же франкских семей были разведены в период от 2 октября до 10 ноября 1187 г. под надзором мусульманских солдат, которым Саладин поручил выполнить суровую полицейскую службу?

По данным Ибн-аль-Асира, численность изгнанного подобным манером из Иерусалима населения якобы достигала 60 000 человек, но не включил ли он в эту цифру местных христиан, которые остались в городе? Хроники дают существенно разные сведения на этот счет, и заявлению Бальана (якобы более 20 000 франков были настолько бедны, что лишь двое из каждых ста человек были в состоянии выплатить за себя десять безантов) недостает точности: Бальан мог попытаться разжалобить Саладина, сгустив краски. Допустим, что от трех до четырех тысяч человек заплатили выкуп; десять тысяч были освобождены Саладином и восемь тысяч выкуплены совместными усилиями. Шестнадцать или одиннадцать тысяч были обречены на рабство, из которых 5000 направили строить укрепления в Египет. Таким образом, в Иерусалиме могло находиться около 35 000 франков (нам неизвестно соотношение женщин, детей и беглецов): только двум старикам, пережившим первый крестовый поход, было разрешено остаться в городе.

В захваченном городе мусульмане прекратили доступ к Гробу Господню, вновь превратили церкви в мечети, в том числе и те, которые в период франкской оккупации были Templum Domini и Храмом Соломона. Церковь Св. Анны была превращена в 1192 г. в медресе, а резиденция патриарха («во главе улицы)», называемой патриаршей, около Гроба Господня, стала прибежищем суфий. В Иерусалим позвали еврейских беженцев, и греки заняли место франков в Святых Местах: одновременно с тем, как новый византийский император Исаак Ангел направил свои поздравления Саладину, греческий патриарх прибыл в Святой Град. Что касается отпущенных из города франков, то они направились к Триполи под охраной двойного эскорта франков и мусульман, получая пропитание от арабских крестьян; но в конце этого долгого пути триполийские рыцари-грабители, осмелевшие ввиду болезни графа Раймунда III, отняли последнее имущество у беженцев и вынудили их бежать в Антиохию. В то же время Саладин, овладев всеми прибрежными крепостями, кроме Тира, принялся завоевывать мощные франкские крепости во внутренних областях, которые так долго защищали королевство от нападений с противного берега Иордана и теперь героически противостояли натиску мусульман, набросившихся на них с тыла. Если Шатонеф пал 26 декабря 1187 г., то Сафет и Бовуар держались соответственно до первых дней декабря 1188 г. и 5 января 1189 г., причем госпитальерам удалось нанести мусульманам серьезное поражение при Форбеле (2 января 1188 г.). По условиям капитулярии защитники этих крепостей смогли уйти в Тир. Графство Триполи, где в конце 1187 г. от горя скончался Раймунд III, начало поддаваться в начале 1188 г.; княжество Антиохийское потеряло множество крепостей, и его территория была сведена к нулю.

Вернувшись из Антиохии, Саладин завершил осады Бовуара и Сафета; к этому моменту лишь крепости Онфруа IV Торонского (попавшего в плен при Хаттине) по-прежнему сопротивлялись, терпя нехватку в продовольствии. Хеврон мусульманам удалось взять к концу 1187 г.; но Крак продержался до ноября 1188 г., а Монреаль, самая далекая франкская крепость, которая менее всего могла рассчитывать на скорую помощь, пала только в конце весны 1189 г., после того, как ее защитники якобы продали своих женщин и детей бедуинам, чтобы обеспечить себя продовольствием и далее продолжить борьбу. Лишь одна крепость оборонялась дольше всех и стала опорным пунктом для франкской реконкисты: Бофор, который его сеньор Рено Сидонский защитил при помощи хитрости, убедив Саладина, что не имеет другого намерения, кроме как сдать ему крепость, но медлит осуществить свой замысел, поскольку хочет избежать карательных акций против своих людей. Когда же Рено был предан, то, подвергнутый пытке, он по-прежнему продолжал воодушевлять своих вассалов: приказ о капитуляции крепости был отдан только в начале сентября 1189 г., но Бофор сопротивлялся, возможно, до 22 апреля 1190 г., благодаря своей обороноспособности, которую сумел организовать Рено, ведя свою опасную игру с Саладином.