Самый ранний известный нам фрагмент Нового Завета, отрывок Евангелия от Иоанна, написан по-гречески на папирусе; он был найден в Египте и датируется примерно 125 годом. Этот текст из Оксиринха, где обнаружены тысячи фрагментов папируса, позволяет предположить, что христианство уже начало распространяться по стране.

Лет на сто позже появился перевод Библии на местный язык, но при этом использовалась новая система письма. Она основывалась на греческом алфавите с использованием некоторых демотических знаков для звуков, отсутствовавших в греческом. Язык этот называют коптским, он являлся основным средством общения египтян, на нем говорили и писали христиане и язычники, он применялся для записи как священных, так и светских текстов. Термин «копт» представляет собой искажение греческого слова «эгюптос», изначально обозначавшего коренного жителя страны — в отличие от грека или римлянина, живущего в Египте. После вторжения арабов в VII веке греческое слово преобразилось в «кибт» и стало служить названием исключительно христианского населения страны, такое же значение оно имеет и сегодня.

Распространение священных текстов, зафиксированных новым видом письма, появление миссионеров, которые молились на родном языке местного населения, помогло христианству выйти за пределы Александрии. Первоначальное бытование в еврейской среде, среди интеллектуалов крупного города, завершилось; религия пересекла социальные и национальные границы и стала привлекать людей необразованных и не имеющих привилегий, то есть коренное большинство в городах и селах Египта.

Христианство первоначально расцвело в еврейских общинах Александрии и, вероятно, рассматривалось сторонними наблюдателями как очередная иудейская секта; такая ситуация сохранялась вплоть до II века. Но когда между 115 и 117 годами, при Траяне, были почти полностью уничтожены жившие в городе евреи, иудейское влияние быстро пошло на убыль, в то время как греческое усилилось. Во II веке в Александрии сложилась самостоятельная богословская школа, усвоившая лучшие достижения греческой культуры и философии, но отвергавшая языческие основы мировоззрения, — именно здесь в значительной степени развивалось христианское вероучение. Два наиболее заметных лидера этой школы — Климент Александрийский (умер в 215 г.) и его блестящий ученик Ориген (ок. 185–254 гг.), выдающиеся ученые, чьи труды крайне важны для раннего христианства.

Они стремились переубедить александрийских философов и гностиков, исповедовавших мистическую версию христианства и идею непрестанной борьбы между добром и злом, основанную на дуалистических верованиях Азии, а также изучавших философию Платона и древнюю египетскую магию, в особенности сокровенное учение «Герметики», авторство которой приписывалось Гермесу Трисмегисту (эллинизированный вариант египетского бога Тота). «Герметика» стала впоследствии ключевым текстом алхимии и получила известность как «египетское искусство», или ал-Кеми, как называли ее арабы (от коптского слова «кеми», то есть «египтянин», или «Кемт» — самоназвание Древнего Египта).

Климент и Ориген использовали инструментарий научного и философского знания для разработки систематического богословия, основ христианской ортодоксии. Впоследствии их труды сочли не вполне «правоверными»: следующие поколения христианских богословов осудили Климента как еретика, и церковь объявила о лишении его статуса святого, а Ориген, написавший свыше шести тысяч текстов и прославившийся при патриархе Александрийском Димитрии, был отлучен от церкви за еретическое учение.

Распространение новой религии не привлекало внимания римских властей вплоть до 202 года, когда Септимий Север (193–211) запретил проповедь христианства; это оказало влияние на богословскую школу Александрии и вынудило Климента бежать из страны. Наказанием за нарушение указа служило изгнание или тяжкий труд на рудниках; в первые годы верующие намеренно искали казней, чтобы стать мучениками. Но период умеренных наказаний вскоре закончился. Преследования христиан в 249–251 годах, при Деции, продемонстрировали всем исключительную жестокость и стремление властей к систематическому уничтожению приверженцев этой религии, и даже Ориген, пользовавшийся уважением за пределами христианского сообщества, был подвергнут мучительным пыткам; четыре года спустя он умер от последствий полученных травм. Еще одна александрийская мученица, Аполлония, перед казнью подверглась чудовищной процедуре последовательного выдергивания зубов, почему позднее считалась святой, помогающей при зубной боли. В 258 году при Валериане (253–260) провели расследование с целью выявления тайных христиан, но сын императора Галлиен (253–268) издал указ, допускавший существование религии, и позволил церкви действовать на территории страны.

В правление Диоклетиана прошли Великие гонения, начавшиеся 23 февраля 303 года; к тому времени в Египте было 72 епископии, включая 18 в Фиваиде (окрестности города Фивы). Разрушительные последствия гонений оказались настолько суровыми, что коптская церковь, как называли египетскую христианскую церковь, дала этому периоду имя «эпохи мучеников» и по сей день ведет календарь с первого дня правления Диоклетиана (29 августа 284 года), чтобы увековечить память многих тысяч христиан, отправленных на смерть. Плохое здоровье заставило Диоклетиана отречься от престола, но гонения продолжились с новой силой при фанатичных врагах христианства Галерии и Максимине (305–313), а Египет вновь испытал на себе ярость Рима. Историк Евсевий Кесарийский оставил свидетельство этих жестокостей:

Но никакие жестокости не могли ослабить пыл и решимость верующих, «которые сами вскакивали на помост перед судьями и объявляли себя христианами». Безусловно, бывали передышки в преследованиях, в частности после Галерия, который в 311 году, на смертном одре, изменил свое отношение к христианам и издал указ о веротерпимости, даровавший свободу вероисповедания. Однако Максимин не отступился и продолжал гонения с прежней свирепостью еще два года, пока его не сместили с престола.