После 570 года в Александрии имелось два соперничающих патриарха: один — мелькитов, другой — антихалкидонцев. Первый из них никогда не избирался из египтян: каждый раз новый патриарх прибывал в Александрию из чужих земель, в то время как местный антихалкидонский патриарх изначально вынужден был селиться в монастыре, за чертой города. Соответственно приверженцы той и другой группы принадлежали разным частям египетского общества, делились на тех, кто говорил на греческом или на коптском языке, кто был землевладельцем или крестьянином, сторонником империи или националистом. В целом в стране насчитывалось около 200 000 мелькитов и шесть миллионов антихалкидонцев. Раскол так никогда и не был преодолен, и в итоге родилась независимая Египетская церковь, известная в Риме и Константинополе как Коптская. Мелькиты позднее стали частью Православной церкви.

В 395 году император Феодосий разделил Римскую империю между двумя своими сыновьями, которые правили западной и восточной частями страны, соответственно из Рима и Константинополя. Запад вскоре стал разваливаться; Рим пострадал в 410 году от нашествия вестготов, последний римский император был низложен в 476 году. Орды варваров вскоре расселились по всей Италии, а вандалы проникли даже в Северную Африку. С другой стороны, восток, известный как Византийская империя, находился в лучшем положении, несмотря на набеги булгар и славян, постоянно проверявших на прочность северную границу, а также персов, угрожавших с востока.

Когда в 527 году Юстиниан стал императором, он решил вернуть Римскую империю к ее былому величию и начал с возвращения Северной Африки, из которой изгнали вандалов (533), а продолжил, отвоевав Рим у остготов (536). Юстиниан считал, что единство империи зависит от единства веры.

Для Египта это означало внедрение принципов Халкидонского собора, а также уничтожение остатков язычества: в 535 году закрыли главный храм Исиды в Филе, где блеммии и нубады — основные нубийские племена, населявшие этот регион у нильского порога, за южной границей Египетского государства той поры, — продолжали поклоняться древним богам. Юстиниан намеревался обратить их в христианство, но его жена Феодора направила к нубийцам монофизитскую миссию, которая опередила конкурентов благодаря помощи местных единоверцев. Юстиниан предпринял новые попытки утвердить халкидонское учение в сельских районах Египта, для чего, в частности, был построен монастырь Святой Екатерины на Синае (ок. 530 г.), сегодня являющийся греческой православной обителью и хранилищем великолепных иллюстрированных рукописей.

Достижения Юстиниана по консолидации Византийской империи были сведены на нет его преемником, который стремился предотвратить экономический коллапс и распад государства. Тиран Фока (602–610) убил своего предшественника на византийском престоле Маврикия (582–602) и членов его семьи; это был первый кровавый захват трона со времен Константина Великого. При Фоке Балканами завладели авары, а Сирией и Палестиной — персы.

Глядя на то, как империя разваливается, знатные византийцы призвали нового лидера, Ираклия (610–641), сына губернатора Карфагена. Ираклий отдавал отчет в стратегическом значении Египта как базы для нападения на императора Фоку. Кроме того, Египет служил основным источником зерна для Константинополя, а используя доки Александрии, претендент мог одновременно перекрыть поставки продовольствия и собрать значительный флот. Египет оставался центром национализма и все время пребывал на грани восстания против Константинополя, однако главная ненависть была сосредоточена на императоре Фоке. Из Карфагена Ираклий отдал приказ полководцу Никите выступить на Александрию. В 610 году армия Фоки была наголову разбита у ворот Александрии, а на следующий год Ираклий, повелитель Египта, смог занять Константинополь и короноваться.

Внезапный переворот вызвал разброд в империи, и Ираклию потребовалось немало времени, чтобы утвердиться. Воспользовавшись ситуацией, персы захватили в 614 году Иерусалим и похитили Истинный Крест Господень, на котором был распят Христос. В 616 году они вступили в Египет, а три года спустя заняли Александрию. Персы грабили христианские церкви, жестоко убивали монахов прямо в обителях, истории о зверствах Камбиза на протяжении следующего тысячелетия переходили из уст в уста, сопровождаясь проклятиями в адрес завоевателя, отразились они и в коптской литературе.

После тщательной подготовки Ираклий провел ряд блестящих военных походов 622–628 годов в Малой Азии, Армении и Месопотамии; это заставило персов покинуть пределы Византийской империи.

Весь христианский мир разделил торжество Ираклия. Весть о том, что святые места и реликвии вернулись к христианам, объединило все течения и секты чувством благодарности освободителю. Единая церковь восстала против раскола, все готовы были следовать за императором против врагов государства и веры. Учитывая это, император предложил компромиссное учение (монофелитство, основанное на идее, что у Христа была одна воля), он надеялся вернуть антихалкидонцев в лоно общей, имперской церкви, так как они все еще были расположены к союзу с Византией.

Ираклий полагал, что сумеет добиться желанного результата, действуя убеждением, но крайне неудачный выбор человека, которому он поручил эту миссию, Кира, не имевшего ни обаяния, ни терпения, ни гибкости, привел к катастрофическим последствиям. Кира поставили мелькитским патриархом Александрии, дали гражданскую и военную власть; по сути, он стал наместником. После первых неуклюжих попыток достичь компромисса в 631 году, он быстро перешел к насилию, открыв десятилетие гонений на коптов.

Проявив предусмотрительность и здравый смысл, коптский патриарх Вениамин укрылся в одном из пустынных монастырей Верхнего Египта, пока Кир обыскивал побережье вокруг Александрии. Брат Вениамина оказался не столь удачлив, его поймали, пытали факелами, которые прижимали к телу, «пока жир не потек с обоих боков на землю», а затем поместили в мешок с песком, завязали в нем и утопили. Многие приверженцы коптской церкви подвергались избиениям, пыткам, тюремному заключению, их убивали за отказ принять решения Халкидонского собора.

Результат получился в точности противоположным тому, на который рассчитывал Ираклий. Жестокость и насилие обратили гнев египтян против Византии. Они убедились, что в пределах империи у их церкви нет будущего, а потому обратили взоры на быстро развивающийся и крепнущий арабский мир, где пророк Мухаммед (ок. 570–632 гг.) объединил практически все племена полуострова под знаменем Аллаха.

В 622 году, в том же году, когда Ираклий начал кампанию против персов, Мухаммед впервые совершил путешествие из Мекки в Медину — знаменитую хиджру; это событие считается началом мусульманской общины, с этого года ведется исламское летосчисление. После восьми лет спорадических набегов и военных стычек с противниками из Мекки в 630 году Мухаммед занял этот город. Он положил конец местным языческим культам, сокрушив идолов и разрушив святилище Каабы, центра религиозного поклонения в Мекке, а потом заново освятил Каабу во имя Аллаха. К моменту смерти в 632 году ему удалось объединить арабские племена и преобразить Аравию, сделав ее мощной базой для продвижения новой веры на запад и на восток.