На протяжении III века контроль Рима над египетскими территориями подвергся серьезному испытанию, в особенности на востоке. Волнения в Сирии позволили Зенобии, царице Пальмиры, «вероятно, единственной женщине, чей блестящий гений пробивался сквозь рабскую леность, налагаемую на ее пол климатом и обычаями Азии» [12], захватить власть в Египте в 270–272 годах, пока Аврелиан (270–275) не сумел вернуть провинцию, уничтожив при этом большую часть царского квартала Александрии, включая, видимо, и Великую библиотеку, и Сому (гробницу Александра Македонского). Через двадцать лет восстание вспыхнуло снова, и римский ответ оказался еще более жестоким. В 293 году, Галерий (293–311) лично проследил за уничтожением Копта — города, стоявшего на перекрестке дорог, что вели через пустыню к Красному морю, а Диоклетиан (284–305) в течение восьми месяцев осаждал Александрию, после того как узурпатор Луций Домиций Домициан был провозглашен императором в 297 году. Когда город пал, Диоклетиан въехал в него на коне, провозгласив, что не остановит резню, пока поток крови не коснется коленей лошади. К облегчению александрийцев, конь споткнулся о труп и опустился на колени и его бабки испачкались в крови. Император заметил это и даровал горожанам прощение. Александрийцы были настолько благодарны, что отлили конную статую императора из бронзы; сам Диоклетиан отпраздновал победу, установив гигантскую колонну в Серапеуме, которую позднее назвали «Иглой Помпея»; это один из редких классических памятников в городе, сохранившийся в течение последующих столетий.

Чтобы лучше управлять владениями и подавлять восстания, которые вспыхивали повсюду, от Британии до Персидского залива, Диоклетиан разделил империю на Восточную и Западную в 293 году. Ими должны были управлять тетрархи — два императора, носившие титул «август», и два младших правителя-наследника, названные «цезарями». Диоклетиан взял себе Восточную империю, а на западе оставил Максимиана (286–305).

Диоклетиан был религиозным человеком, страстно желавшим защитить римский пантеон от новых культов. На его взгляд, худшим из них было христианство — монотеистическая религия, которая не только отвергала языческих богов, но и отрицала божественную природу императора; также ее последователи стремились обращать в свою веру окружающих.

К прибытию Диоклетиана в Египет в 297 году христианство уже прочно укоренилось в этой стране. Согласно Евангелию от Матфея (2:13–20), младенец Иисус и его семья бежали из Иудеи в безопасный Египет, так как Иосиф во сне получил предупреждение, что царь Ирод намерен убить Иисуса. Они оставались в Египте до смерти Ирода; традиция гласит, что в пути они остановились отдохнуть в тени сикаморы (платана) в Гелиополе (ныне Дерево Девы), а потом разместились в районе, сегодня известном как Старый Каир. Можно предположить, что христианство пустило корни в Египте среди тех, кто общался со Святым Семейством, когда Иисус был еще младенцем. Деяния апостолов (2:10) сообщают, что египетские евреи присутствовали на собрании в Иерусалиме, когда Святой Дух снизошел на учеников Христа в Пятидесятницу, через девять дней после Распятия (в 30 году); вероятно, именно они первыми принесли новую веру в Египет.

Считается, что евангелист Марк прибыл в Египет около 40 года и стал первым патриархом и основателем Александрийской церкви: он обратил в христианство жителя Египта (еврея-сапожника по имени Анания), а затем оказался первым мучеником-христианином в этой стране. Новая религия, должно быть, быстро набирала приверженцев среди александрийских евреев, бедных и недовольных своим положением; она отвечала чаяниям всех, кто возмущался правилами имперского Рима и высокомерием высшего грекоязычного класса. За пару десятилетий христиане стали заметной частью городского населения, что вызвало подозрения у язычников Александрии, которые пришли в ярость, узнав, что святой Марк проводит пасхальное богослужение в тот же день, когда они отмечают праздник Сераписа. Легенда гласит, что язычники протащили Марка на веревке по городским улицам, отчего тот и умер, но когда решили сжечь его тело, чудесным образом набежали грозовые тучи и пошел дождь, который погасил пламя. Христиане унесли тело Марка и похоронили его под алтарем церкви. Венецианские купцы похитили мощи Марка в 828 году, вывезли из страны в корзине для свинины, чтобы исламские чиновники из отвращения не стали проверять ее содержимое, и тайком доставили в Венецию, где они стали главной реликвией базилики Сан Марко. Благодаря Ватикану, в 1968 году, по случаю 900-летней годовщины смерти евангелиста, в Египет вернули частичку этих мощей.

Совсем не случайно древнеегипетская религия пошла на спад как раз в то время, когда начался расцвет христианства. Оно быстро распространялось по всей стране, и египтяне сравнительно легко принимали новую веру, так как, на их взгляд, она хорошо сочеталась с давними местными верованиями. Например, христианство обещало загробную жизнь, что не противоречило древним и очень важным для коренного населения представлениям; вдобавок новые перспективы были даже более соблазнительными. Вечную жизнь сулили всем, независимо от затрат на мумификацию, гробницу, молитвы жрецов и вотивные подношения; рай больше не был уготован лишь богатым и властным, напротив, он открывался нищим и униженным.

На других уровнях древняя религия также находила новое выражение в христианстве и оказывала влияние на развитие его доктрины. Поразительный пример — идея Святой Троицы как троицы в единице и единице в троице; подобная форма ранее существовала только в. Египте. Со времен Нового царства египтяне группировали божеств в «триады», создавая образ божественной семьи — отца, матери и ребенка; например, Осирис, Исида и Гор понимались как различные части единого священного целого. С этим были связаны и египетские представления о душе, включающей части ка, ба и ах, каждая из которых представляла один из элементов, а все вместе — человека в целом. Отзвуком древнейших верований стали более поздние споры о природе Христа, охватившие христианский мир; многие из ведущих богословов, участвовавших в дискуссиях, были выходцами из Египта.

Есть и иные свидетельства преемственности между древней и новой религиями. В иконографии, например, знак креста появляется в Египте в форме анха — местного символа жизни, и в этом прослеживается связь с идеей христианского воскресения. Можно также провести параллель между Исидой, вскармливающей младенца Гора (или Гарпократа, как называли его в поздние времена) и ранними изображениями Девы Марии, кормящей младенца Иисуса. Аналогичным образом, существует множество комментариев по поводу соответствий между культом Исиды и христианским почитанием Богоматери. В раннем египетском христианском искусстве Иисуса изображали пастырем и сеятелем, в руках у него нередко был посох и цеп для молотьбы, как у Осириса. Более того, христианские представления о «воскресении во плоти» не имеют оснований в Ветхом Завете, однако у них много общего с культом Осириса и целью мумификации, а упоминание «второй смерти» в Откровении очень схоже с древнеегипетской идеей, ужасавшей верующих эпохи фараонов.