Фурманов тем временем писал в дневнике: «Здесь мы с Чапаевым схватили за горло и встряхнули всю штабную работу. Заходил политотдел, заходил отдел снабжения, заработали оперативные и административные люди. Наше присутствие сказалось, несомненно, весьма благотворно на общей работе. С Чапаем отношения самые сердечные. Мы весьма близки друг другу, я научился в совершенстве укрощать его, неукротимого. Теперь он все слушает, всему верит, все исполняет. Не было еще случая, когда бы он не принял какого-либо моего предложения. Роль здесь играет отчасти и моя личная близость с Фрунзе, которого он высоко чтит и уважает; но это влияет лишь отчасти, а главное в том, что мы сошлись по душам, любы друг другу, любим друг друга».

Уфимской операции предшествовала недолгая пауза. В ночь на 19 мая Фрунзе отправил в штаб Восточного фронта свои соображения о плане наступления: «Оставление противником Белебея и явное отсутствие серьезного сопротивления в районе нынешнего наступления наших войск выдвигают вопрос о необходимости немедленного проведения операции с целью овладения районом Уфы. С другой стороны, усиливающееся движение поднявшегося казачества требует принятия немедленных мер для обеспечения Оренбургского и Уральского районов и железной дороги Самара — Оренбург. План действия 4-й армии на уральском фронте мной представлен, и я ходатайствую о скорейшем вашем заключении по его содержанию; в настоящем же докладе я представляю на утверждение план действий на уфимском и оренбургском направлениях».

Взятие Уфимского района поручалось Туркестанской армии (31, 25, 24-я стрелковые и 3-я кавалерийская дивизии, две бригады 2-й стрелковой дивизии). Ее войскам предстояло овладеть рубежом Стерлитамак — Уфа. Непосредственно на Уфу должны были наступать чапаевцы, действовавшие на левом фланге армии. С севера действия Туркестанской армии намечалось прикрыть силами 26-й стрелковой дивизии, перед которой была поставлена задача выйти на берег реки Белой и блокировать вероятные попытки прорыва неприятельской речной флотилии. После занятия Уфимского района Фрунзе намеревался использовать всю конницу Туркестанской армии и башкирские части для рейда на Верхнеуральск, чтобы привлечь в Красную армию оренбургское трудовое казачество и усилить конницу, без достаточной мощи которой задача замирения казачьих областей была крайне затруднительна.

Александр Самойло, рассмотрев план Фрунзе, подписал в полночь 19 мая директиву об овладении районами Уфы и Стерлитамака. Войскам 5-й армии приказывалось форсировать реку Белую и нанести удар в тыл противнику, действовавшему на правом берегу реки Камы. Главная задача Южной группы армий — овладеть районом Уфы силами не менее четырех дивизий. Анализ плана командарма и директивы командующего фронтом показывают, что второй полностью поддержал замысел первого, несмотря на распространенную в советские годы точку зрения о «вредительстве» Самойло, тормозившего смелые планы Фрунзе.

Бывший генерал Александр Александрович Самойло прожил долгую жизнь: после снятия с должности командующего фронтом его вернули на север, в 6-ю армию. Затем он участвовал в переговорах с Финляндией, служил помощником начальника штаба Красной армии. С середины 1920-х годов преподавал в Военно-воздушной академии, затем возглавлял военную кафедру в гражданских институтах. По какому-то счастливому стечению обстоятельств он благополучно пережил период спецеедства на рубеже 1920–1930-х годов, в том числе стоившее жизни и свободы многим бывшим старшим офицерам и генералам дело ОГПУ «Весна», а также Большой террор 1936–1938 годов. Забавная гримаса Клио: в 1935 году бывшему командующему фронтом и армией присвоили звание комбрига, что соответствовало должности командира дивизии. Лишь в 1940 году Самойло присвоили звание генерал-лейтенанта: повышения в чине на одну ступень ему пришлось ждать почти четверть века. Во время Великой Отечественной войны Самойло преподавал в Военно-инженерной академии ВВС и вышел в отставку уже в 1948 году в возрасте 79 лет. По окончании службы продолжал активно работать. Несмотря на солидный возраст, занимался историей, краеведением, активно интересовался прошлым Русского Севера, написал воспоминания «Две жизни». Генерал Русской императорской, Красной и Советской армий Александр Самойло умер в Москве в 1963 году в возрасте 94 лет.

Вечером 21 мая Фрунзе отдал приказ о выходе на исходный рубеж для нового наступления. Командующий Южной группой, который совмещал этот пост с руководством Туркестанской армией, разъяснил задачу нового наступления: «У меня нет и тени сомнения в том, что закаленные в битвах славные бойцы 24-й, 25-й, 31-й и 3-й кавалерийской дивизий с указанной задачей справятся в кратчайший срок. Порукою в этом являются блистательные страницы их прежней боевой работы, завершившейся недавно разгромом ряда корпусов противника на полях Бузулука, Бугуруслана и Белебея. Уверен, что и молодые войска 2-й дивизии, получающие боевое крещение, пойдут по стопам своих славных соратников и учителей… России труда пора кончать борьбу с упорным врагом. Пора одним грозным ударом убить все надежды прислужников мира капитала и угнетения на возможность возврата старых порядков. Начало, и начало хорошее, вами уже сделано. Колчаковский фронт затрещал по всем швам. Остается довести дело до конца. Бросая вас нынче вновь в наступление, я хочу напомнить о том, что вы им решаете окончательно спор труда с капиталом, черной кости с костью белой, мира равенства и справедливости с миром угнетения и эксплуатации. В этой великой, святой борьбе рабоче-крестьянская Россия вправе требовать от каждого из своих детей полного исполнения своего долга. И этот долг мы исполним! Наш первый этап — Уфа; последний — Сибирь, освобожденная от Колчака». «Смело вперед!» — призывал командарм. Фрунзе даже не подозревал, какой злой иронией отзовутся его слова в будущем. Сибирь позднее, в 1930-е годы, действительно оказалась последним этапом для многих бойцов и командиров его армий.

Дивизии и бригады получили задачу выдвинуться к вечеру 27 мая на исходные позиции для наступления. С утра 28 мая им было приказано начать решительные действия, чтобы отрезать противника, сконцентрировавшегося южнее станции Чишма, и прижать к реке Белой. Чапаевцам поручили одну из самых сложных задач: к 1 июня отрезать противника от Уфы, занять станцию Чишма и прилегающий к ней район. К началу Уфимской операции Туркестанская армия красных имела 30 тысяч штыков и сабель, 119 орудий и 408 пулеметов; а противостоявшие ей Волжская и Уфимская группы Западной армии — 19 тысяч штыков и сабель, 93 орудия и 260 пулеметов. Таким образом, советские войска превосходили противника в живой силе в 1,6 раза, в артиллерии — в 1,3, в пулеметах — почти в 1,5 раза.

Алексей Будберг тем временем рисовал мрачные перспективы: «Сейчас не может быть никакого сомнения в том, что мы потеряли все успехи этой зимы; красные умело учли все наши ошибки и все невыгоды нашего безмерно растянутого, жалкого и расстроенного положения; ярко очевидно, что на нас ведется решительный удар и что против нас введены в дело свежие резервы. Все это делает борьбу очень неравной, и в этом надо честно сознаться, трезво оценить создавшееся положение и принять героические решения. Удар ведется по двум направлениям: на Уфу и на Красноуфимск; шалый и хаотичный выброс на треснувший по всем швам фронт последних, совершенно не готовых к бою резервов не привел ни к чему; нет, вернее сказать, привел к бесцельной трате тех ресурсов, которые при более хладнокровном управлении очень пригодились бы, скажем, через месяц или полтора».