Несмотря на то что Беккер состоял в соединениях «Мертвая голова», основной задачей которых была охрана концентрационных лагерей — для этого они собственно и создавались, — сам он к концлагерям отношения не имел. Изначально задачей Беккера была организация подготовки личного состава. Поэтому он и был назначен командиром 9-го штурма штандарта «Верхняя Бавария» (еще его часть иногда называли ротой обучения пополнений — Rekrutenausbildungs-Kompanie), в задачу которого входила подготовка пополнения для всего штандарта, кроме того, ему была поручена организация системы физической подготовки всего штандарта. На Беккера также легла задача фактического создания и затем руководства курсами младшего командного состава (Unterführer-Lehrgang). Несмотря на то что в рейхсвере он был только унтер-офицером и опыта командования воинскими частями не имел, Беккеру удалось в сжатые сроки наладить как подготовку унтер-офицеров, так и значительно улучшить физическую подготовку подчиненных — именно эту цель поставил перед ним Эйке. Высокие результаты были оценены по достоинству, в 1936 году Беккер был произведен в гауптштурмфюреры СС (что соответствовало капитану в вермахте) и назначен командиром 1-го штурмбанна своего штандарта. В этом же году — 9 ноября — он получил еще одно повышение и стал штурмбаннфюрером СС, а 30 января 1938 года стал оберштурмбаннфюрером. В вермахте, даже после того как он одним росчерком пера был увеличен в разы, служебный рост даже отдаленно не походил на то, что творилось в СС.

Беккер был включен в состав подразделения штандарта, которое было использовано в составе немецких войск в ходе операций по аншлюсу Австрии, занятию Судетской области и оккупации Чехии. Его штурмбанн был придан сухопутным войскам как 1-й батальон СС Судетского добровольческого корпуса (Sudetendeutschen Freikorps). Это можно было назвать в определенной степени приобретением военного опыта, хотя и боевых столкновений эсэсовцы и не имели (как, впрочем, и части вермахта). В то же время Беккер и его подчиненные получили опыт марш-бросков в обстановке, приближенной к боевой. Все это оказало большое влияние на боеспособность штандарта.

С началом Польской кампании штандарт «Верхняя Бавария», в который входил штурмбанн Беккера, следовал за регулярными частями вермахта, проводя «зачистку» захваченной территории. Штандарт действовал в зоне ответственности 10-й армии генерала Вальтера фон Рейхенау, то есть в Верхней Силезии. Сведений, принимал ли Беккер участие в этот период в репрессиях против гражданского населения, нет, однако штандарты «Мертвая голова» хотя и не входили в состав эйнзатцгрупп полиции безопасности и СД, однако задачей штандатов было также оказание им помощи. В этом же районе действовала базировавшаяся в Ченстохове эйнзатцгруппа II оберштурмбаннфюрера СС Эмануэля Шэфера и 2-я полицейская группа, которой командовал однофамилец Беккера — генерал-майор полиции Герберт Беккер.

Как уже говорилось в очерке о Теодоре Эйке, в середине октября 1939 года в учебном лагере СС в Дахау начала формироваться дивизия СС «Мертвая голова». Штандарт «Верхняя Бавария» полностью вошел в состав дивизии, и на его основе был сформирован 1-й пехотный полк СС «Мертвая голова» (SS-Totenkopf-Infanterie Regiment 1). Беккер сохранил свой прежний пост и стал таким образом командиром 1-го батальона полка. Его батальон был одним из лучших и наиболее подготовленных в дивизии. Об этом говорит хотя бы тот факт, что из командиров рот батальона только гауптштурмфюрер СС Лёнхольдт (командир 2-й роты) не получил за время войны Рыцарского креста или Германского креста в золоте. Гауптштурмфюрер СС Отто Вильгельм Крон (командир 4-й роты) стал кавалером Рыцарского креста, гауптштурмфюрер СС Адольф Куртц (командир 1-й роты) — Германского креста в золоте, а гауптштурмфюрер СС Иоахим Шубах (командир 3-й роты) получил обе эти высокие награды. Это был лучший показатель среди батальонов полка.

От Касселя до Демянска

С началом кампании на Западе в мае 1940 года дивизия СС «Мертвая голова» выступила на фронт из своего лагеря, находившегося неподалеку от Касселя. Здесь Беккеру впервые привелось принять участие в настоящих военных действиях.

Первый бой Беккера состоялся 19 мая 1940 года между Ле-Шато и Камбре, где его солдаты вступили в бой с марокканской пехотой. В кровопролитных боях 22-24 мая в районе канала Ла-Бассе Беккер показал себя храбрым командиром и 24 мая получил свою первую боевую награду — Железный крест 2-го класса. Позже Беккер сражался со своим батальоном у Ле-Паради, на Дюнкерском плацдарме, участвовал во взятии Кламси. Беккер был хорошим солдатом и полностью оправдал возлагавшиеся на него Эйке надежды. В числе других офицеров по результатам кампании он за два дня до капитуляции Франции — 22 июня 1940 года — был награжден Железным крестом 1-го класса. Во Вторую мировую войну награды давались намного щедрее, чем в Первую, но все же для того, чтобы получить крест 1-го класса всего через месяц после 2-го, надо было проявить храбрость. И Беккер ее проявил в полной мере, а его батальон считался лучшим не только в полку, но и во всей дивизии.

В апреле 1941 года вместе со всей дивизией батальон Беккера был переброшен в Восточную Пруссию — в предстоящей войне с Советским Союзом ему предстояло воевать на северном участке фронта в составе группы армий «Север» генерал-фельдмаршала Вильгельма Риттера фон Лееба. В июне 1941 года Беккер, занявший теперь пост командира мотоциклетного батальона (SS-Totenkopf-Kradschützen-Bataillon), перешел границу СССР. Перевод на новую должность был повышением: во-первых, Беккер получал часть, находившуюся в подчинении непосредственно командира дивизии, а во-вторых, мотоциклетный батальон был мобильной частью, и задачи которые перед ним ставили, требовали от ее командира опыта и умения принимать самостоятельные решения.

Первый серьезный бой Беккера на советско-германском фронте состоялся только 6 июля 1941 года, когда дивизия «Мертвая голова» начала штурм «линии Сталина» в районе Себежа. Причем с 7 по 15 июля 1941 года он замещал штандартенфюрера СС Матиаса Клейнхейстеркампа на посту командира 3-го пехотного полка «Мертвая голова». В середине августа дивизия «Мертвая голова» была снята с Ильменского направления и после 150-километрового марш-броска 19 августа нанесла удар в тыл наступавшей у Старой Руссы 34-й советской армии комбрига Н.И. Пронина. Через три дня дивизия вышла на Ловать юго-восточнее Старой Руссы, и на следующий день 34-я армия — 257, 259, 262-я стрелковые дивизии, 25-я и 54-я кавалерийские дивизии — фактически перестала существовать. В конце августа — начале сентября 1941 года дивизия «Мертвая голова» форсировала Ловать и Полу и сделала попытку взять Шелгуново и Таганово.

Однако проявить себя как перспективного и стойкого командира Беккеру довелось несколько позже — когда 24 сентября 1941 года войска Ленинградского фронта нанесли удар на Лушно — южнее озера Ильмень. В течение трех дней дивизия «Мертвая голова» отбивала яростные атаки, и именно мобильный батальон Беккера, появляясь на самых проблемных участках, не раз спасал положение на фронте. Но настоящей проверкой для Гельмута Беккера, как и для всей дивизии СС «Мертвая голова», стали затяжные бои под Демянском. 27 октября 1941 года Беккер вновь принял на себя командование 3-м пехотным полком СС «Мертвая голова», теперь уже на постоянной основе.