В течение некоторого времени перемирие 1547 года оставалось в силе, но благодаря интригам фактического правителя Трансильвании, епископа Мартинуцци, эта область была передана Фердинанду, который таким образом присоединил к своим владениям значительную часть средневекового Венгерского королевства. Возмездие Османской империи не заставило себя долго ждать. Губернатор Румелии, Соколлу Мехмед-паша, со своими войсками вошел в Трансильванию, чтобы взять в осаду столицу этой области, Тимишоару. По пути он взял несколько важных крепостей. Прибытие подкреплений и окончание благоприятного для военных действий времени года на некоторое время спасли город, но в 1552 году он пал и стал центром новой османской провинции Темешвар, включавшей в себя западную часть Трансильвании. В том же году турки, несмотря на яростный штурм, не смогли взять находившуюся северо-восточнее Буды крепость Эгер, но другие крепости, которые они заполучили, надолго укрепили их владычество в этом регионе. Теперь две провинции (Буда и Темешвар) находились под прямым управлением Османской империи, и впервые Османская Венгрия стала компактным территориальным образованием, защищенным непрерывной цепью крепостей, некоторые из которых были недавно построены, но большинство было захвачено у венгров.

Чтобы осуществлять свое правление в Венгрии, и Габсбурги и османы вынуждены были идти на компромиссы. Поскольку ни одна из этих двух империй не могла только своими силами аннексировать, управлять и защищать Венгрию, им приходилось полагаться на венгерских дворян, уцелевших после разгрома при Мохаче. В эпоху Реформации многие из этих дворян стали протестантами, и если Фердинанд и его правительство желали возложить на них часть обязанностей по защите страны от нападений турок, то в обрашении с ними они должны были проявлять осмотрительность. Турки сумели использовать в своих целях раскол между католиками и протестантами, как раньше они сумели использовать раскол между католиками и православными, но, как и Габсбурги, они были вынуждены прибегать к помощи все еще могущественных дворян, которые продолжали выполнять многие из повседневных функций управления Османской Венгрией, как они это делали в «Королевской Венгрии».

После того как перемирие 1547 года стабилизировало обстановку на северо-западных рубежах, султан Сулейман приступил к осуществлению очередной военной кампании против Ирана, так как в это время на сторону Османской империи перешел брат шаха Тахмаспа, Алкас Мирза, который был губернатором иранской провинции Ширван, находившейся на Кавказе, к западу от Каспийского моря. Его отношения со старшим братом всегда были непростыми. Когда Тахмасп направил войска, чтобы умиротворить своего непокорного брата, Алкас Мирза бежал в Стамбул через крымский порт Феодосию. В 1548 году Сулейман заранее известил Алкаса Мирзу о том, что он начинает военную кампанию, но хотя османская армия и подошла к Тебризу, она из-за недостатка в снабжении отказалась от осады города. Стало ясно, что Алкас Мирза не пользуется поддержкой местного населения и не стремится узурпировать власть, принадлежавшую Тахмаспу. Сулейман вернулся домой ни с чем, если не считать захвата приграничного города Ван и богатых трофеев, среди которых был шатер, изготовленный по заказу шаха Исмаила. Этот шатер был одной из тех принадлежавших Тахмаспу вещей, которые он очень высоко ценил. Алкас Мирза исповедовал суннитский ислам, но это оказалось не более чем прагматичным жестом, так как вскоре он вернулся домой. Впрочем, были люди, считавшие, что причиной тому был великий визирь Рустем-паша, который усомнился в его преданности Сулейману. Алкас Мирза отправил Тахмаспу письмо, в котором просил о помиловании, но в начале 1549 года он был убит по приказу брата.

Воспользовавшись нежеланием турок воевать на своих негостеприимных рубежах, Тахмасп выступил в поход с целью вернуть недавно потерянные территории. Возмездие Сулеймана последовало в 1554 году, когда он снова лично возглавил свою армию в ее походе на восток. Ереван (столица современной Армении) и южнокавказский Нахичевань стали пунктами наибольшего продвижения его армии. В ходе этой кампании турки, подражая своим соперникам, применяли тактику выжженной земли в тех приграничных районах, откуда Сафавиды начинали свои набеги. Первый официальный мирный договор между этими двумя государствами (Амасьяский договор) был подписан в 1555 году. По его условиям за турками оставались ранее завоеванные ими территории Ирака. Однако ни вторая, ни третья Иранские кампании Сулеймана не принесли долговременных приобретений и казалось, лучшее, на что могут надеяться обе стороны это мирное сосуществование.

В Средиземном море также наблюдалась тупиковая ситуация. В 1541 году предпринятой Карлом V попытке отобрать Алжир у наместника Барбароссы, Хадима Хасана-аги помешала только неожиданно разыгравшаяся буря, которая спасла значительно уступавших числом защитников-мусульман от нападения могучей испанской армады. С другой стороны, все годы противостояния Османской империи и Габсбургов в западном Средиземноморье североафриканские капитаны османского флота совершали частые и опустошительные набеги на северное побережье Средиземного моря. Так, в 1543 году пострадали итальянские острова и побережье Неаполя.

В 1551 году порт Триполи (который для Карла удерживали базировавшиеся на Мальте рыцари-госпитальеры) был взят в осаду и захвачен в ходе совместной операции, проведенной эскадрой османского имперского флота и эскадрой под командованием еше одного легендарного корсара, Тургуда-реиса. Связанные обязательствами своего договора с Карлом, по которым они должны были защищать Триполи, находившиеся на Мальте рыцари-госпитальеры с большим беспокойством отнеслись к присутствию осман в этой крепости. Весной 1560 года объединенная эскадра Испании и госпитальеров подошла к находившемуся западнее Триполи острову Джерба, на котором испанцы и рыцари построили мощную крепость. Планировалось, что эта крепость станет передовым постом, необходимым для вытеснения турок из этой части Средиземного моря, но высланная из Стамбула эскадра взяла ее в осаду и захватила остров. Казалось, что морское могущество Османской империи безгранично. Наступил мир, который продолжался несколько лет, но в 1565 году ситуация изменилась. Тогда закончилась неудачей предпринятая турками осада твердыни мальтийских рыцарей. Как и все прежние поражения турок, эта их неудача была объявлена предзнаменованием триумфа христианства и стала той соломинкой, за которую ухватились западные державы, пытавшиеся найти хоть какое-то утешение после провала своей стратегии в бассейне Средиземного моря.

Для турок обеспечение безопасности в Аравийском море и на его побережьях было грандиозной задачей и суровым испытанием для их честолюбия, во время которого стал очевиден потенциал их военного флота и пределы его возможностей. Османские суда все еще уступали португальским и больше подходили для прибрежного плавания, а не для переходов через океан. После военной экспедиции в Диу и достижения компромисса с португальцами относительно судоходства в Аравийском море соперничество между двумя державами развернулось в районах более близких к Османской империи и особенно в Персидском заливе. Расположенный в устье залива, порт Басра был взят турками после падения Багдада. Этот порт давал еще один выход в Аравийское море и находился ближе к Индии, чем уже имевшиеся у турок порты Суэц и Аден, к тому же данное место было весьма удобно для строительства верфи. Но, к сожалению, начиная с 1515 года португальцы удерживали находившийся на острове центр торговли Ормуз и таким образом контролировали проливы, соединявшие Персидский залив с Аравийским морем, и менее опасный проход к южному побережью Ирана Сафавидов и к сказочным землям Востока.