Для отлучения нужна была церковная вина, и здесь даже разграбление храмов Гермоген не мог инкриминировать болотниковцам, ибо описанные им в грамоте безобразия на Рязанщине совершали люди Ляпунова и Сумбулова, ныне благополучно служившие в царском «христолюбивом воинстве». К тому же главный церковный грабитель сидел в Кремле. Богомольный старичок Шуйский крайне нуждался в деньгах — его воинство, в отличие от повстанцев, по большей части служило не за идеи, а за наличные.

Легко предположить, что не только и не столько на нищих и раненых растратил Гермоген всю патриаршую казну, если царь раз за разом брал огромные безвозвратные займы у монастырей, включая знаменитые Иосифо-Волоколамский и Троице-Сергиев (так что келарь последнего Авраамий Палицын писал «о последнем грабежу в монастыре от царя Василия»), и безжалостно переплавлял конфискованную у церквей и монастырей драгоценную утварь, которую вскоре «блуднически изжил» (но словам дьяка Ивана Тимофеева).

Разумеется, патриарх раздавал казну добровольно; видимо, он не жалел и церковно-монастырского имущества для скорейшего прекращения кровопролития. Но оно все тянулось; Болотников укрепился в Калуге, многие города и уезды продолжали бунтовать, Шуйский вновь впал в нерешительность. Гермогену оставалось использовать церковные средства давления на восставших.

Со 2 февраля 1607 г. патриарх с Освященным собором тщательно готовился к невиданному мероприятию — разрешению русского народа от клятвопреступлений перед прежними государями: царем Борисом и его семьей (царевичем Федором, царицей Марией и царевной Ксенией), на верность которой присягали дважды (при воцарении Бориса и после его смерти), а также от нынешних клятвопреступлений и ложных клятв самозванцам.

Тонко продуманная затея позволяла убить двух зайцев: освободиться от прошлого (царевна Ксения была еще жива и томилась в монастыре, куда ее заключил Лжедмитрий) и получить возможность канонично отлучать от Церкви будущих нарушителей присяги Шуйскому. Главную роль в церемонии должен был сыграть низвергаутый патриарх Иов, которого Гермоген в письме, посланном с митрополитом Крутицким Пафнутием, коленопреклоненно молил «учинить подвиг» и прибыть в Москву «для его государева и земского великого дела».

20 февраля москвичи, собранные двумя «памятями» Гермогена к Успенскому собору, по заранее составленному, обсужденному архиереями и утвержденному царем сценарию стали от имени «всенародного множества» молить Иова «всего мира о прегрешении». Старый, а затем старый и новый патриархи простили старые и новые клятвопреступления, причем Иов не упустил случая выразить собственное отношение к роли иноверцев в событиях.

Если Гермоген винил Лжедмитрия, который «как з простой храм» ввел в соборную церковь «многих вер еретиков» и венчал там «невесту-лютеранку», то Иов, почти точно повторяя его грамоту, писал, что расстрига «розных вер зло-действенным воинством своим, лютеранами, и жидами, и прочими оскверненными языки, многие христианские церкви осквернил»! Дело не в евреях, которые были уж точно ни при чем (но упоминание которых служит лакмусовой бумажкой в национальном вопросе): главное, что Лжедмитрий изображен, как писали прежде и как утверждал Шуйский, ставленником иноверного воинства.

В позиции Иова были и другие отличия: например, он считал, что с воцарением Шуйского «все мы, православные христиане, аки от сна возставше, от буйства уцеломудрились», тогда как Гермоген только призывал народ «воспрянуть аки от сна» и прекратить гражданскую войну, вновь покорившись царю Василию. Все это было позволено несчастному старцу, напоследок даже произнесшему краткую речь лично (а не через архидьякона), призвав людей никогда больше не нарушать крестного целования.

Дело было сделано — Гермоген получил возможность отлучить новых клятвопреступников. Но патриарх не торопился это делать, пока царские войска одерживали победы (на Вырке и у Серебряных Прудов) и была надежда обойтись без крайней душегубительной меры. Лишь когда восставшие сами перешли в наступление и разгромили полки Шуйского под Тулой, Дедиловом и на Пчельне, сняли осаду Калуги и приняли в свои ряды многих перебежчиков из «христолюбивого воинства», патриарх решился предать проклятию Болотникова и главных его соумышленников, оставляя остальным повстанцам церковный путь спасения.

Гермоген считал отлучение мерой последней крайности, но положение и было отчаянным. Войска бежали в ужасе, говорили о 14 тысячах убитых, о гибели воевод, об измене 15 тысяч ратников, о том, что, если восставшие пойдут к Москве, столица сдастся без сопротивления. Шуйский дрожал, патриарх призывал всех подняться на врагов веры, велел монастырям открыть кладовые и высылать в армию всех людей, способных носить оружие, «даже чтобы самые иноки готовились сражаться за веру, когда потребует необходимость». Бояре взбунтовались и потребовали, чтобы царь Василий сам повел войско или уходил в монастырь, чтобы они могли выбрать государя, способного защитить их имущество и семьи.

Под давлением бояр и патриарха Шуйский избрал меньшее зло и согласился возглавить армию, собиравшуюся в поход под Тулу, где сосредоточились главные силы болотниковцев. По слухам, царь поклялся не возвращаться в Москву без победы или умереть на поле брани, но Гермоген не был уверен даже, что о выступлении Шуйского в поход следует объявлять, что тот не побежит от одних предвкушений опасности. Царь выступил 21 мая, патриарх разослал по стране грамоты о молитвах за успех государева и земского великого дела только в первых числах июня.

Даже во второй грамоте, повелевая молебствовать в честь победы царских войск на реке Восме, Гермоген рисовал ситуацию в мрачных красках. «Грех ради наших и всего православного христианства, — писал он, — от востающих на церкви Божий и на христианскую нашу истинную веру врагов и крестопреступников межусобная брань не прекращается. Бояр, дворян, детей боярских и всяких служилых людей беспрестанно побивают и отцев, матерей, жен и детей их всяким злым поруганием бесчестят. И православных христиан кровь… как вода проливается. И смертное посечение православным христианам многое содевается, и вотчины и поместья разоряются, и земля от воров чинится пуста».

Вопреки ожиданиям, на сей раз дворянское войско билось стойко, Тула была осаждена и сдалась на условии помилования восставших. Шуйский, разумеется, нарушил слово: «царевич Петр» (казак Илья Муромец) был повешен в Москве, Болотников сослан в Каргополь и исподтишка убит. Самопожертвование вождей восстания, добровольно явившихся в царский стан, оказалось напрасным: в октябре 1607 г. реки вновь были переполнены трупами утопленных повстанцев.

Живший всю Смуту в Москве архиепископ Арсений Елассонский описывает всеобщее негодование подлой клятвопреступностью царя.

Незамедлительно сбылась старая истина, что клятвопреступлением не совершить доброго дела. На место самозваного «царевича Петра» явился добрый десяток разнообразных «царевичей», восставшие города и крепости утвердились в решимости сражаться до конца, множество недовольных устремилось к Лжедмитрию II, который еще в июле того же 1607 г. провозгласил себя царем в Стародубе-Северском. Между тем Шуйский распустил армию и преспокойно вернулся в Москву, как будто гражданская война была окончена!