Исследования и методики А. В. Барченко применялись и в особо сложных случаях дешифровки вражеских сообщений — в таких ситуациях проводились даже групповые сеансы «связи с духами».

Ученый привнес в жизнь Г. И. Бокия метафизические теории и уговорил видного чекиста вступить в тайную оккультную организацию «Единое Трудовое Братство», изучавшую древнюю науку «Дюнхор», которая якобы превосходила современное знание, но принципы которой были утеряны со временем.

В состав «Единого Трудового Братства» вошли, кроме Г. И. Бокия, еще следующие лица: член ЦК ВКП(б) И. М. Москвин, заместитель наркома иностранных дел Б. С. Стомоняков, работник Спецотдела Е. Е. Гопиус, а также давние товарищи Глеба Ивановича по Горному институту инженеры Миронов и Кострыкин. В конце 1925 года для передачи эзотерического знания наиболее «достойным» представителям «большевистской» партии А. В. Барченко при участии Г. И. Бокия организовал в «недрах» ОГПУ небольшой кружок по изучению «Дюнхор».

В него вошли ведущие сотрудники Спецотдела: Гопиус, Гусев, Клименков, Леонов, Плужнецов, Филиппов, Цибизов. Занятие с сотрудниками Спецотдела продолжались недолго, поскольку, по словам самого Бокия, ученики оказались «неподготовленными к восприятию тайн древней науки». В конце концов кружок А. В. Барченко распался, но несколько раз его занятие посещал и Генрих Григорьевич Ягода — будущий шеф НКВД.

28 марта 1928 года на совещании у начальника 2-го отдела Управления делами НКВМД и РВС СССР было принято постановление об организации «военно-морской части по дешифровке в Центре, в Москве». Но дело продвигалось очень медленно. Новое совещание, которое состоялось 10 января 1929 года и было посвящено тому же вопросу, на котором кроме руководителей ОГПУ и Спецотдела, представителей штаба РККА и ВМФ были также работники морских штабов Балтийского и Черного морей, снова подтвердило необходимость организации соответствующей дешифровальной службы. Однако прошел еще год, а «военно-морская часть по дешифровке» так и не была создана.

В конце февраля 1930 года Г. И. Бокий подготовил письмо К. Е. Ворошилову, в котором писал: «Специальный отдел при ОГПУ считает такой темп, взятый штабом РККА в разрешении вопроса об организации военно-морской части по дешифровке, слишком медленным. Желательно ускорить разрешение этого вопроса, т. е. в отношении дешифровальной службы РККА отстала от армий своих возможных противников, у которых это дело давно налажено».

И только в августе 1930 года было создано первое дешифровальное подразделение при штабе РККА. Находилось оно в оперативном подчинении Спецотдела при ОГПУ и фактически входило в его состав. По штату оно называлось 13-м сектором 7-го отдела Штаба РККА. Приказом РВС СССР от 5 августа 1930 года было утверждено «Положение о 7-м отделе Штаба РККА».

В одном из пунктов этого Положения было записано, что на отдел возлагались вопросы организации дешифровальной работы, руководства и контроля за ней. «Начальник 7-го отдела в специальном отношении подчиняется начальнику Специального отдела при ОГПУ». Начальником военно-морского дешифровального сектора было решено назначить помощника начальника Спецотдела при ОГПУ Павла Хрисанфовича Харкевича (1896–?).

Развитие военной дешифровальной службы продвигалось быстрыми темпами. Менее чем через год 13-й дешифровальный сектор был реорганизован в 5-й отдел 4-го управления штаба РККА, но, как и раньше, остался в оперативном подчинении Спецотдела при ОГПУ. Все работники отдела имели хорошую языковую подготовку и зарекомендовали себя способными аналитиками. Ведущими специалистами в дешифровке военных шифров того времени были Борис Владимирович Звонарев (1899–1944), Карл Густавович Тракман (1887–1938), Павел Матвеевич Шунгский (1893–?) и др.

В области подготовки и обучения кадров Спецотдел ОГПУ сотрудничал со специальной дешифровально-разведывательной службой (далее — ДРС) ГШ РККА. 15 ноября 1929 года были открыты «Курсы совершенствования командного состава РККА», на которых готовились офицерские кадры шифровальной службы. Тогда же в Херсоне в режиме строжайшей секретности был организован отдел по подготовке офицеров шифровального дела. Именно выпускники херсонского отдела впоследствии принимали участие в разработке малогабаритной дисковой кодирующей машины К-37 «Кристалл», осуществившей настоящую революцию в шифровальном деле.

В январе 1931 года были созданы объединенные дешифровальные трехмесячные курсы по подготовке криптологов дипломатического и военного направлений с ежегодным выпуском 25 человек; а в 1932 году при ДРС — Центральные курсы по подготовке дешифровщиков. Начальником курсов был назначен П. Х. Харкевич, а преподавателями — И. А. Зыбин, И. М. Ямченко, Б. А. Аронский, Кильдишев. В 1934 году начальником этих курсов был назначен опытный криптолог Сергей Григорьевич Андреев, который работал в Спецотделе с 1921 года.

Эти курсы затем вошли в состав спецотделения Разведывательных курсов усовершенствования командного состава (РКУКС). С 1 сентября 1939 года на этих курсах началась подготовка военных криптологов. Два выпуска — 1939-го и 1940 годов в количестве 107 человек были направлены на укомплектование 10-го отдела РУ ГШ и отделений при военных округах.

Однако потребность в подготовке специалистов в должной мере не удовлетворялась, так как различные краткосрочные курсы не могли полностью обеспечить государство криптологическими кадрами как в количественном, так и качественном отношении.

В марте 1930 года начальником 1-й (шифровальной) части IV (Разведывательного) Управления Штаба РККА был назначен Э. Я. Озолин, а дешифровальный сектор 8-го отдела Штаба РККА был переведен в состав 5-го отделения Спецотдела при ОГПУ для обеспечения совместной работы над шифроперепиской иностранных государств.

В сентябре 1930 года 2-й отдел Управления делами НКВМД был реорганизован в 7-й отдел Штаба РККА, а уже 13 октября 1930 года — в 8-й отдел Штаба РККА. В штабах военных округов и флотов шифрорганы назывались 7-ми отделами, которые в феврале 1931 года были переименованы в военных округах в 8-е отделы, а на флотах — 10-е отделы.

В марте 1931 года в составе IV Управления (с 22 ноября 1934 года — 5-го Управления) Штаба РККА был создан 5-й (дешифровальный) отдел (начальник — П. Х. Харкевич). Военно-дешифровальный сектор 5-го отделения Спецотдела при ОГПУ был переведен в состав 5-го отдела IV управления Штаба РККА.

В связи с увеличением объема и повышением значения дешифровальной работы в 1932–1933 годах были созданы дешифровальные группы при ПП ОГПУ в Киеве, Тбилиси, Хабаровске, Ташкенте и Ленинграде, а затем в Чите и Владивостоке. Позже эти группы были преобразованы в дешифровальные отделения.

В 1931–1932 годах криптоотделы были созданы уже во всех военных округах, а к середине 1930-х годов численность криптослужб СССР в центре и на местах достигла около 500 человек, что полностью отвечало потребностям того времени. Сложилась достаточно эффективная система криптослужб, которые дешифровывали до 30 % всей перехваченной информации, что было прекрасным показателем для того времени.

В 1932 году было образовано дешифровальное отделение в Особой Краснознаменной Дальневосточной армии, а в 1935–1936 годах — в Забайкальском, Среднеазиатском и Киевском военных округах. Эти отделения, равно как и в центре, находились в оперативном подчинении ОГПУ.