Части специальной службы войск НКВД осуществляли ведение радиоразведки. На них возлагались задачи разведки эфира, осуществления радиоперехвата, шифрованной радиопереписки, предварительной обработки этих данных из радиосетей и радиоточек.

В целях повышения уровня подготовки и обучения специалистов-криптологов еще в августе 1940 года при 7-м отделе ГУГБ НКВД была создана криптологическая школа особого назначения (далее — ШОН) со сроком обучения в один год. С началом Отечественной войны эта школа перебазировалась в Уфу.

Непосредственным начальником ШОН был С. А. Коган. Криптологические дисциплины в школе преподавали такие криптологи, как А. В. Австриаков, Б. А. Аронский, И. И. Мишин, С. С. Толстой. Занятия по иностранным языкам вели как отечественные специалисты (А. П. Шумский, А. Д. Гичко, В. И. Кривош-Неманич и др.), так и иностранцы: китаец Киджи, француз Булей, немец Мориц и др.

В апреле-мае 1941 года в криптослужбу НКВД было мобилизовано около 50 молодых ученых Московского государственного университета (далее — МГУ) — математиков и физиков, а также выпускников Военной академии связи. Они не только смогли быстро найти в ней свое место, но и привнесли в криптоаналитическую работу новые идеи. Если «старые» специалисты умели кропотливо, шаг за шагом накапливать информацию о ключе шифра противника, то математики, анализируя логику построения лишь частично известного ключа, находили алгоритмы его существенного пополнения. Инженеры и физики начали создавать и внедрять в анализ шифров вспомогательную технику. Эти два фактора способствовали осуществлению качественного «рывка» в раскрытии часто меняющихся ключей вермахта.

В декабре 1942 года на базе ШОН НКВД и 3-го учебного отделения Высшей школы ГШ КА была организована Специальная школа 5-го Управления НКВД в составе двух отделений с десятимесячным сроком обучения. Первое отделение этой школы готовило кадры криптоаналитиков для дешифровки военной переписки, а второе отделение — для дешифровки дипломатической переписки. Получаемые в школе специальные и языковые знания позволяли ее выпускникам быстро включаться в работу.

В годы Отечественной войны подразделения дешифровальной службы пополнялись в основном за счет окончивших Специальную школу, в которой были подготовлены многие ведущие специалисты. Специальная школа, а также ряд криптологических подразделений, находящихся в Уфе, подчинялись А. И. Копытцеву. Вместе с передачей 3-го отделения Высшей школы ГШ КА в состав Специальной школы из НКО были переведены опытные криптологи, в том числе М. С. Одноробов, Н. В. Пишенин, Г. И. Пондопуло, М. И. Соколов, А. Ф. Яценко и др.

Одновременно в подразделениях криптослужбы принимались меры для повышения квалификации работавших там специалистов. Была создана система различных курсов по криптологии и изучению иностранных языков. Почти каждый сотрудник, имевший отношение к разработке шифров, изучал криптологию и, в той или иной мере, иностранный язык. В этот период в криптологическую практику все активнее внедрялись научные методы анализа, основанные на использовании закономерностей языка. Поэтому при наборе в криптослужбу отдавалось предпочтение лицам с физико-математическим образованием.

В целях организации и координации научных исследований и подготовки научных кадров в 1942 году в составе 5-го Управления НКВД был создан Криптографический совет и редакция «Криптографического сборника», в состав которой вошли Б. А. Аронский, С. С. Толстой, А. В. Австриаков и др.

За время войны Криптографический совет рассмотрел более 60 проблем и вопросов по основным направлениям специальной работы и подготовки кадров. В дальнейшем в «Криптографическом сборнике» публиковались наиболее важные результаты криптологических исследований, материалы по обмену опытом и повышению квалификации. В частности, он содержал 13 статей, в которых описывались аналитические методы раскрытия ручных шифров и кодов, но работ по анализу машинных шифров не было.

14 апреля 1943 года в связи с приближением советских войск к границам СССР решением Политбюро ЦК ВКП(б) № П40/91 «Об образовании НКГБ СССР» и постановлением СНК СССР № 393–129сс из состава НКВД опять был выведен НКГБ. Шифровально-дешифровальное дело и спецсвязь перешли в 5-е Управление НКГБ. Его начальником стал комиссар госбезопасности И. Г. Шевелев, а его заместителями — комиссар госбезопасности А. И. Копытцев и старший майор госбезопасности Сергей Викторович Покотило (1903–?).

Для ведения шифропереписки в составе НКВД приказом № 00776 от 28 апреля 1943 года был создан 2-й спецотдел, начальником которого стал подполковник госбезопасности А. Воробьев, а с 1944 года по 21 марта 1949 года был подполковник В. Романов. По состоянию на 1 апреля 1945 года спецотдел имел по штату 52 человека, а в наличии — 49 человек. 3 мая 1949 года приказом МВД № 544 начальником спецотдела был назначен полковник И. И. Филаткин, служивший до этого заместителем начальника Управления кадров МВД.

Окончание Второй мировой войны и изменения в мировом геополитическом положении подтолкнули советское правительство к реорганизации органов власти и государственной безопасности. Так, 15 марта 1946 года 5-я сессия Верховного Совета СССР приняла Закон о преобразовании Совета народных комиссаров СССР в Совет министров СССР, а народных комиссариатов — в министерства.

Таким образом, НКВД превратился в МВД, НКГБ — МГБ, НКИД — МИД, НКО — МО и т. д. Приказом НКГБ № 00107 от 22 марта 1946 года 5-е (шифровально-дешифровальное) Управление НКГБ стало 6-м Управлением МГБ. Его начальником стал генерал-лейтенант И. Г. Шевелев, а его заместителем — генерал-майор А. И. Копытцев.

В первые послевоенные годы подготовка и переподготовка специалистов-криптологов осуществлялась в основном путем командирских занятий с сотрудниками. С 1946 года при Высшей школе МГБ были организованы криптологические курсы. Учебный план и программы курсов были одобрены Криптографическим советом и утверждены министром госбезопасности. С 1947 года в 6-м Управлении МГБ было организовано учебное отделение, которое организовывало специальную, чекистскую и языковую подготовку, а также обеспечивало учебные группы справочной и учебной литературой через библиотеку и размножало криптологическую литературу и материалы на иностранных языках.

25 февраля 1946 года Красная армия была переименована в Советскую армию, ставшую дальнейшим продолжением развития единых Вооруженных сил (далее — ВС) Советского Союза.

20 августа 1946 года Решением Политбюро ВКП(б) была утверждена новая концепция структуры госбезопасности и ее направлений деятельности. Она предполагала дальнейшее разделение органов госбезопасности и создание независимых и конкурирующих между собой спецслужб, причем Секретариат ЦК ВКП(б) выступал в этой схеме как арбитр.

На выполнение данной концепции в мае 1947 года на базе 1-го ГУ МГБ и ГРУ ГШ ВС было образовано новое разведывательное ведомство — Комитет информации при Совете министров СССР, который просуществовал до 1951 года. В его состав вошел и дешифровальный отдел ГРУ ГШ ВС, который был реорганизован в 7-е Управление Комитета информации.

В настоящее время в зарубежной и отечественной литературе есть много публикаций о заграничных электромеханических шифровальных машинах, вплоть до описаний принципов их действий и фотографий. При этом аналогичных публикаций о советской шифровальной технике (даже устаревшей и снятой с эксплуатации) до сих пор очень мало. Недостаточность информации по этому вопросу создает ошибочное впечатление, что шифровальное дело в СССР по части автоматизации сложнейших процессов шифрования безнадежно отстало от передовых стран мира. Но в действительности это не так.