Бекет получил хорошее образование. Он не блистал успехами в учебе, но был чрезвычайно обаятельным человеком и умел вызывать симпатию окружающих. Теобальд Кентерберийский обратил внимание на юношу и взял его под своё покровительство в 1142 г.

Бекет оказался чрезвычайно полезным для Теобальда. Архиепископ послал юношу в Рим, чтобы добиться поддержки папы в своем упорном нежелании короновать Юстаса, и Бекет выполнил всё, что от него требовалось, легко и непринуждённо. Он так же очаровал папу, как и архиепископа.

Когда Теобальд почувствовал, что возраст не позволяет ему деятельно бороться с Генрихом II за права церкви, ему пришла в голову, как ему казалось, гениальная идея. Он стал убеждать Генриха назначить Бекета на пост канцлера (пост современного премьер-министра). Если Генрих согласится, он, разумеется, поручит Бекету вести переговоры по делам церкви, и Теобальд не сомневался, что его протеже сумеет убедить короля пересмотреть свои позиции.

Согласие было получено; Бекет получил назначение. Теперь он взялся очаровывать короля. Он стал его постоянным компаньоном, разделяя с ним все удовольствия, присутствовал на всех пирушках и жил в роскоши. Бекет был главным советником Генриха, с блеском исполнял все поручения короля. Однако, к ужасу архиепископа, в вопросах главенства государственной юрисдикции над церковной Бекет принял сторону короля, ратуя за то, что правосудие должно быть общим для всех жителей страны, независимо от их принадлежности к светским или духовным лицам.

В 1161 г. Теобальд умер. Он был одной из главных фигур, стоявших на пути религиозной политики Генриха, и вот теперь это препятствие исчезло. Генриху надо было найти и назначить на место Теобальда человека, который бы более лояльно относился к пожеланиям короля. Разумеется, назначение архиепископа было прерогативой папы, но папа, безусловно, не отказался бы назначить на этот пост того, кто устраивал короля, — если данная кандидатура устраивала также и папу.

Генриху явилась та же гениальная мысль, какая прежде пришла на ум Теобальду. Если прежде Теобальд сделал своего преданного слугу канцлером, так и Генрих решил сделать (теперь уже своего) преданного слугу архиепископом Кентерберийским. Иметь своего человека в Кентербери — значило уладить всё разом.

Сам Бекет сопротивлялся этому назначению. Теперь, на расстоянии стольких лет, трудно судить, что было на уме у человека, тем более такого непростого, как Бекет, но, видимо, он полагал, что, какую бы роль он ни играл в жизни, он должен исполнять её хорошо.

Будучи помощником архиепископа, он был очень добросовестным и деятельным помощником и служил Теобальду верой и правдой. Став королевским канцлером, он исполнял свои обязанности столь же добросовестно, даже тогда, когда они противоречили его прежним убеждениям. Если он станет архиепископом Кентерберийским, он должен быть хорошим архиепископом и ревностно исполнять свой долг, даже если ему снова придется поменять убеждения.

Либо он не вполне ясно объяснился с Генрихом, либо Генрих отмахнулся от его объяснений, но в 1162 г. Томас Бекет стал тридцать девятым архиепископом Кентерберийским.

Он сразу изменился. Он отказался от должности канцлера, поскольку полагал, что не может одновременно исполнять обязанности канцлера и архиепископа. (Это огорчило и озадачило Генриха, поскольку он не видел здесь противоречия. По его мнению, единственное, что требовалось от Бекета на обоих постах, — это исполнять волю короля.)

Новый архиепископ отказался от всех радостей жизни и стал истинным аскетом. Более того, он занял позицию Теобальда в отношении церкви, и даже ещё более крайнюю и непримиримую. Разъярённый король поминал ему его прежние деяния в роли канцлера, на что Бекет отвечал: «То было мое мнение на посту канцлера, а это — на посту архиепископа».

Генрих понимал, что перехитрил сам себя, и не помнил себя от гнева. Это было не просто противодействие. Оно исходило от Бекета; Бекета, его собственного выдвиженца, тщательно выбранного среди многих. Терпеть Бекета в качестве противника — это было слишком. Дружба между королём и бывшим канцлером окончательно рухнула, и началась война не на жизнь, а на смерть.

Генрих настаивал на своем, и под его яростным напором испуганные клирики начали сдавать позиции, и даже папа Александр III (у которого были свои неприятности с соперниками, претендовавшими на папский престол, и который нуждался в поддержке Генриха) принялся урезонивать Бекета. Даже когда большинство церковников дрогнули, Бекет твёрдо стоял на своём, и только повеление папы вынудило его пойти на переговоры с королём.

В 1164 г. в Кларендоне (около Солсбери) был созван собор. Там Генриху II удалось достичь соглашения с Бекетом и другими епископами, согласно которому взаимоотношения между церковью и государством восстанавливались в той форме, в какой они существовали при нормандских королях, в частности при Генрихе I.

Кларендонские конституции повысили значимость королевских судов и ограничили юрисдикцию судов церковных. В частности, священнослужители, обвинённые в убийстве, лишались сана, и их дела передавались в королевский суд. Убийцы-клирики, другими словами, могли быть повешены за первое убийство, а не за второе.

Конституции также ограничили право прелатов отлучать от церкви: такая мера отныне не могла применяться к подданным короля без его согласия. Они запрещали клирикам покидать страну или обращаться к папе без разрешения короля (этот запрет был введен при нормандской династии). Что же касается назначений епископов и присяги на верность королю, здесь сохранялась процедура, установленная соглашением 1107 г. при Генрихе I.

В целом это была победа короля, но, как только конституции были обнародованы, папа, упрочивший к этому времени свою позицию, отказался их утвердить, и Томас Бекет сразу заявил, что это освобождает его от данной им клятвы соблюдать договорённость.

Отчаявшийся Генрих ответил ударом на удар. Он начал проверку финансовых операций Бекета на посту канцлера, и собственность экс-канцлера была конфискована, поскольку он отрекся от своих обязательств перед королем. Было ясно, что проверка даст такие результаты (король настаивал на этом), которые позволят Генриху принять самые суровые меры против Бекета, и архиепископ Кентерберийский поспешно покинул страну и отплыл во Францию.

Оказавшись во Франции, Бекет воспользовался самым страшным оружием в борьбе против своего бывшего друга: он обратился к папе с просьбой об отлучении всего английского королевства от церкви (это означало запрет на функционирование всех религиозных институтов королевства — самая ужасная мера, которая имелась в распоряжении церкви).

Папа Александр, хотя и желал поддержать архиепископа, всё же не хотел заходить так далеко. Он всячески стремился примирить короля и Бекета, опасаясь, что разразившийся скандал приведёт к катастрофическим последствиям для церкви в целом. В 1170 г. состоялось формальное примирение, при том что обе стороны не скрывали своей ненависти.

Возвратившийся в Кентербери Бекет получил новый удар по самолюбию, хотя и не связанный с церковной юрисдикцией и Кларендонскими конституциями. Незадолго до его возвращения Генрих II решил короновать своего старшего сына и объявить его своим преемником. Обычно такая коронация проходила при участии архиепископа Кентерберийского. Поскольку в то время Бекет отсутствовал, Генрих поручил коронацию архиепископу Йоркскому.