В это время Шкаки неоднократно задерживается израильской службой безопасности, а в 1987 году за подстрекательство к террористической деятельности и контрабанду оружия в Сектор Газа приговаривается военным трибуналом к четырем годам заключения и пяти годам лишения свободы условно. В августе 1988 года израильскими властями принимается решение освободить Шкаки из заключения и выслать его на территорию Ливана. Оказавшись на свободе, Шкаки перебирается в Сирию и с присущей ему энергией разворачивает масштабную террористическую войну против Израиля.

В 1987 году — последнем году перед интифадой — «Джихад» провел ряд террористических актов, в основном на территории Сектора Газа. Новая страница в истории организации начинается с убийства израильского офицера армейской полиции 6 октября 1987 года. Во время следующего теракта — засады, устроенной боевиками «Исламского джихада», погибли двое израильтян и шестеро террористов. Лидеры организации с полным основанием утверждают, что именно с этого нападения на армейский джип началась интифада. И далее организация Шкаки поддерживает активность интифады, сводя на нет попытки мирного разрешения ситуации. «Джихадом» были впервые использованы террористы-смертники, лишь потом этот бесчеловечный опыт переняли другие террористические организации, в частности ХАМАС. Усилиями израильской службы безопасности ШАБАК многие активные члены «Джихада» были арестованы и депортированы на территорию Ливана. Это хотя ослабило влияние и активность организации внутри Сектора Газа, но не способствовало решению проблемы в целом. «Джихад» перенес свои действия на различные регионы Израиля.

В 1988 году — поджег лесов в заповеднике Кармель, на севере страны.

6 июля 1988 года — террористический акт на линии автобуса, следовавшего маршрутом Тель-Авив — Иерусалим. С криками «Аллах акбар» террорист набросился на водителя автобуса и силой вывернул руль. Водитель, вступивший в схватку с террористом, не смог предотвратить трагедию. Переполненный автобус сорвался с 30-метровой высоты в ущелье. В результате теракта 16 человек погибло, 27 получили тяжелые ранения.

В феврале 1990 года во время нападения на туристический автобус в Египте убиты девять израильских граждан.

Стало очевидным, что гуманное решение израильских властей о высылке из страны лидеров и функционеров «Джихада» было ошибочным. Десятки палестинцев, высланные в Ливан, прошли настоящую школу террора. Воспользовавшись сложившейся ситуацией, Фатхи Шкаки реорганизовывает свою организацию, укрепляя и расширяя тесные контакты со «Стражами Исламской революции» и «Хизбаллой», базирующимися на территории Ливана. Основная активность организации переносится с Сектора Газа на территорию Ливана. Фатхи Шкаки расширяет политические контакты организации. Ее представительства организовываются в Бейруте, Дамаске, Тегеране, Хартуме, Аммане, Триполи и во многих европейских столицах. Потерпев несколько поражений в прямых военных столкновениях с Израилем, его агрессивно настроенные соседи видят в «Джихаде» действенный инструмент политической и вооруженной конфронтации, позволяющий им самим оставаться в тени и даже разыгрывать миротворческую карту. Это устраивает многие европейские страны, ведущие собственную игру на Ближнем Востоке, и объединяет лидеров арабских стран, повышая их политический вес. Это понимает и сам Фатхи Шкаки и умело использует ситуацию. На счета его организации устремляются значительные финансовые потоки. Ливийские спецслужбы, стараясь укрепить свое влияние на ближневосточные процессы, начинают активно сотрудничать с «Джихадом» и берут на себя обязанности по обеспечению безопасности лидеров «Джихада», в первую очередь самого Шкаки.

После соглашения в Осло в 1993 году и мирного договора между государством Израиль и Хашимитским королевством Иордания 26 октября 1994 года ситуация на Ближнем Востоке коренным образом изменяется. Существовавший среди арабских государств раскол еще больше усиливается. Под нажимом Сирии создается так называемый Новый Фронт Сопротивления, так называемый «Союз десяти», в котором Фатхи Шкаки становится не только постоянным членом, но одним из центров политического влияния. Его главная цель остается прежней — уничтожение Израиля любыми доступными ему средствами.

С этой целью «Джихад» сближается с наиболее влиятельной на территории Сектора Газа организацией ХАМАС. Ранее «Джихад» искал поддержку у более образованной части палестинцев — интеллектуалов и студентов — и представлял как бы элитарное крыло палестинского радикализма. Теперь ситуация изменилась, и на смену бывшему соперничеству с ХАМАСОМ пришло тесное сотрудничество. Это стало проявляться начиная с 1994 года, когда образование Палестинской администрации потребовало от обеих организаций — «Джихада» и ХАМАСА — объединения усилий с целью придания себе политического веса. Их общей идеологией был непримиримый радикализм, оружием — террор. Особенно привлекает Шкаки освоенная ХАМАСОМ тактика использования террористов-смертников. С этих пор обе организации совместно планируют и осуществляют террористические акции. Наиболее впечатляющим примером такого сотрудничества стало проведение террористического акта на перекрестке Бейт-Лид.

Воскресенье 22 января 1995 года, 9.15 утра. На перекрестке Бейт-Лид, как всегда в это время, полно солдат срочной службы, в основном десантников, возвращающихся после субботнего отпуска на свои базы. Кто-то ждет автобуса или голосует, кто-то досыпает прямо на земле, устроившись на армейском бауле, кто-то пьет кофе у придорожного киоска. Все как обычно в эти часы на этом месте… Никто не обратил внимания на одетого в армейскую форму человека с огромной сумкой на плече. Террорист смешался с солдатами у киоска и привел в действие спрятанный в сумке заряд. Тела погибших и раненых были разбросаны взрывом на десятки метров. Когда опомнившиеся от шока уцелевшие солдаты и проезжавшие мимо люди бросились спасать раненых, раздался второй взрыв. От первого его отделяло не более трех минут. Картины страшнее нельзя было вообразить. Остановка превратилась в кровавое месиво из разорванных, обезображенных, обгоревших тел и их фрагментов, искореженного оружия и амуниции. Отовсюду раздавались стоны и крики о помощи. Это был ад, каким можно его представить на земле — так потом вспоминали прибывшие на место спасатели. Погибло 19 человек, тяжело ранено 34 (общее число раненых — 68), подавляющее большинство жертв в возрасте 18–19 лет. В это утро Израилю был нанесен тяжелый удар, потрясший всю страну. Израильская служба безопасности ШАБАК дала своим гражданам обещание найти и покарать всех виновных в этом преступлении.

Ответственность за теракт взял на себя «Джихад». Двое террористов-смертников, входящих в организацию: 23-летний Ануар Мухамад Сукар, сын палестинского полицейского, три месяца назад выпушенный из израильской тюрьмы после 11-месячного заключения, и 25-летний Сапах Абад Шакер, фельдшер по специальности, проникли на территорию Израиля из Сектора Газа. Каждый из них оставил после себя записку такого содержания:

Я хочу взорвать себя по дороге в рай.

Последствия теракта могли быть еще более тяжелыми. Примерно через год израильская служба безопасности задержала палестинца, который должен был в тот день стать третьим смертником, взорвавшим себя, когда на место прибудут спасатели и антитеррористические службы. Однако он не выдержал картины страшной бойни, спрятал взрывное устройство в саду неподалеку и скрылся. Спустя год это устройство оставалось на том же месте, и несостоявшийся смертник привел к нему израильских оперативников.