Более продвинутые черепахи мало отличались от современных. Некоторые роды, например, Allopleuron, благополучно пережили позднемеловое вымирание и просуществовали с сеномана вплоть до олигоцена.

Родство некоторых мезозойских рептилий, даже несмотря на большое количество находок, остаётся неясным. До сих пор загадочен отряд диапсид Choristodera, включающий несколько семейств, из коих самое известное — Champsosauridae. Появились они не то в конце триаса, не то в середине юры, а дожили аж до раннего миоцена, преодолев позднемеловое вымирание. Разные хористодеры выглядели по-разному. Некоторые — монгольская Tchojria namsarai и европейско-североамериканские Champsosaurus были очередными аналогами крокодилов-гавиалов с очень странной задней частью черепа, как будто сплетённой из широких костных лент; некоторые достигали 3,5 м длины. Китайские Hyphalosaurus были совсем другими: с крошечной головкой на длинной тонкой шейке и очень длинным хвостиком, типа пресноводных восьмидесятисантиметровых плезиозавриков. Найдены буквально тысячи скелетов гифалозавров; благодаря такому изобилию удалось найти даже супер-редкостную аномалию — двухголового детёныша. Конечно, в природе у таких мутантов шансов на выживание практически нет, но помечтать о начале эволюционной линии двухголовых (а там, глядишь, и трёхголовых) вполне можно. Некоторые хористодеры, возможно, заботились о своём потомстве; по крайней мере, так можно интерпретировать находку в раннемеловом слое в Ляонине скелета взрослого Philydrosaurus splendens с шестью детёнышами рядом.

Другая странная плавающая рептилия — клювоголовый Ankylosphenodon pachyostosus из альба Мексики. Судя по его постоянно растущим зубам с очень низкой широкой тупой конической вершинкой, это был ценитель водорослей. Вегетарианская диета нестандартна для водных рептилий; впрочем, современные галапагосские морские игуаны Amblyrhynchus cristatus выбрали такую же экологическую нишу.

Меловые чешуйчатые Squamata переживали расцвет. В первую очередь это касается ящериц Lacertilia. На протяжении почти всего мела их разнообразие стремительно росло. Более того, оно было вполне сопоставимо с кайнозойским, а по самым оптимистичным оценкам — даже больше! Особенно много ящериц найдено в верхнемеловых отложениях Монголии и северного Китая: и вараны, и сцинки, и гекконы, и обыкновенные ящерицы, и игуаны, и агамы, и хамелеоны, и ещё куча специфических групп. Однозначно отнести меловых ящериц к современным группам часто не получается; например, Adamisaurus magnidentatus по форме своих крупных конических зубов похож скорее на сцинков и гекконов, а по строению нижней челюсти — на агам. Chamaeleognathus iordanskyi похож на хамелеона, но был растительноядным, причём первым обрёл стригуще-режущий тип укуса. Сцинкоподобная Globaura venusta и её родственники имели двух-, а иногда и трёхбугорковые зубы; Polyglyphanodon sternbergi тоже был растительноядным, а у родственного Tuberocephalosaurus pompabilis развился даже намёк на гетеродонтность — кроме туповатых задних зубов, имелись более острые и длинные передние. Клыкоподобными передними зубами обладали и похожие на агам Aprisaurus bidentatus и несколько видов Gilmoreteius (он же Macrocephalosaurus); черепа гилморетейусов достигали более 10 см длины — приличный размер для ящерицы. Монгольские вараноиды Estesia mongoliensis, судя по позвонкам, вырастали больше двух метров длиной и могли составить неплохую конкуренцию мелким хищным динозаврам.

Некоторые ящерицы, избегая хищников, в который уже раз учились планировать на перепонках, натянутых на растопыренных рёбрах, примером чему родственник агам и хамелеонов Xianglong zhaoi — очередной аналог летучего дракончика. Другие ящерицы, напротив, поплотнее прижимались к земле и даже закапывались в неё. Сцинкоподобная Slavoia darevskyi, судя по маленькими глазкам, вроде бы должна была быть роющей, но большие развитые ноги этому противоречат. Sineoamphisbaena hexatabularis — возможная родственница амфисбен, безногих подземных рептилий; впрочем, сходство запросто может быть и конвергентным. Её череп почти круглый при взгляде сверху, с короткими и широкими челюстями, но, в отличие от амфисбен, с заглазничными и верхними височными дугами. Развитые передние лапки (про задние мы не знаем) тоже отличают синеоамфисбену от современных амфисбен.

Строение не только скелета, но и мягких тканей можно увидеть на многочисленных ящерицах из янтарей Ливана, Франции и Бирмы. Лучше всех сохранилась древнейшая веретеница Barlochersaurus winhtini — крошечная, ещё сохранявшая коротенькие ножки, в отличие от своих змееподобных потомков.

Одно из важнейших направлений эволюции ящериц — уход их в воду. В частности отлично научились плавать вараны, чем, видимо, обеспечили себе успешную конкуренцию с хищными динозаврами, которые по большей части старались не соваться в реки и озёра. Были и альтернативные линии, например, монгольский Paravaranus angustifrons из игуановых (кстати, сравнительно близкий родственник юрского баваризавра, съеденного компсогнатусом). Эта мелкая ящерка, видимо, жила в основном на суше, но в строении её черепа есть удивительно много сходств с гигантскими морскими мозазаврами: удлинённые носовые отверстия, узкая лобная кость, специфические особенности строения костей крыши черепа и нёба.

Мозазавры Mosasauria (или Mosasauroidea) — новая ужасная напасть, заселившая моря и терроризировавшая солоноводных жителей от аммонитов до ихтиозавров. Мозазавры — отличный пример способности ящериц к освоению новых экологических ниш. Начальные этапы их эволюции теряются в раннемеловом тумане: предками предполагались вараны, змеи, ещё не потерявшие ноги, сцинкогеккономорфы, игуаноморфы-макротейиды и полуводные айгиалозавры. Среди последних соблазнительно выглядят сеноманские хорватские Aigialosaurus dalmaticus и Opetiosaurus bucchichi — в строении их чрезвычайно вытянутых тел очевидно угадывается ящерица типа варана, с острой тонкой мордой, одинаковой длиной рук и ног, с ещё неслившимися в плавники пальцами и крайне длинным гребным хвостом. Однако, хотя череп айгиалозавров действительно очень похож на мозазавровый, сходство это, вероятно, конвергентное.