На Украине, входившей в состав Речи Посполитой, началось восстание. Во главе его стоял авторитетнейший казацкий старшина, избранный гетманом, — Богдан Хмельницкий. Правительственные войска были изгнаны из Запорожской Сечи. Польское правительство направило против Хмельницкого армию во главе с коронным гетманом Николаем Потоцким. Но небольшой отряд Хмельницкого у урочища Желтые Воды нанес правительственным войскам сокрушительное поражение. Народные волнения охватили украинские и белорусские земли. Хмельницкий начал переговоры с русским правительством о воссоединении с Россией украинских земель, входивших, как мы знаем, в состав Древнерусского государства. Но правительство Алексея Михайловича, опасаясь войны с Польшей, к которой оно еще не было готово, медлило с принятием положительного решения.

1649 — Несмотря на ряд новых поражений, которые Хмельницкий нанес правительственным войскам, в августе он вынужден был подписать мирное соглашение с Польшей в Зборове. К этому принуждала гетмана и позиция крымского хана, за выкуп заключившего мир с Польшей и теперь угрожавшего восставшим. Однако Польский сейм не утвердил Зборовского договора, и война продолжалась. Хмельницкий нанес правительственным войскам еще ряд поражений.

1650 — Восстания произошли в Пскове и Новгороде. Поводом для волнений в Пскове явился резкий подъем цен на хлеб, вызванный тем, что купец Федор Емельянов по поручению правительства произвел закупки хлеба по высоким ценам для передачи Швеции (в качестве компенсации за уход населения с отошедших к Швеции русских земель). Хотя воевода Н. С. Собакин уступил настоятельным просьбам посадских людей и запретил вывоз хлеба, «боясь ... убийства», приезд шведского агента Логина Нумменса вызвал новую вспышку недовольства. Нумменса задержали, а двор Федора Емельянова разгромили. В марте волнения вспыхнули и в Новгороде. Новгородский воевода князь Ф. А. Хилков укрылся в палатах митрополита Никона, в Пскове под арест были посажены воевода Собакин, приехавший сменить его князь В. П. Львов и присланный из Москвы для следствия князь Ф. Ф. Воротынский.

Прибытие посланного из Москвы карательного отряда, вызвавшее разброд среди восставших и нежелание стрельцов оказать сопротивление И. Н. Хованскому, присланному из Москвы для подавления восстания, привело к тому, что инициаторы волнений в Новгороде были схвачены и взяты под стражу. Псковичи оказались более твердыми; Хованского в город не впустили и стали укреплять оборонительные сооружения. Власть перешла к выборным во главе с земским старостой Гаврилой Демидовым. На сторону восставших перешли и псковские пригороды — Гдов, Изборск, Остров, а также крестьянское население этих уездов. После долгих переговоров делегации Земского собора удалось склонить псковичей и прежде всего «служивых людей» — пушкарей, казаков и стрельцов — к крестному целованию.

1653 — 1 октября Земский собор, откликаясь на предложение Богдана Хмельницкого, принял решение о воссоединении Левобережной Украины с Россией.

1654 — 8 января в Переяславле (ныне Переяслав) состоялась рада, на которой присутствовали представители казачьих полков и городов. Рада единодушно высказалась за воссоединение с Россией Левобережной Украины с городами Черниговом, Новгород-Северским, Переяславлем, Полтавой, а также древней столицей Руси Киевом. В марте на переговорах в Москве были оговорены особые права Украины: ее население сохраняло право избирать гетмана и старшину, имело свой суд, свое войско; сохранялось самоуправление городов. Крестьяне в отличие от крестьян России могли менять местожительство, распоряжаться своей землей, строениями и имуществом.

В мае того же года русские войска двинулись к польской границе. Были взяты города Белый, Дорогобуж, затем — в августе — Орша и Могилев, в сентябре — Смоленск.

Весной того же года в Москве был созван церковный собор, на котором Никон, ставший в 1652 г. патриархом, потребовал проведения церковной реформы — отмены тех обрядов, которые он посчитал нововведениями и не соответствующими практике современной греческой церкви, в частности, он предлагал ввести троеперстие (креститься тремя перстами вместо двух) и заменить земные поклоны поясными. Но именно это «возвращение к старине» (как ее понимал и трактовал Никон) представлялось покушением на традиции и старые обряды бывшим единомышленникам Никона по «кружку ревнителей благочестия». Тогда Никон отправил в ссылку наиболее активных своих противников — Ивана Неронова, протопопа Аввакума, дьякона Федора.

1655 — Этот год внес существенные коррективы во внешнюю политику Русского государства. Шведский король Карл X начал войну с Польшей и на первых порах добился существенных успехов: 8 сентября была взята Варшава, затем Краков, король Ян Казимир бежал из страны. Отдельные представители польской администрации подписывали сепаратные соглашения, передавая под протекторат Швеции значительные области страны, в том числе Ливонию. Русским предстояло определить свою позицию в этой ситуации, так как возрастание могущества Швеции не могло их не тревожить. На заключении мира с Польшей и выступлении против Швеции особенно настаивал видный государственный деятель и дипломат А. Л. Ордин-Нащокин. Но пока война продолжалась. В июле русскими войсками были взяты Минск, Вильно, Ковно, Гродно.

1656 — Русское государство предпринимает ряд дипломатических акций, стремясь привлечь к борьбе со Швецией и Данию. Тем временем положение в Польше изменяется: на захваченных шведами территориях растет сопротивление; вернувшийся в страну Ян Казимир собирает силы для отпора шведам. Русское государство 17 мая объявляет войну Швеции и достигает немалых военных успехов: войско, в рядах которого находился и сам Алексей Михайлович, штурмом берет крепости Динабург (вблизи современного г. Даугавпилс) и Кокнес (современный Кокнесе, на правом берегу Даугавы), осаждает Ригу. В октябре сдался Юрьев, однако осаду Риги пришлось снять. Воевода Петр Потемкин осаждал Орешек (крепость на острове в истоках Невы), взял крепость Ниеншанц (на месте впадения Охты в Неву, ныне в пределах Петербурга), нанес поражение в бою у острова Котлин в Финском заливе.

В этой обстановке и начались в Вильно мирные переговоры с Польшей. Россия добивалась передачи всех земель Великого княжества Литовского, поляки, напротив, требовали возвращения земель, занятых русскими в ходе войны. Рассматривался и вопрос о провозглашении Алексея Михайловича преемником бездетного Яна Казимира. Но переговоры зашли в тупик, и результатом их явилось лишь перемирие, заключенное для совместной борьбы со Швецией.

Тем временем в Москве Никон продолжал развивать свою реформу: церковный собор вынес решение отлучить от церкви всех защитников старых обрядов.

1657 — Шведские войска безуспешно пытались овладеть Псково-Печерским монастырем и столь же безуспешно осаждали крепость Гдов. Отступивших от стен Гдова шведов настиг воевода И. А. Хованский и нанес им сильное поражение: шведский полководец Магнус Делагарди был вынужден утопить свои пушки в Чудском озере. Русские полки подошли к стенам Нарвы, вывели из посада около тысячи мирных жителей.

27 июля умер Богдан Хмельницкий. Это серьезно осложнило положение Украины: преемник Хмельницкого — гетман И. Выговский — придерживался пропольской ориентации, стремился к обособлению от России.