В Москве послы Сигизмунда вновь перестали признавать за российским государем царский титул. Этим они давали знак боярской верхушке: дружба короля с Лжедмитрием закончилась. Встречный сигнал не заставил себя ждать. Когда в Краков с дипломатической миссией прибыл Иван Безобразов, кроме грамот Лжедмитрия он привез секретное послание от бояр. Те писали о своем намерении избавиться от самозванца, а на трон пригласить сына Сигизмунда, королевича Владислава. Таким образом, клубок интриг запутался окончательно. Паны надеялись использовать помощь царя, чтобы лишить трона Сигизмунда III, а бояре искали соглашения с королем, чтобы избавиться от Лжедмитрия I. Одновременно в России полным ходом шла подготовка к царской свадьбе.

После нее самозванец собирался идти с армией к Азову. Цель была достаточно скромной. С помощью казаков Лжедмитрий планировал изгнать турок из устья Дона. Опорной базой на время подготовки стал Елец. Крепость предварительно укрепили и расширили. В городе устроили склады военного снаряжения и продовольствия. На реке Вороне у ее впадения в Дон начали строить суда. Весной 1606 года подготовка к походу вступила в решающую фазу. С разных концов страны к местам сбора шли отряды ратников. Главные силы концентрировались в Москве и ее окрестностях. В числе прочих в столицу прибыли отряды новгородских дворян. Несмотря на сравнительно малую численность, не более двух тысяч человек, они сыграли важную роль в последующих событиях. Ратниками Новгорода несколько поколений командовали князья Шуйские. И там у них было много преданных сторонников. С приходом в Москву новгородцев у заговорщиков появилась пусть небольшая, но верная предводителям военная сила.

Бояре не были уверены в поддержке Москвы. При малейшей возможности отыграть назад, они, вероятно, так бы и сделали. Но слишком уж красноречиво самозванец стягивал верные силы к столице, а не в Елец. Кроме нескольких тысяч московских стрельцов в Кремле снова появились ратники из Северской земли. В район Серпухова прибыли отряды детей боярских из Путивля и Рязани. По столичным улицам гарцевали жолкнеры, приведенные Юрием Мнишеком. Кроме того, к Москве шли четыре тысячи терских казаков во главе с новым самозванцем, «царевичем Петром». Он провозгласил себя сыном Федора Иоанновича и Ирины Годуновой, то есть племянником «царя Дмитрия». С одной стороны, казаки были — вроде как — мятежными и в столицу двигались по своей инициативе, а с другой — бояре подозревали, что Лжедмитрий переписывается с «Петром», имея на того какие-то тайные виды. Не исключено, что «вора Петрушку» и его соратников Лжедмитрий собирался использовать для расправы с Думой. На казаков потом можно было свалить всю ответственность за кровопролитие. Шуйский и его сторонники понимали, что времени у них немного.

Помолвка Лжедмитрия с Мариной Мнишек вызвала грандиозный скандал. Митрополит Гермоген в разговорах с самозванцем неоднократно требовал крещения невесты по православному обряду. Накануне свадьбы, видя, что приватные уговоры не помогают, казанский архипастырь публично выступил против брака государя с католичкой. Разъяренный этой «встречей» самозванец приказал лишить Гермогена сана и отправить в тюрьму. По одним данным, этот приказ был немедленно выполнен. По другим — митрополита лишь выслали в Казань, а до заточения дело не дошло. Характерно, что бояре не заступились за опального. Наоборот, заговорщики довольно потирали руки. Ведь Гермоген был широко известен в стране как ревностный служитель православия, и его опала бросала тень на репутацию самозванца.

Первоначально торжество намечалось на 4 мая 1606 года, но из-за возникших процедурных сложностей его перенесли на 8 мая. Самозванец после венчания собирался короновать супругу. Обе церемонии включали в себя миропомазание. Патриарх Игнатий согласился считать, что миропомазание заменит акт обращения Марины в православие. Поскольку в обряде было много нового и непривычного, церемония затянулась, и самозванец перенес свадебный пир с четверга на пятницу, которая пришлась на Николин день. Таким образом, в один из самых важных православных праздников царская чета так и не появилась в церкви. В результате уже с 12 мая по столице поползли слухи, что царь — поганый, некрещеный иноземец, ест нечистую пищу и оскверняет московские святыни.

Первые волнения произошли 14 мая. В этот день гайдук князя Вишневецкого, избив одного из посадских, скрылся за воротами дома, в котором жил его господин. Москвичи осадили двор и потребовали выдать виновного. К вечеру возле ворот собралось около четырех тысяч человек. Всю ночь улицы города заполняли возмущенные толпы. Утром столкновения с иноземными солдатами продолжились. Стороны подавали друг на друга бесчисленное количество жалоб, но власти их игнорировали. Народ был сильно зол на наемников, однако попытки агитировать против Лжедмитрия заканчивались плачевно. Несмотря на все толки и пересуды, самозванец не утратил популярности у простого люда. Тогда заговорщики решили выступить под маской спасителей царя от поляков, подтолкнув народ к расправе с ненавистными иноземцами.

На рассвете 17 мая 1606 года Василий Шуйский собрал у себя на подворье участников заговора и двинулся с ними через Красную площадь к Кремлю. Когда у Фроловских ворот появились Голицын и братья Шуйские, стрельцы спокойно их впустили. За боярами в Кремль ворвались около 300 вооруженных дворян. Стража в панике бежала, а вожди заговорщиков велели бить в колокола. Это был сигнал для противников самозванца. Чтобы на помощь Лжедмитрию не смогли прийти польские роты, с площади во все стороны поскакали глашатаи, кричащие: «Братья, поляки хотят убить царя и бояр, не пускайте их в Кремль!» Москвичей долго уговаривать не пришлось. Улицы моментально покрылись рогатками и баррикадами. Наемники Мнишека оказались блокированы в своих домах. Тем временем ведомая заговорщиками толпа ворвалась во дворец и обезоружила царских гвардейцев. Петр Басманов, оказавший сопротивление мятежникам, был убит на месте.

Самозванец пытался бежать. Выпрыгнув из дворцового окна, он вывихнул ногу и потерял сознание. Нашедшие Лжедмитрия северские стрельцы отнесли его в палаты, но спасти не смогли. Мятежники обнаружили убежище, разоружили стрельцов, а самозванца убили. Обнаженный труп выбросили на площадь, туда, где годом раньше палач собирался обезглавить Василия Шуйского. Рядом положили в грязь убитого Басманова. Скоро во дворце обнаружили тайник, в котором Лжедмитрий хранил секретные договоры с Сигизмундом III и Мнишеком, переписку с римским папой и иезуитами. Бояре тотчас объявили о находке. Это помогло им оправдаться перед москвичами за расправу над «добрым царем Дмитрием».

После убийства самозванца бояре заседали в Кремле до рассвета. При жизни Лжедмитрия они обещали царский трон королевичу Владиславу. Однако вряд ли ночью в Думе вспоминали эту кандидатуру. Кроме Василия Шуйского на царский венец претендовали Мстиславский, Голицыны и Романовы. Три дня прошли в бесплодных спорах. После этого Василий Шуйский собрал на своем подворье братьев, племянника Михаила Скопина, а также сторонников из числа бояр, дворян и купцов: Крюка Колычева, Головина, Татищева, Мыльниковых и прочих. От духовенства был Крутицкий митрополит Пафнутий. Приверженцы Шуйских составили грамоту об избрании на царство князя Василия и вышли с ней на Лобное место. Чуть меньше года назад приговоренные к смерти Тургенев и Калачник ругали здесь самозванца, называя его антихристом, разрушителем истинной веры. И теперь осужденный по тому же делу Шуйский предстал перед Москвой в образе страдальца за православие. На вопрос, достоин ли он трона, толпа ответила одобрительными возгласами.